Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici

Slika 11: Pomnoževanje COI s PCR v vzorcih velikega klobučnjaka.
Rezultat PCR reakcije vzorcev z oznakami (od leve proti desni): 06/05/RH43,
06/05/RH46, 07/05/RH3, 08/05/RH16, 08/05/RH B, 08/05/RH H, 08/05/RH N,
velikostni standard 100bp DNA
Vzorca (glej sliko 11) 06/05/RH43 in 06/05/RH46 smo ponovno namnožili
(reamplificirali), kar pomeni da smo za matrično DNA uporabili neprečiščen PCR
produkt iz predhodnega pomnoževanja s PCR. PCR reakcije, iz katerih smo
uporabili PCR produkt so prikazane na sliki 11. V obeh vzorcih (06/05/RH43,
06/05/RH46) smo s ponovnim pomnoževanjem uspešno namnožili COI. Uspešno
smo pomnožili COI tudi v vzorcih: 07/05/RH3, 08/05/RH3 in 08/05/RH4. Jakost
pomnoženih fragmentov je bila različna. Poleg DNA so se v vseh vzorcih pomnožili
še drugi nespecifični produkti, ki so vidni kot razmaz na stezi. Pomnoženi produkti
COI niso specifični in tudi po velikosti (ker so manjši od 700bp) ne ustrezajo pravim
velikostim COI. V vzorcu 07/05/RH4 se ni pomnožil COI, ampak je videti, kot da je v
njem veliko visokomolekularne DNA. To je videti iz primerjave s sliko, na kateri je
izolirana DNA tega vzorca. Velike količine DNA prav tako lahko inhibirajo
pomnoževanje v PCR.
Pogoji, pri katerih smo pomnožili COI, so bili: temperatura naleganja 40º C,
koncentracija MgCl 2 je bila 1,5 mM, ter koncentracija začetnih oligonukleotidov je
znašala 0,5µM.
33