MEME KANSERLİ HASTALARDA CYP19 GENİ KODON 39 Trp/Arg ...

EK.4 Agaroz Jel Elektroforezi
Bir su yosunundan elde edilen agaroz, D-Galaktoz ve 3,6-anhidro L-Galaktoz
birimlerinin lineer polimerleridir 59,60,61 .
Agaroz jel elektroforezinde, sulu bir çözelti içinde, yoğunluğu agarozun
konsantrasyonu ile belirlenen jele yüklenen yüklü parçacıklar, uygulanan elektrik
alanının etkisi ile jel içinde bir yükten diğerine göç eder. Agaroz jeldeki örnekler yatay
pozisyonda, sabit güç ve yöndeki elektriksel alanda yürütülmektedir.
A) Agaroz Jelde DNA'nın Hareket Hızını Etkileyen Faktörler:
a) DNA'nın Molekül Büyüklüğü: Lineer çift iplikli DNA molekülleri bir elektrik alanında
bir bütün halinde hareket etme eğilimindedir. Çift zincirli doğrusal DNA moleküllerinin
jeldeki hızı, baz çifti sayısının logaritması ile ters orantılıdır. Büyük moleküller,
sürtünmenin büyük olması ve jeldeki porlar arasında daha zor yol bularak
ilerlemelerinden ötürü, daha yavaş haraket ederler ve katettikleri yolu küçük
moleküllere oranla daha fazla ısıtırlar 60,61 .
b) Agaroz Konsantrasyonu: Belirli büyüklükteki doğrusal bir DNA molekülü, değişik
agaroz konsantrasyonlarındaki jellerde farklı hızlarla ilerlerler. DNA'nın elektroforetik
hareketliliğinin logaritması (µ) ile jel konsantrasyonu (ϒ) arasında bir ilişki vardır.
Logµ= Logµ0. Kr ϒ
µ0: DNA’nın serbest elektroforetik hareketi ve
Kr: Gecikme sabitesi (Jelin özelliklerine, büyüklüğüne ve göç eden molekülün göç
şekline bağlı sabit bir sayıdır)
Dolayısıyla değişik konsantrasyonlardaki jellerin kullanılmasıyla çok farklı
boyutlardaki DNA moleküllerini ayırmak mümkündür 60,61 .
45