ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ...

4. BULGULAR ve TARTIŞMA Kadir Uğurtan YILMAZ
primerlerin kullanımına dayanır. Bu primerler tasarlanır iken primerlerin GC/AT
oranlarının %50 ya da daha fazla olmasına dikkat edilir. Bu primerlerin çoğaltılacak
DNA’da kendine uygun bölgelere bağlanabilmelerini kolaylaştırmak için primer
bağlanma sıcaklığının düşürülmesi de önemlidir (Temizkan ve Arda, 2004).
Ayrıca RAPD analizinde PCR sonunda elde edilen polimorfik DNA dizileri
genetik markör olarak kullanılmaktadır (Altınkunt, 2001).
RAPD tekniğinde az miktarda DNA ile çalışılması, primer sentezi için özel
nükleotid dizi bilgisine gerek duyulmaması ve radyoaktif madde kullanılmadan
görüntüleme işleminin yapılabilmesi, kolay, çabuk ve diğer markör yöntemlerine
göre daha ucuz bir yöntem olması bu tekniğin çok tercih edilmesine neden olmuştur.
Ancak RAPD’e dayalı PCR reaksiyonlarının tekrar edildiğinde aynı reaksiyon
ürünlerini her zaman vermeyişi ve RAPD markörlerinin dominant olması nedeni ile
heterozigot bireyleri saptayamaması bu yöntemi kısıtlayan en önemli etkenlerdir
(Altınkunt, 2001).
RAPD tekniğinin, genetik markörleri tanımlamada (Devos ve Gale, 1992;
Klein-Lankhorst ve ark., 1991), gen kaynaklarının tanımlanmasında ve
sınıflandırılmasında (Yang ve Quiros, 1993; Yu ve Pauls, 1993), genetik uzaklığı
belirlemede (Williams ve St. Clair, 1993) ve genetik haritalama için (Kazan ve
ark., 1993) kullanılabilirliğini araştırıcılar bildirmişlerdir (Doğan 2006).
4.3.3. SSR Analizleri
Bu çalışmada SSR tekniği 96 kayısı genotipini karakterize etme ve aralarındaki
genetik ilişkiyi ortaya çıkarma amacı ile bu çalışmada kullanılan yöntemlerin
sonuncusudur. Bu teknikte kayısı genotipleri için Sosinski ve ark. (2000), Cipriani
ve ark. (1999), Testolin ve ark. (2000) ile Downey ve Iezzoni (2000) tarafından
geliştirilen 16 adet SSR primeri kullanılmıştır.
pchgms-2 SSR lokusunun denemede yer alan bazı kayısı genotiplerindeki
amplifikasyonu sonucu elde edilen ürünlerin gösterildiği jel görüntüsü Şekil 4.97.’de
verilmiştir.
Şekil 4.97.’de görüldüğü gibi, pchgms-2 SSR lokusunun 96 kayısı genotipi
ile yapılan PCR amplifikasyonu sonucu oluşan ürünlerin 39 kayısı genotipini
296