1 BİYOKİMYA - DrTus

12
BİYOKİMYA
VÜCUTTA POLİPEPTİD YAPISINDA BULUNMAYAN ALFA
AMİNO ASİTLER
• Homoserin; kükürtlü amino asit metabolizması sırasında oluşur.
• Ornitin ve Sitrulin; Üre sentezi sırasında oluşurlar.
• Sarkozin; Kas dokusundan elde edilir.
• Tiroksin; tiroid hormonlarındandır.
PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPILARI
Her proteinin kendine özgü 3 boyutlu bir yapısı vardır. Bu yapıyı proteinin amino
asit dizisi belirler.
• 1. Primer Yapı: Amino asitlerden peptid zinciri oluşumudur. Amino asitler
birbirine kovalan peptid bağları ile bağlanmıştır. Bu bağ, bir amino asidin alfakarboksil
grubu ile diğerinin alfa-amino grubu arasında 1 molekül su çıkışı ile
oluşur. Peptid bağları denatürasyon sırasında kırılmaz. Peptid bağı, parsiyel
çift bağ karakterindedir, rijit ve düzlemseldir ve bağ etrafında serbest rotasyon
olmaz. Prolinin oluşturduğu peptid bağı hariç, trans konumundadır.
• 2. Sekonder yapı: Primer yapıyı oluşturan lineer amino asit dizisindeki, komşu
amino asitlerin birbirleri ile olan ilişkileri sekonder yapıyı oluşturur. Sekonder
yapı 3 şekilde olabilir;
a. Alfa-heliks: Doğal proteinlerde en sık bulunan şekildir. Zincir içi H bağları ve
zincirler arası Disülfid bağları ile stabilleşir. Prolin bu yapıyı bozar.
b. Beta kırmalı tabaka: Zincir kıvrılmamış, pili oluşturmuştur.
c. Gelişigüzel kangallanım: Sadece globüler proteinlerde bulunur. Periyodik olmayan,
belli kurallara bağlanamayan bir şekilde proteinin boyunu kısaltmasıdır.
Bazı proteinlerde bu 3 formdan yalnız biri bulunur. Böyle proteinler şekil olarak
fibriler=lifsel proteinlerdir. Ama bu 3 modelin de bir arada bulunduğu proteinler
globüler proteinlerdir.
• 3. Tersiyer yapı: Bu yapı kovalan Disülfid bağları, H bağları, iyonik bağlar ve
hidrofobik etkileşimler ile stabilize olur. Globüler proteinlerde yumak, fibriler
proteinlerde kalın halatlar oluşturacak şekildedirler.
• 4. Quarterner yapı: Birden fazla polipeptid zinciri içeren ve tersiyer yapısını
tamamlamış proteinlerdeki polipeptid zincirlerinin birbirleriyle olan ilişkileridir.
En az 2 alt birimden (monomer=subünit) oluşan proteinlerin quarterner yapıları
olabilir. Non kovalan bağlar ile stabilize olur. Hemoglobin ve allosterik
enzimler quarterner yapıya sahiptirler.
--- En önemli bağlar;
*Primer Yapı: Dizilme: Peptid bağları
*Sekonder Yapı: Kıvrılma: H bağları
*Tersiyer yapı: Katlanma: Hidrofobik
Etkileşimler
*Quarterner yapı: Non kovalan bağlardır.