ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...

3. MATERYAL ve METOT Kadir Uğurtan YILMAZ
tutulmuşlardır. Ayrıca, örnekler son uzama safhası için 72 0 C’de 10 dk.
bekletilmişlerdir.
Çizelge 3.3. Çalışmada kullanılan ISSR primerlerinin baz dizilimleri, baz sayıları ve
kayısı DNA’larının PCR’da yapışma (annealing) sıcaklıkları
No Primer Baz Dizilimi (5’ - 3’)
43
Baz
Sayısı
DNA’ya
Yapışma
Sıcaklıkları
( o C)
1 UBC807 AGA GAG AGA GAG AGA GT 17 50
2 UBC812 GAG AGA GAG AGA GAG AC 17 50
3 UBC814 CTC TCT CTC TCT CTC TA 17 50
4 UBC815 CTC TCT CTC TCT CTC TG 17 52
5 UBC817 CAC ACA CAC ACA CAC AA 17 50
6 UBC818 CAC ACA CAC ACA CAC AG 17 52
7 UBC825 ACA CAC ACA CAC ACA CT 17 50
8 UBC827 ACA CAC ACA CAC ACA CG 17 52
9 UBC829 TGT GTG TGT GTG TGT GC 17 52
10 UBC835 AGA GAG AGA GAG AGA GYC 18 54
11 UBC840 GAG AGA GAG AGA GAG AYT 18 52
12 UBC841 GAG AGA GAG AGA GAG AYC 18 54
13 UBC843 CTC TCT CTC TCT CTC TRA 18 52
14 UBC847 CAC ACA CAC ACA CAC ARC 18 52
15 UBC868 GAA GAA GAA GAA GAA GAA 18 48
16 UBC873 GAC AGA CAG ACA GAC A 16 48
17 UBC876 GAT AGA TAG ACA GAC A 16 48
18 UBC888 BDB CAC ACA CAC ACA CA 17 51
19 UBC890 VHV GTG TGT GTG TGT GT 17 51
20 UBC891 HVH TGT GTG TGT GTG TG 17 51
Araştırmada primer olarak University of British Columbia tarafından
üretilen 100 adet ISSR primeri kullanılmıştır. Bu primerlerin baz dizilimleri farklı
olduğu için kalıp DNA’ya yapışma sıcaklıkları (annealing) farklıdır. Bu sıcaklıklar
Kafkas ve ark.’nın (2006) yapmış olduğu bir çalışmada belirlenmiş ve bu sıcaklık
değerleri kullanılmıştır (Çizelge 3.3.).
DNA’ya yapışma sıcaklığı belirlenmiş olan primerler polimorfizm
düzeylerinin bulunması ve değerlendirilmesi amacıyla 7 genotipte taranarak, kayısı
çeşit ve tipleri için en polimorfik olanları belirlenmiştir. Ürettikleri polimorfik bant
sayısına bağlı olarak 20 adet primer ile bunların baz dizilimleri, baz sayıları ve