19.07.2013 Views

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...

SHOW MORE
SHOW LESS

Create successful ePaper yourself

Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.

3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan YILMAZ<br />

3.2.4.9. Primerlerin Ayırma Güçlerinin Belirlenmesi<br />

Çalışmada primerlerin ayırma güçleri Prevost ve Wilkinson (1999)<br />

tarafından geliştirilen aşağıdaki formül yardımıyla hesaplanmıştır. Formüldeki p, I<br />

bandının 96 genotipteki oranıdır.<br />

Ayırma Gücü = ∑ Ib burada<br />

Ib = 1 – (2 x │0.5 – p│)<br />

Kafkas ve ark. (2006), genotipler arasındaki farklılığı en iyi ortaya<br />

çıkarabilen primerlerin saptanmasında, bu primerlerin ayırma güçlerinin ve<br />

polimorfizm bilgi içeriklerinin öneminden bahsetmişlerdir. Bu noktada çalışmalarda<br />

kullanılacak primerler, ayırma gücü ve polimorfizm bilgi içeriği yüksek olan<br />

primerler arasından seçilmelidir.<br />

3.2.4.10. Kendine Uyuşmazlığın PCR ile Belirlenmesi<br />

Gen havuzunda bulunan kayısı genotiplerinin kendine uyuşur olup<br />

olmadıkları Vilanova ve ark. (2005) tarafından geliştirilen SRc-R (5’-GGC CAT<br />

TGT TGC ACA AAT TG-3’) ve Romero ve ark. (2004) tarafından geliştirilen SRc-<br />

F (5’-CTC GCT TTC CTT GTT CTT GC-3’) primerleri kullanılarak PCR<br />

yapılmasıyla belirlenmiştir. Bu primerlerin birlikte kullanılmasıyla yaklaşık 353 bç<br />

büyüklüğündeki bant kendine uyuşur kayısı genotiplerinde ortaya çıkmaktadır.<br />

25 µl amplifikasyon reaksiyonu 75 mM Tris-HCl, pH=8.8, 20 mM<br />

(NH4)2SO4 2 mM MgCl2, 0.1% Tween 20, 100 µM dATP, 100 µM dTTP, 100 µM<br />

dGTP, 100 µM dCTP, her bir primerden 0.2 µM, 1.0 unite Taq DNA polymerase ve<br />

30 ng DNA içermektedir. Sıcaklık ve döngü koşulları olarak, 95 0 C’de 3 dk. ön<br />

denatürasyon işleminden sonra, 35 döngü boyunca örnekler denatürasyon için<br />

95 0 C’de 30 sn primerin DNA’ya yapışması için 54 0 C’de 45 sn. ve uzama safhası için<br />

72 0 C’de 1 dk. 15 sn. tutulmuşlardır. Ayrıca, örnekler son uzama safhası için 72 0 C’de<br />

10 dk. bekletilmişlerdir (Vilanova ve ark., 2005).<br />

48

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!