Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici

zaporedja iz velikega klobučnjaka so bila najbolj podobna zaporedjem iz mtDNA A.
aurita (DQ787873.1).
4.3.2. Poravnava nukleotidnih zaporedji s programom Clustal
Poravnavo nukleotidnih zaporedij smo naredili v programu Clustal (glej prilogo B)
in vanjo vključili osem nukleotidnih zaporedij iz velikega klobučnjaka, ki smo jih
pridobili v okviru diplomske naloge (RH805, RH811, RH807, RH808, RH703,
RH810, RH809, RH801). Poleg smo vključili še nukleotidno zaporedje N. nomurai
(AB243426). V poravnanih nukleotidnih zaporedjih smo našli nekaj vrzeli, najdaljša
vrzel je bila dva nukleotida. Vrzeli smo izrezali pred nadaljno obdelavo in nato
nukleotidna zaporedja ročno poravnali na obeh skrajnih koncih. Poravnana
nukleotidna zaporedja smo vnesli v program MEGA, kjer smo dodali nukleotidno
zaporedje N. nomurai (dolgo 529bp) in jih še enkrat ročno poravnali. Poravnana
nukleotidna zaporedja so bila dolga 659 baz.
4.4. Filogeografska analiza
Filogenetsko drevo smo narisali s programom MEGA (Kumar in sod., 2004). Za izris
filogenetskega drevesa (slika 19) smo uporabili metodo združevanja najbližjega
soseda (Neighbour-Joining (NJ)) in Kimurino-2 paramersko metodo, s katero smo
izračunali parne razlike med posameznimi haplotipi. Našli smo 170 variabilnih mest,
487 ohranjenih mest, 123 filogenetsko informativnih mest, na katerih temelji
filogenetska analiza. Ohranjena mesta so identična v vseh nukleotidnih zaporedjih,
medtem ko informativna mesta vsebujejo substitucije. Substitucije so mutacije, ki so
se ohranile skozi naravni izbor. Substitucije označujejo spremembo baznega para
na tretjem mestu v kodonu. Merilo ob filogenetskem drevesu prikazuje število
substitucij. Za koreninjenje drevesa smo uporabili nukleotidno zaporedje N. nomurai
(AB243426), ker je najbližji sorodnik velikega klobučnjaka z določenim nukleotidnim
zaporedjem. Za statistično ovrednotenje vejišč smo uporabili metodo vezanja (ang.
Bootstrap) in sicer 1000 ponovitev.
44