Rhizostoma pulmo - Univerza v Novi Gorici

3.4.1. Spektrofotometrične meritve.............................................................. 18
3.5. Agarozna elektroforeza.......................................................................... 18
3.5.1. Priprava agaroznega gela ................................................................... 18
3.5.2. Nanašanje vzorcev ............................................................................... 18
3.6. PCR reakcija za pomnoževanje mitohondrijske oksidaze C ............. 19
3.6.1. Začetni oligonukleotidi........................................................................ 20
3.6.2. Priprava vzorcev za PCR.................................................................... 20
3.7. Določanje nukleotidnega zaporedja...................................................... 20
3.8. Iskanje podobnih nukleotidnih zaporedij v podatkovni zbirki
GenBank (algoritem BLAST) in poravnava nukleotidnih zaporedij....... 20
3.9. Filogeografska analiza nukleotidnih zaporedij ................................... 21
4. REZULTATI IN RAZPRAVA............................................................. 22
4.1. Rezultati izolacije DNA iz tkiva velikega klobučnjaka....................... 23
4.1.1. Izolacija DNA iz vzorcev nabranih v severnem Jadranskem morju
......................................................................................................................... 23
4.1.2. Izolacija DNA iz vzorcev nabranih v Črnem morju ........................ 27
4.1.3. Rezultati spektrofotometričnih meritev genomske DNA ................ 29
4.2. Rezultati pomnoževanja citokrom C oksidaze z reakcijo PCR ......... 30
4.2.1. Reamplifikacija PCR........................................................................... 41
4.2.2. Pomnoževanje COI pri višji temperaturi naleganja........................ 42
4.3. Določevanje nukleotidnega zaporedja (sekvenciranje)....................... 43
4.3.1. Iskanje podobnih nukleotidnih zaporedij v GenBank (algoritem
Blast) ............................................................................................................... 43
4.3.2. Poravnava nukleotidnih zaporedji s programom Clustal ............... 44
4.4. Filogeografska analiza............................................................................ 44
5. ZAKLJUČKI ......................................................................................... 47
6. VIRI ........................................................................................................ 48
VIII