Pokaż cały numer - FPN - Farmaceutyczny PrzeglÄ d Naukowy

Nr 7-8 / 2008Ryc. 1. Wyniki amplifikacji DNA z użyciem starterów MBUz 1i MBUZ 2 (próbki 1-10 + marker)których profile restrykcyjne nie zostały jeszcze umieszczonew bibliotece [4].Dokładność metody ARDRA rośnie wraz z ilością użytychenzymów restrykcyjnych do analizy. Potwierdzają toprzeprowadzone badania gdzie w przypadku użycia pojedynczychenzymów uzyskano jedynie 5 profili restrykcyjnych,a w przypadku ich kombinacji już 12 różnych profilirestrykcyjnych. Użycie jednak zbyt wielkiej liczby enzymówmoże skomplikować analizę i wydłużyć czas badania,dlatego optymalne wydaje się użycie 3 – 4 enzymów.W badaniach Vanehouette i Beenhower zastosowano zestaw3 enzymów restrykcyjnych: CfoI, MboI i RsaI. Już poużyciu CfoI i MboI badacze byli w stanie zidentyfikować 18z 21 badanych szczepów [5].W przypadku użycia 4 innych enzymów, takich jak: HhaI,MboI, RsaI, BstUI, Baera i Mendroc sklasyfikowali 33 z 51Ryc.3. Rozdział elektroforetyczny produktów cięcia enzymem restrykcyjnym EcoRI(próbki 1-9, M, 11-20, M)56 FarmaceutycznyPrzegląd NaukowyRyc. 2. Rozdział elektroforetyczny produktów cięcia enzymemrestrykcyjnym Hae III (próbki 1-5, M, 6-10, M)badanych szczepów wzorcowych a pozostałe podzielili nakilka grup o wysokim stopniu pokrewieństwa [4].W prowadzonych badaniach ważny wydaje się takżefragment DNA poddawany analizie restrykcyjnej. Metodyoparte na analizie regionu genu 16SrRNA wydają się bardzoskuteczne, gdyż już do tej pory dostarczyły bardzo wieluinformacji na temat systematyki rodzaju Mycobacterium.Metody te są obecnie szeroko akceptowane i traktowanejako szybki i dokładny sposób identyfikacji nie tylko rodzajuMycobacterium, ale i innych rodzajów.Należy jednak pamiętać, żemimo wysokiej skutecznościtej metody nie wszystkie gatunkimożna nią zróżnicować.Duże trudności spotkano w różnicowaniuszczepów Mycobacteriumkansasi od Mycobacteriumgastri, Mycobacteriummalmoense od Mycobacteriumszulgai, Mycobacterium marinumod Mycobacterium ulcerans,oraz wśród gatunkównależących do Mycobacteriumtuberculosis complex (MTC).Związane to jest z wysokimpodobieństwem w sekwencji16S rRNA pomiędzy tymi gatunkami[6].Można to jednak rozwiązaćwprowadzając np. analizę regionuleżącego pomiędzy genami16S i 23S rRNA co przykłado-copyright © 2008 Grupa dr. A. R. KwiecińskiegoISSN 1425-5073