Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici
Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici
Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
COI smo uspešno pomnožili (glej sliko 20) v vzorcih: 11/06/RH7, 11/06/RH1,<br />
11/06/RH2, 12/06/RH1, 12/06/RH2, 14/07/RH12, 10/06/RH1/2. Jakost pomnoženih<br />
fragmentov je bila različna in verjetno odvisna od količine in kvalitete izolirane DNA.<br />
V vzorcih 10/06/RH2/1, 10/06/RH3/1 in 10/06/RH4/2 smo poleg DNA pomnožili<br />
nespecifične produkte, ki so vidni kot razmaz na stezi. V ostalih desetih vzorcih nam<br />
COI ni uspelo namnožiti. COI smo pomnožili pri temperaturi naleganja 40º C,<br />
koncentracija in koncentracija MgCl 2 je bila 1,5 mM ter koncentracija začetnih<br />
oligonukleotidov je znašala 0,5 µM.<br />
4.3. Določevanje nukleotidnega zaporedja (sekvenciranje)<br />
Nukleotidno zaporedje smo določili v desetih vzorcih (glej Tabelo 4). Za določevanje<br />
nukleotidnega zaporedja smo uporabili začetna oligonukleotida LCO 1490 in HCO 2198 .<br />
Vzorce, ki smo jim določili nukleotidna zaporedja, smo preimenovali. Novo ime je<br />
sestavljeno iz številke vzorca in zaporedne številke osebka v tem vzorcu. Najprej<br />
smo naročili določitev nukleotidnega zaporedja ene verige in nato še določitev<br />
nukleotidnega zaporedja druge verige. Za določanje nukleotidnega zaporedja smo<br />
pripravili 16 vzorcev (glej Tabela 5). Nukleotidna zaporedja smo pridobili iz 7<br />
vzorcev iz Črnega morja in iz dveh vzorcev iz Tržaškega zaliva. Iz 7 vzorcev nismo<br />
uspeli pridobiti nukleotidnega zaporedja zaradi premalo PCR produkta. Dolžina<br />
nukleotidnih zaporedij je bila od 660 bp do 680 bp in je ustrezala pričakovani<br />
velikosti COI.<br />
Tabela 5: Seznam vzorcev z določenim nukleotidnim zaporedjem<br />
MESTO<br />
VZORČENJA<br />
OZNAKA VZORCA NOVA OZNAKA<br />
VZORCA<br />
Črno Morje 08/05/RH27 0801 -<br />
Črno Morje 08/05/RH31 0802 -<br />
Črno Morje 08/05/RH33 0803 -<br />
Črno Morje 08/05/RH C 0804 -<br />
Črno Morje 08/05/RH D 0805 670<br />
Črno Morje 08/05/RH E 0806 -<br />
Črno Morje 08/05/RH G 0807 670<br />
Črno Morje 07/05/RH33 0703 660<br />
Črno Morje 08/05/RH16 0808 670<br />
Črno Morje 08/05/RH B 0809 670<br />
Črno Morje 08/05/RH H 0810 670<br />
Črno Morje 08/05/RH N 0811 670<br />
Koprski zaliv 14/07/RH4 1404 680<br />
Koprski zaliv 14/07/RH3 1403 670<br />
Koprski zaliv 14/07/RH2 1402 -<br />
Koprski zaliv 14/07/RH1 1401 -<br />
Legenda: - nukleotidnega zaporedja nismo uspeli določiti<br />
DOLŽINA<br />
NUKLEOTIDNEGA<br />
ZAPOREDJA<br />
(ŠT. BAZNIH PAROV)<br />
4.3.1. Iskanje podobnih nukleotidnih zaporedij v GenBank (algoritem Blast)<br />
Z algoritmom Blast smo poiskali podobna nukleotidna zaporedja s tistimi v<br />
podatkovni banki GenBank. Ugotovili smo, da nukleotidnih zaporedij COI iz velikega<br />
klobučnjaka ali iz rodu <strong>Rhizostoma</strong> ob času iskanja ni bilo v GenBank. Nukleotidna<br />
43
Change language