Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici

Primerjava nukleotidnih zaporedij je eno od orodij, ki nam omogoča ugotavljanje
geografskega izvora vrste (tujerodna ali avtohtona vrsta). Okoljski ukrepi se lahko
razlikujejo glede na izvor osebka. Pri vnosu tujerodne vrste najprej skušamo
ugotoviti njen geografski izvor in način vnosa v novo okolje.
V primeru množičnega pojavljanja avtohtone vrste skušamo najprej prepoznati
spremembe v okolju, ki vodijo do množičnega pojavljanja, in dokazati njihovo
vzročno povezavo s pojavljanjem. Predvsem se moramo vprašati, kaj v okolju se je
spremenilo, da je do tega prišlo (vnos hranil, sprememba habitata ...)
Če gre za vnos tujerodne vrste, se moramo najprej vprašati, kako je prišla v novo
okolje. Glede na potrjen izvor osebka se potem lahko odločimo, kakšne okoljske
ukrepe bomo izvajali
Odločili smo se, da bomo analizirali nukleotidno zaporedje gena za citokrom c
oksidazo podenota I (COI) v osebkih velikega klobučnjaka nabranih na različnih
geografskih območjih. COI je uveljavljen genetski marker v filogeografskih študijah
in je genetsko marker, na katerem sloni eden od pristopov v molekularni
taksonomiji, ki ga bolj popularno imenujemo z angleškim izrazom »DNA barcoding«
(Ratnasingham in Hebert, 2007). Podatki pridobljeni iz COI bi nam lahko odkrili,
kakšna je sorodnost med vzorčenimi osebki. V diplomskem delu smo iz vzorčenih
osebkov ekstrahirali DNA in nato optimizirali pomnoževanje COI s PCR. Iz
pomnoženih fragmentov COI smo nato pridobili nukleotidna zaporedja. Na osnovi
nukleotidnih zaporedij smo analizirali genetsko podobnost med vzorčenimi osebki in
filogenetsko razdaljo med vzorčenima populacijama iz severnega Jadrana in Črnega
morja.
2