ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...

2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Kadir Uğurtan YILMAZ
RAPD bir dominant markör tekniği olup PCR örnekleri agaroz jelde elektroforez
edilir ve ethidium bromit ile boyanan jelden elde edilen amplifike olmuş bantlar var
veya yok olarak değerlendirilir (Williams ve ark., 1990; 1993).
Bu olumlu özellikleri yanında RAPD tekniği bazı olumsuz özelliklere de
sahiptir ve bu özellikler analizlere başlamadan önce mutlaka bilinmelidir. Bunların
başında PCR öncesi örneklerde meydana gelebilecek bulaşıklar, dominant özellik ve
farklı laboratuvarlarda sonuçların tekrarlanmasında karşılaşılan sorunlardır
(Newbury ve Ford-Lloyd, 1993; Bachmann, 1994).
Son zamanlarda kullanılmaya başlanan AFLP (Amplified Fragment Length
Polymorphism) ve SSR (Simple Sequence Repeats) teknikleri en fazla gündemde
olan moleküler markör teknikleridir. AFLP tekniği PCR esaslı olup bu teknikte
polimorfizm oranı oldukça yüksektir. Yüksek orandaki tekrarlanabilir özelliği ve
polimorfik bant sayısı AFLP tekniğini ön plana çıkarmasına karşın, bu tekniğin
uygulanmasının pahalı olması ve amplifike olmuş bantların ortaya çıkarılmasında
radyoaktif madde veya florasans boyama istemesi bu yöntemin uygulanmasını
sınırlamaktadır (Vos ve ark., 1995).
SSR mikrosatellit tekniği olup bu teknikte polimorfizm oranı oldukça
yüksektir. Ancak çalışılan genomdaki tekrarlanan nükleik asit dizilimlerinin
belirlenmesi ve bunların primer olarak kullanılması gibi ön bir çalışmayı
gerektirmektedir. Bunun ötesinde bu teknik radyoaktif madde kullanımını da
gerektirir. Bu yönlerden SSR tekniği kullanımda sınırlayıcı özelliklere sahiptir
(Powell ve ark., 1996).
Bunların ötesinde Zietkiewicz ve ark. (1994) tarafından geliştirilen inter-
SSR tekniğinde hazır üretilmiş olan 2’li, 3’lü, 4’lü ve 5’li tekrarlanan primerler
kullanılmakta ve elde edilen PCR ürünü agaroz jelde koşularak ethidium bromit ile
boyanmasından sonra belirlenebilmektedir. Bu yöntemde herbir primer için
annealing sıcaklığının ayarlanması gerekmektedir.
Tao ve ark. (2000), kayısılarda yaptıkları bir araştırmada kendini uyuşur ve
kendine uyuşmaz kayısı genotiplerinin DNA’larını S-RNase genine özgü geliştirilen
oligonükleotitler ile PCR yaparak amplifike etmişlerdir. Sonuç olarak 1500 bç
büyüklüğündeki bir bandın kendiyle uyuşur genotiplerde amplifike olduğunu ve
15