Farm Przegl Nauk, 2010,7, 20-22Metylacja DNA – główny znacznik epigenetyczny komórkiDNA Methylation – a major epigenetic marker of the cellOlga Smagacz, Aleksandra Moździerz, Anna Rzepecka-Stojko, Jerzy Stojko,Małgorzata Juszko-Piekut, Magdalena Wyszyńska, Justyna KaźmierczakZakład Higieny, Bioanalizy i Badania ŚrodowiskaWydział <strong>Farmaceutyczny</strong> z Oddziałem Medycyny LaboratoryjnejŚląski Uniwersytet Medyczny w KatowicachStreszczenieProcesy epigenetyczne wpływają na ekspresję genów nienaruszając sekwencji DNA. Do podstawowych modyfikacjiepigenetycznych, obok zmian struktury chromatyny,zaliczana jest metylacja DNA. Metylacja DNA jest procesemprzyłączania grup metylowych do atomu węglacytozyny, w obrębie dinukleotydu CpG. Produktem tejreakcji jest 5-metylocytozyna, nazywana czasem piątympodstawowym składnikiem DNA. W ustalaniu wzoru metylacjiudział biorą enzymy z grupy metylotransferaz. Wwarunkach fizjologicznych 70-80% dinukleotydów CpGzawiera grupę metylową. Istnieją również regiony, którena wszystkich etapach rozwoju i we wszystkich typachtkanek są chronione przed metylacją - wyspy CpG. Konsekwencjązmian informacji epigenetycznej są zaburzeniaw transkrypcji i syntezie białka, będące czynnikami mającymiudział w patogenezie wielu chorób. Defekty metylacjiDNA są zmianami odwracalnymi. Można zatem poprzezcelowaną aktywację bądź inhibicję regulować poziom ekspresjigenów. Zmapowanie miejsc metylacji DNA i poznaniemechanizmów współtowarzyszących temu procesowidaje nadzieję na znalezienie technik umożliwiających leczeniechorób nowotworowych, schorzeń o podłożu alergicznym,immunologicznym czy - jak wskazują najnowszebadania - być może także tych, o podłożu genetycznym.Słowa kluczowe: epigenetyka, metylacja DNA,5-metylocytozyna, wyspy CpGAbstractEpigenetic processes influence gene expression withoutaltering DNA sequence. DNA methylation, togetherwith chromatin remodelling, forms the basis for epigeneticmodification. DNA methylation denotes addition ofmethyl groups to the cytosine carbon atom within CpGdinucleotide. It results in formation of 5-Methylcytosine,also referred to as 5 th basic DNA element. Enzymes ofmethyltransferase group contribute to methylation patternsset-up. In physiological environment 70-80% ofCpG dinucleotide have methyl groups. There are also regions,so called CpG Islands, which are protected frommethylation in all types of tissues. Alterations in epigeneticinformation result in abnormalities in transcriptionand protein synthesis, which contributes to pathogenesisin a variety of diseases.DNA methylation defects are reversible changes. Therefore,by intentional activation or inhibition, it is possibleto regulate gene expression. Mapping of DNA methylationregions and identifying the mechanism accompanyingthis process raise hopes for finding new treatmenttechniques for cancerous diseases, allergy and immunityrelateddiseases and possibly, as recent studies has shown,for genetic disorders.Key words: epigenetics, DNA methylation, 5-methylcytosine,CpG islandsMetylacja DNA obok przebudowy struktury chromatyny,indukowanej zmianami w obrębie białek histonowych,zaliczana jest do podstawowych mechanizmów epigenetycznych.Owe mechanizmy umożliwiają dziedziczenie, mimoiż nie towarzyszą im zmiany w układzie nukleotydów DNA.W odróżnieniu od zmian o podłożu genetycznym, epigenezacharakteryzuje się odwracalnością [1]. Obecnie trwająbadania, mające na celu wykorzystanie tej właściwości,a tym samym dające nadzieje na odkrycie nowych metod terapeutycznych.Prawdopodobnie miałyby one zastosowaniew leczeniu chorób alergicznych, immunologicznych, metabolicznych,a przede wszystkim chorób nowotworowych[1-3].Pierwszym zjawiskiem o podłożu epigenetycznym, ukazującymzłożoność tego procesu, było odkrycie H. J. Műlleraz 1930 roku. Obiektem badań była linia Drosophila,której oczy zabarwione były w sposób mozaikowy. Odpowiedzialnyza tę cechę, okazał się gen, który co pewien czasulegał spontanicznej inaktywacji, ale co istotne, bez zmianw sekwencji DNA. Ponadto, jeśli ów proces raz zaistniał,gen pigmentu pozostał nieaktywny we wszystkich komórkachpotomnych [4].Proces metylacji DNAJedną z cech wyróżniających eukariotyczne DNA, jeststosunkowo wysoka zawartość 5-metylocytozyny, produktureakcji metylacji kwasu deoksyrybonukleinowego.20
copyright © 2010 Grupa dr. A. R. Kwiecińskiego ISSN 1425-50735-metylocytozyna jest nazywana piątym składnikiemDNA, obok adeniny, guaniny, cytozyny oraz tyminy [5].Grupa metylowa, składająca się z węgla, trzech atomówwodoru oraz jednego elektronu, ma silne powinowactwo dozasady pirymidynowej DNA – cytozyny. Specyficzne enzymy,należące do metylotransferaz katalizują reakcję przyłączeniagrupy metylowej do węgla w pozycji 5 pierścieniacytozyny w obrębie dinukleotydu CpG. Enzymami tymi są:DNMT1, DNMT3a oraz DNMT3b (DNMT- DNA Methyl-Transferase) [3, 6-8]. Dwa ostatnie ustalają wzór metylacjiw czasie embriogenezy [3]. Donorem grup metylowychw powyższej reakcji jest S-adenozylometionina (SAM) [7].W ustalaniu wzoru metylacji, biorą udział również demetylazy,enzymy odłączające potrzebne grupy ze składnikówpokarmowych w nie bogatych [3, 7, 9].Zmetylowana cytozyna tworząca regularne wiązania wodorowetypu Watsona-Cricka, rozproszona jest niemal w całymgenomie [1, 3]. Istnieją jednak sekwencje DNA, bogatew dinukleotydy CpG, które nie ulegają metylacji. Miejscatakie, zwane wyspami CpG, zlokalizowane są w regionachpromotorowych genów mających znaczenie dla podstawowychfunkcji komórki. W genomie człowieka stwierdzonookoło 29000 wysp CpG (1-2% całego genomu) [1, 3, 7, 10,11]. Prawidłowe komórki posiadają mechanizmy chroniącewyspy przed metylacją. Działają one na wszystkich etapachrozwoju i we wszystkich typach komórek. Jeżeli mechanizmytakie ulegną zaburzeniu, wówczas następują istotnezmiany w profilu metylacji DNA.Zmiany stopnia metylacji DNACzynniki mutagenne, a także stres, głównie oksydacyjnymogą doprowadzić do dramatycznych w skutkach transformacji,tj. zwiększenia bądź zmniejszenia stopnia metylacji[2, 5, 11]. Pierwsza zmiana, czyli hipermetylacja, dotyczyzazwyczaj metylacji wysp CpG, które w zdrowym genomienie ulegają temu procesowi. Konsekwencją jest „wyciszenie”funkcji genów [1, 3, 7]. W przypadku nowotworówzjawisku temu ulegają geny supresorowe, czyli geny, którychprawidłowe produkty ograniczają tempo podziałów komórkowych[1, 3]. Ponadto w wyniku nadmiernej metylacjiwysp CpG, dochodzić może do wystąpienia mutacji punktowychCG do TG. 5-metylocytozyna wykazuje bowiemwiększą skłonność do spontanicznej deaminacji w tyminę,aniżeli cytozyna w formie niezmetylowanej [3, 5, 11].Z kolei w przypadku hipometylacji obserwujemy globalneobniżenie metylacji regionów normalnie podlegających tejreakcji. Ten rodzaj zmian epigenetycznych skojarzony bywaz demetylacją regionów promotorowych onkogenów [1, 3].Wyniki przeprowadzonych dotychczas badań wykazały korelacjęmiędzy stopniem metylacji a występowaniem nowotworówmózgu. Ilość 5-metylocytozyny jest odwrotnie proporcjonalnado stopnia złośliwości guzów mózgu [5].Rola metylacji DNAZmiany o podłożu epigenetycznym zachodzą już u organizmówprokariotycznych, przy czym dotyczą trzech typówmetylacji. Produktami tego procesu, obok 5-metylocytozynysą N-metylocytozyna oraz N-metyloadenina [12]. Na podstawieidentyfikacji miejsc przyłączania grup metylowychw genomie bakterii, stwierdzono, że metylacja uczestniczyw fundamentalnych procesach komórkowych. Bierze udziałw kierowaniu cyklem komórkowym oraz replikacji DNA,reguluje poziom ekspresji genów, wreszcie jest czynnikiemumożliwiającym odróżnienie własnego DNA od obcego[12, 13].Szacuje się, że u ssaków około 5% wszystkich cytozynjest trwale zmetylowanych. U roślin poziom tego procesujest znacznie wyższy i sięga nawet 30%. Z kolei u bezkręgowcówmetylacja obejmuje znacznie mniejszą część chromatyny,a u niektórych z nich jak u Drosophila melanogasternie zachodzi w ogóle [6, 13].Zdolność wyciszania bądź pobudzania poszczególnychgenów, jest szczególnie istotna w okresie rozwoju embrionalnegoorganizmu. A zaznaczyć należy, że we wczesnychfazach rozwojowych, genom przechodzi zmiany profilu metylacji.W zygocie niemal wszystkie niegenetyczne zapisy sąusuwane. Dopiero w piątym miesiącu płód generuje nowykod epigenetyczny, w tym już ostateczny wzór metylacjiDNA [4, 7, 8]. Jednakże w trakcie odtwarzania epigenomuzdarzają się błędy. Dowodem na to może być brak współwystępowaniachorób u bliźniąt jednojajowych. Mimo iż bliźniętamają identyczną sekwencję DNA, to często obserwujesię ujawnienie choroby o podłożu genetycznym (np. chorobaafektywna dwubiegunowa, schizofrenia) tylko u jednegoz nich. Do zmian w zapisie epigenomu dochodzi takżew okresie rozwoju i starzenia się organizmu [4, 8].Dowodem przemawiającym o wadze procesów epigenetycznychsą także wyniki badań, przeprowadzonych na embrionalnychkomórkach macierzystych, którym wyłączonojeden z enzymów odpowiedzialnych za przyłączanie grupymetylowej do cytozyny. Spowodowało to uaktywnienie sięwielu transpozonów, doprowadzając tym samym do dziesięciokrotnegowzrostu mutacji w badanych komórkach [8, 9].Pożywienie a zmiany epigenetyczneTę silną zależność potwierdziły badania przeprowadzonena myszach agouti (o brązowozłotym umaszczeniu). Jednejz grup ciężarnych myszy podawano pokarm standardowy –około 60% ich potomstwa miało jasną sierść. Druga grupakarmiona była paszą bogatą w kobalaminę, kwas foliowyi inne źródła grup metylowych, co spowodowało nasilenieprocesu metylacji DNA. To wystarczyło, aby młode myszymiały ciemnobrązowe futro i nie ujawniały predyspozycji dootyłości, cukrzycy i raka. Zatem kobalamina, kwas foliowy,cholina czy betaina poprzez dostarczenie grup metylowych,zarówno do syntezy DNA, jak i zachowania już ustalonegowzoru metylacji, pełnią fundamentalną rolę w utrzymaniustabilności tej struktury. Brak w diecie kwasu foliowego powodujeakumulację uracylu, który wbudowując się w miejscetyminy, zaburza prawidłową sekwencje i w konsekwencjiprowadzić może nawet do złamania chromosomu. Wrazz kobalaminą odpowiada on również za prawidłową syntezętyminy, a także przemianę homocysteiny w metioninę. Skutkiemnagromadzenia się homocysteiny jest wzrost ryzykawystąpienia chorób naczyniowych i nieprawidłowości rozwojowychoraz neurologicznych [2, 9]. Wykazano równieżciekawą zależność pomiędzy produktami zawierającymi21
- Page 1: Farmaceutycznycopyright © 2010 Gru
- Page 4 and 5: Zdj. Zygmunt WieczorekSzanowni Pań
- Page 6 and 7: TUGraz2 nd AnnouncementCall for Pap
- Page 8 and 9: Call for PapersWe cordially invite
- Page 10 and 11: Farm Przegl Nauk, 2010,7, 10-14Risk
- Page 12 and 13: Farm Przegl Nauk, 2010, 7mal distri
- Page 14 and 15: Farm Przegl Nauk, 2010, 73. McMurra
- Page 16 and 17: Farm Przegl Nauk, 2010, 7Ryc. 1. Me
- Page 18 and 19: Farm Przegl Nauk, 2010, 7Ryc. 5. Sz
- Page 22 and 23: Farm Przegl Nauk, 2010, 7znaczne il
- Page 26 and 27: Farm Przegl Nauk, 2010, 7szenie wyd
- Page 28 and 29: Farm Przegl Nauk, 2010,7, 28-32Por
- Page 30 and 31: Farm Przegl Nauk, 2010, 7Wyniki i d
- Page 32 and 33: Farm Przegl Nauk, 2010, 710. Carpin
- Page 34 and 35: Farm Przegl Nauk, 2010, 7nością:
- Page 36 and 37: Farm Przegl Nauk, 2010, 7A.B.0 0.1
- Page 38 and 39: Farm Przegl Nauk, 2010, 719. Wang C
- Page 40 and 41: Farm Przegl Nauk, 2010, 7Ryc. 1. Iz
- Page 42 and 43: Farm Przegl Nauk, 2010, 7Ryc. 2. St
- Page 44 and 45: Farm Przegl Nauk, 2010, 7INFORMATIO
- Page 46: WYDAWCA6PRENUMERATAProsimy o wypeł