ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...

3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan YILMAZ
yapışma (annealing) sıcaklıkları Çizelge 3.3.’te verilmiştir. Bu primerler çalışmada
yer alan 96 kayısı genotipinin karakterizasyonunda kullanılmıştır.
Elde edilecek PCR ürünleri 1xTBE tampon çözeltisi (89 mM Tris-Cl, 89
mM borik asit, 20 mM EDTA) kullanılarak %1.8’lik agaroz jelde koşulmuş,
ethidium bromit ile boyanıp, UV altında fotoğrafları çekilmiştir.
3.2.4.4. RAPD Analizleri
RAPD analizleri Williams ve ark.’nın (1990) geliştirdiği metoda göre
yapılmıştır. Bu yönteme göre, 25 µl amplifikasyon reaksiyonu 75 mM Tris-HCl,
pH=8.8, 20 mM (NH4)2SO4, 2 mM MgCl2, 0.1% Tween 20, 100 µM dATP, 100 µM
dTTP, 100 µM dGTP, 100 µM dCTP, 0.2 µM primer, 1.0 unite Taq DNA
polymerase ve 10-20 ng DNA içermektedir. Karışım sıcaklık ve döngü koşulları
Çizelge 3.4.Çalışmada kullanılan RAPD primerleri ve baz dizilimleri
No Primer Baz Dizilimi (5’ - 3’)
1 OPA01 CAG GCC CTT C
2 OPA02 TGC CGA GCT G
3 OPA03 AGT CAG CCA C
4 OPA04 AAT CGG GCT G
5 OPA07 GAA ACG GGT G
6 OPA09 GGG TAA CGC C
7 OPB11 GTA GAC CCG T
8 OPC02 GTG AGG CGT C
9 OPC05 GAT GAC CGC C
10 OPC06 GAA CGG ACT C
11 OPK14 CCC GCT ACA C
12 OPL15 AAG AGA GGG G
13 OPL17 AGC CTG AGC C
14 OPL18 ACC ACC CAC C
15 OPM02 ACA ACG CCT C
16 OPN01 CTC ACG TTG G
17 OPN02 ACC AGG GGC A
18 OPN08 ACC TCA GCT C
19 OPO12 CAG TGC TGT G
20 OPP10 TCC CGC CTA C
44