ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...
ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ... ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...
3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan YILMAZ Elde edilen PCR ürünleri 1xTBE tampon çözeltisi (89 mM Tris-Cl, 89 mM borik asit, 20 mM EDTA) kullanılarak %3’lük yüksek çözünürlükteki agaroz (Metephor) jelde (4 baza kadar olan farklılığı ayırabilen) koşularak ethidium bromit ile boyanmış ve UV altında fotoğrafları çekilmiştir. Çizelge 3.5. Çalışmada kullanılan SSR primerleri ve baz dizilimleri Lokus adı Referans Baz Dizilimi (5’ – 3’) pchgms1 Sosinski ve ark., 2000 GGG TAA ATA TGC CCA TTG TGC AAT C GGA TCA TTG AAC TAC GTC AAT CCT C pchgms2 Sosinski ve ark., 2000 GTC AAT GAG TTC AGT GTC TAC ACT C AAT CAT AAC ATC ATT CAG CCA CTG C pchgms3 Sosinski ve ark., 2000 ACG GTA TGT CCG TAC ACT CTC CAT G CAA CCT GTG ATT GCT CCT ATT AAA C pchgms4 Sosinski ve ark., 2000 ATC TTC ACA ACC CTA ATG TC GTG GAG GCA AAA GAC TTC AAT UDP96-001 Cipriani ve ark., 1999 AGT TTG ATT TTC TGA TGC ATC C TGC CAT AAG GAC CGG TAT GT UDP96-003 Cipriani ve ark., 1999 TTG CTC AAA AGT GTC GTT GC ACA CGT AGT GCA ACA CTG GC UDP96-005 Cipriani ve ark., 1999 GTA ACG CTC GCT ACC ACA AA CCT GCA TAT CAC CAC CCA G UDP96-008 Cipriani ve ark., 1999 TTG TAC ACA CCC TCA GCC TG TGC TGA GGT TCA GGT GAG TG UDP96-010 Cipriani ve ark., 1999 CCC ATG TGT GTC CAC ATC TC TTG ATG ATT CCA TGC GTC TC UDP96-019 Cipriani ve ark., 1999 TTG GTC ATG AGC TAA GAA AAC A TAG TGG CAC AGA GCA ACA CC UDP97-402 Cipriani ve ark., 1999 TCC CAT AAC CAA AAA AAA CAC C TGG AGA AGG GTG GGT ACT TG UDP98-405 Cipriani ve ark., 1999 ACG TGA TGA ACT GAC ACC CA GAG TCT TTG CTC TGC CAT CC UDP98-406 Cipriani ve ark., 1999 TCG GAA ACT GGT AGT ATG AAC AGA ATG GGT CGT ATG CAC AGT CA UDP98-409 Cipriani ve ark., 1999 GCT GAT GGG TTT TAT GGT TTT C CGG ACT CTT ATC CTC TAT CAA CA UDP98-021 Testolin ve ark., 2000 AAGCAGCAATTGGCAGAATC GAATATGAGACGGTCCAGAAGC PS12A02 Downey ve Iezzoni, 2000 GCCACCAATGGTTCTTCC AGCACCAGATGCACCTGA 46
3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan YILMAZ 3.2.4.6. ISSR, RAPD ve SSR Yöntemlerine Ait Verilerin Değerlendirilmesi RAPD, SSR ve ISSR amplifikasyon ürünleri var (1) ya da yok (0) şeklinde değerlendirilerek, elde edilen veriler NTSYSpc 2.11V (Rohlf, 2004) adlı bilgisayar paket programında analiz edilmiştir. Her bir markör tekniğinden elde edilen veriler ayrı ayrı değerlendirildiği gibi birlikte de değerlendirilmiştir. Genetik benzerlik indeksleri Jaccard’a göre aynı program kullanılarak hesaplanmıştır. Soyağaçlarının elde edilmesinde UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) yöntemi uygulanmıştır. Ayrıca ISSR, RAPD, SSR ve üç yöntemin birleştirilmesiyle elde edilen genetik benzerlik indeksleri arasındaki korelasyonların belirlenmesi amacıyla Mantel testi (Mantel, 1967) yapılmıştır. Bunların ötesinde uygulanan her yöntem için mevcut genetik benzerlik indeksi ile soyağacı arasındaki korelasyonlar da Mantel testi ile yine NTSYSpc paket programı kullanılarak hesaplanmıştır. 3.2.4.7. Primerlerin Polimorfizm Oranlarının Belirlenmesi Çalışmada kullanılan ISSR, RAPD ve SSR primerlerinin polimorfizm oranları, primerlerden elde edilen polimorfik bant sayılarının, toplam bant sayısına bölünüp 100 ile çarpılması ile bulunmuştur. Polimorfizm Oranı (%) = (Polimorfik Bant Sayısı / Toplam Bant Sayısı) x 100 3.2.4.8. Primerlerin Polimorfizm Bilgi İçeriklerinin (PBİ) Belirlenmesi Çalışmada kullanılan primerlerin polimorfizm bilgi içerikleri (PBİ) Smith ve ark. (1997)’na göre aşağıdaki formül yardımıyla belirlenmiştir. Buna göre, öncelikle polimorfik bantlarda toplam var (1) ve yok (0) olan bantların sayıları belirlenmiştir. Daha sonra bu bantların ayrı ayrı frekansları hesaplanmıştır. Formüle göre Pi, i bandının frekansıdır. PBİ = 1- ∑ Pi 2 47
- Page 35 and 36: Şekil 4.45. Sakıt-3 genotipinin m
- Page 37 and 38: GRAFİKLER DİZİNİ SAYFA Grafik 4
- Page 39 and 40: Na2S2O5 : Sodyum Metabisülfit ng :
- Page 41 and 42: 1.GİRİŞ Kadir Uğurtan YILMAZ 1.
- Page 43 and 44: 1.GİRİŞ Kadir Uğurtan YILMAZ Co
- Page 45 and 46: 1.GİRİŞ Kadir Uğurtan YILMAZ ar
- Page 47 and 48: 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Kadir Uğu
- Page 49 and 50: 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Kadir Uğu
- Page 51 and 52: 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Kadir Uğu
- Page 53 and 54: 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Kadir Uğu
- Page 55 and 56: 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Kadir Uğu
- Page 57 and 58: 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Kadir Uğu
- Page 59 and 60: 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Kadir Uğu
- Page 61 and 62: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 63 and 64: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 65 and 66: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 67 and 68: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 69 and 70: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 71 and 72: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 73 and 74: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 75 and 76: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 77 and 78: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 79 and 80: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 81 and 82: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 83 and 84: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 85: 3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan
- Page 89 and 90: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 91 and 92: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 93 and 94: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 95 and 96: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 97 and 98: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 99 and 100: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 101 and 102: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 103 and 104: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 105 and 106: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 107 and 108: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 109 and 110: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 111 and 112: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 113 and 114: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 115 and 116: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 117 and 118: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 119 and 120: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 121 and 122: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 123 and 124: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 125 and 126: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 127 and 128: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 129 and 130: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 131 and 132: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 133 and 134: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
- Page 135 and 136: 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğu
3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan YILMAZ<br />
3.2.4.6. ISSR, RAPD ve SSR Yöntemlerine Ait Verilerin Değerlendirilmesi<br />
RAPD, SSR ve ISSR amplifikasyon ürünleri var (1) ya da yok (0) şeklinde<br />
değerlendirilerek, elde edilen veriler NTSYSpc 2.11V (Rohlf, 2004) adlı bilgisayar<br />
paket programında analiz edilmiştir. Her bir markör tekniğinden elde edilen veriler<br />
ayrı ayrı değerlendirildiği gibi birlikte de değerlendirilmiştir. Genetik benzerlik<br />
indeksleri Jaccard’a göre aynı program kullanılarak hesaplanmıştır. Soyağaçlarının<br />
elde edilmesinde UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean)<br />
yöntemi uygulanmıştır. Ayrıca ISSR, RAPD, SSR ve üç yöntemin birleştirilmesiyle<br />
elde edilen genetik benzerlik indeksleri arasındaki korelasyonların belirlenmesi<br />
amacıyla Mantel testi (Mantel, 1967) yapılmıştır. Bunların ötesinde uygulanan her<br />
yöntem için mevcut genetik benzerlik indeksi ile soyağacı arasındaki korelasyonlar<br />
da Mantel testi ile yine NTSYSpc paket programı kullanılarak hesaplanmıştır.<br />
3.2.4.7. Primerlerin Polimorfizm Oranlarının Belirlenmesi<br />
Çalışmada kullanılan ISSR, RAPD ve SSR primerlerinin polimorfizm<br />
oranları, primerlerden elde edilen polimorfik bant sayılarının, toplam bant sayısına<br />
bölünüp 100 ile çarpılması ile bulunmuştur.<br />
Polimorfizm Oranı (%) = (Polimorfik Bant Sayısı / Toplam Bant Sayısı) x 100<br />
3.2.4.8. Primerlerin Polimorfizm Bilgi İçeriklerinin (PBİ) Belirlenmesi<br />
Çalışmada kullanılan primerlerin polimorfizm bilgi içerikleri (PBİ) Smith<br />
ve ark. (1997)’na göre aşağıdaki formül yardımıyla belirlenmiştir. Buna göre,<br />
öncelikle polimorfik bantlarda toplam var (1) ve yok (0) olan bantların sayıları<br />
belirlenmiştir. Daha sonra bu bantların ayrı ayrı frekansları hesaplanmıştır. Formüle<br />
göre Pi, i bandının frekansıdır.<br />
PBİ = 1- ∑ Pi 2<br />
47
Change language