HÜTBAT Bülten - Tıbbın Geleceği

tespit edebilir ve konumlarını haritalamak
için kuleler arasındaki iletim
modellerini kullanabilir.
DNA mikroskobu tekniği; birleştirilmiş
ürünlerde kodlanan bilgilerin
karmaşıklığı, cDNA difüzyon
özelliklerini modelleme ihtiyacı,
PCR ve dizileme aşamalarındaki
hatalar gibi çok sayıda bilişim sorununa
sahiptir. Bu nedenle çalışmanın
çoğu, sorgulanan mRNA’ların
anlamlı bir sanal görüntüsünü
elde etmek için veri analizi stratejileri
tasarlamaya ve optimizasyona
adanmıştır.
Weinstein, “Amacımız DNA mikroskobunun
optik mikroskobun
yerini alması değil.” diyor. Ancak
DNA mikroskobu, optik mikroskobun
yapamadığı bazı şeyleri yapabilmektedir.
Örneğin; optik mikroskop,
genellikle genetik açıdan
benzersiz olan spesifik mutasyonlu
tümör hücreleri veya somatik
rekombinasyon mekanizması olan
bağışıklık hücreleri gibi DNA farklılıkları
olan hücreleri sıklıkla ayırt
edemez. Weinstein, DNA mikroskobunun,
tümörlere saldırabilen
bağışıklık hücrelerini tanımlayarak
belirli kanser tedavilerini iyileştirmeye
yardımcı olabileceğini söylüyor.
Bu teknik, kanser tedavilerinde
kullanılabilirliğinin yanı sıra
“Fikse edilmiş insan
hücrelerindeki mR-
NA’dan cDNA sentezlendikten
sonra bu
cDNA’lar, seçilen mRNA
hedeflerine bağlanan
ve UMI dizisi (unique
molecular identifier
sequence) içeren DNA
primerleriyle etiketlenirler.
UMI, ilgilenilen
bir mRNA’nın her bir
ayrı kopyasını spesifik
olarak etiketleyen rastgele
bir dizi etiketidir.”
sinir sisteminin gelişim sürecinde
özel protein üretiminde rol
alan spesifik RNA’lar transkribe
eden nöronların araştırılmasına
da yardımcı olabilir.
Bir görüntüleme uzmanı olan Ulrike
Boehm, tekniğin adında her ne
kadar mikroskop ifadesi geçse de
pratikte herhangi bir optik düzenek
içermediği için “DNA haritalama”
olarak adlandırılmasının daha
uygun olduğunu söylemiştir.
Sıralamaya dayalı olan DNA mikroskobu
dizi varyasyonunun keşfine
de uygundur. Örneğin verilen
mRNA için konum, ifade düzeyi,
varyasyon, splicing izoformları
ve modifikasyonlar gibi faktörler
hakkında bilgi sağlaması mümkün
olabilir.
Dolayısıyla DNA mikroskobu, sanal
görüntüleme yöntemleri konusunda
umut verici bir gelişmedir.
Bu tekniğin katı doku bölümlerine
uygulanabilirliğini sağlamak, aynı
anda çalışılabilen transkript sayısını
ve hücre çözünürlüğünü arttırmak
araştırmacılar için sonraki
hedefler arasında yerini almıştır.
Sonuç olarak DNA etiketleri, DNA
ve proteinler dâhil olmak üzere
diğer makromoleküllerin uzamsal
analizleri için kullanılabilir. Keşfedilecek
potansiyel bir uygulama
olarak DNA mikroskobu, 3D kromozom
konformasyon analizi için
diğer yöntemlerin tamamlayıcısı
olma potansiyeli taşımaktadır.
Yeşil ve kırmızı
floresan etiketli
hücrelerin floresan
mikroskobu fotoğrafı
(solda), aynı numunenin
daha detaylı
bir DNA mikroskobu
görüntüsü (sağda)
37