Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici
Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici
Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
GenBank. Za iskanje podobnih nukleotidnih zaporedij smo uporabili algoritem Blast,<br />
ki se nahaja na spletni strani podatkovne zbirke GenBank (Blast pognan 5.2.2008,<br />
glej priloga D).<br />
Vsa nukleotidna zaporedja velikega klobučnjaka in njemu podobna nukleotidna<br />
zaporedja, ki so bila rezultat iskanja v GenBank, smo nato poravnali s programom<br />
Clustal (Higgins in sod., 1988), ki je dostopen na spletu<br />
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html.<br />
Nastavitev programa nismo spreminjali. Iz poravnanih nukleotidnih zaporedij smo<br />
izrezali vrzeli (ang. gaps). Rezultat so poravnana nukleotidna zaporedja, ki smo jih<br />
nato uporabili za nadaljno obdelavo in izračune. Poravnana nuklotidna zaporedja so<br />
prikazana v prilogi B.<br />
3.9. Filogeografska analiza nukleotidnih zaporedij<br />
Filogeografsko analizo vzorcev velikega klobučnjaka iz Črnega morja (Modri zaliv) in<br />
severnega Jadranskega morja (Koprski zaliv) smo naredili v programu MEGA<br />
(Kumar in sod., 2004). Kot osnovo za izračune smo uporabili poravnana nukleotidna<br />
zaporedja narejena v programu Clustal (glej poglavje 3.7 in priloga B).<br />
Pri obdelavi podatkov iz nukleotidnih zaporedij in za izris filogenetskega drevesa<br />
smo uporabili dve metodi; metoda združevanja najbližjega soseda (ang. Neighbour-<br />
Joining (NJ)), ki sodi med nediskretne metode (metode razdalj) in za oblikovanje<br />
filogenetskega drevesa uporablja parna neskladja (med nukleotidi na istem mestu v<br />
DNA), ter Kimurino-2 parametersko metodo, s katero smo izračunali parne razdalje<br />
posameznih haplotipov (Kimura, 1980). Filogenetsko drevo smo narisali v programu<br />
MEGA. Za koreninjenje filogenetskega drevesa smo uporabili kot zunanjo skupino<br />
nukleotidno zaporedje iz vrste Nemopilema nomurai (AB243416).<br />
21