Ureaplasmad ja laktobatsillid viljatute paaride suguteede ...

4.5. Mikroobikoosluste liigilise koosseisu määramine 16S rRNA fragmentide
amplikonide järjestamise abil ...................................................................................... 35
4.5.1. 16S rRNA V6 amplifikatsioon .................................................................. 35
4.5.2. PCR produktide kontsentratsiooni määramine.......................................... 36
4.5.3. PCR produktide segu puhastamine ja DNA raamatukogu valmistamine . 36
4.5.4. Sekveneerimine ja järjestuste analüüs ....................................................... 36
4.6. Andmeanalüüs .................................................................................................. 37
5. TULEMUSED ......................................................................................................... 38
5.1. Tupe ja sperma mikroobikooslused viljatutel paaridel 16S rRNA amplikonide
järjestamise alusel ........................................................................................................ 38
5.2. Laktobatsillide ja ureaplasmade hulgad tupeproovides qPCR-i alusel ............ 42
5.3. Laktobatsillide ja ureaplasmade hulgad spermaproovides qPCR-i alusel ........ 46
5.4. qPCR meetodiga ja 16S rRNA amplikonide järjestamisel saadud geenide
osakaalude võrdlus ...................................................................................................... 48
6. ARUTELU ............................................................................................................... 50
JÄRELDUSED ............................................................................................................... 56
KOKKUVÕTE ................................................................................................................ 57
SUMMARY .................................................................................................................... 59
TÄNUAVALDUSED ..................................................................................................... 61
KASUTATUD KIRJANDUS ......................................................................................... 62
KASUTATUD VEEBIAADRESSID ............................................................................. 80
LISA 1 ............................................................................................................................. 81
LISA 2 ............................................................................................................................. 83
LIHTLITSENTS ............................................................................................................. 85
3