Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici

Slika 10 prikazuje vzorce iz Črnega morja, iz katerih so že predhodno izolirali DNA
na Morski biološki postaji v Piranu, in smo jih prav tako uporabili za pomnoževanje
COI. DNA je bila izolirana z detergentom CTAB. Koncentracija izolirane DNA je bila
v velikem velikostnem razponu. Najnižjo koncentracijo smo izmerili v vzorcu
08/05/RH D in sicer 119 ng/µl, najvišjo koncentracijo smo izmerili v vzorcu
08/05/RH H in sicer 4100ng/µl.
Slika 10: DNA izolacija iz velikega klobučnjaka s DNeasy Blood & Tissue Kit (
QIAGEN).
Prva steza: velikostni standard λ marker (5 µl), sledijo vzorci (od leve proti desni):
08/05/RH27, 08/05/RH31, 08/05/RH33, 08/05/RH B, 08/05/RH C, 08/05/RH D,
08/05/RH E, 08/05/RH G, 08/05/RH H, 08/05/RH K, 08/05/RH N, 08/05/RH M,
08/05/RH3, 08/05/RH4, 08/05/RH12, 08/05/RH13, 08/05/RH15, 08/05/RH16. Na
vsaki stezi je nanešeno 5 µl vzorca. Slika 8 je sestavljena iz dveh slik.
Kit DNeasy Blood & Tissue Kit (QIAGEN) je primeren za izolacijo DNA iz meduz
klobučnjakov. Tudi količina in kvaliteta izolirane DNA je bila zadovoljiva in je v
glavnem odvisna od časa shranjevanja vzorcev v konzervansu. Primerjava izoliranih
DNA pokaže, da je boljše kvalitete DNA, ki smo jo izolirali kmalu po vzorčenju (glej
sliko 6). DNA, smo iz vseh vzorcev izolirali po enakem postopku s kitom DNeasy
Blood & Tissue Kit ( QIAGEN), razen nekaj vzorcev iz Črnega morja, iz katerih je
bila DNA izolirana že prej z detergentom CTAB. Daljši čas shranjevanja tkiva v
konzervansu pomeni tudi večjo razgradnjo DNA v shranjenem tkivu. Najbolj
zanesljivo je shranjevanje tkiv v tekočem dušiku takoj po odvzemu in nato na -80 C.
Žal pa pri terenskem delu ni možno vedno zagotoviti takšnega načina shranjevanja.
Raziskovalci so uporabili tudi klasične metode izolacije DNA in preverili, kolikšna je
razgradnja DNA glede na čas shranjevanja. Ugotovili so, da mora biti tkivo
shranjeno na čimbolj nizkih temperaturah in čim krajši čas. V študiji so primerjali
različne pogoje shranjevanja in različne organizme. Največjo razgradnjo DNA so
opazili pri uhatem klobučnjaku in manjšo pri drugih morskih nevretenčarjih, kot sta
morski polž Astrea undosa in vetrnica Anthopleura xanthogrammica. Zaradi velike
vsebnosti vode v tkivih morskih nevretenčarjev ni možno ohraniti DNA s hitrim
sušenjem tkiva (Dawson in sod., 1998).
28