Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
CH 3 1 N 4 N 1 CH 3 3 1 1 -2 N S -1 -1 -1 -2 1 4 5 1 O 1 S CH 3 Рис. 22. Граф связности дескрипторных центров На Рис. 22 приведен ГСДЦ для молекулы фенотиазина. В этом случае редуцированный граф состоит из 10 вершин, соответствующих дескрипторным центрам, показанным на Рис. 21, и 16 ребер. Набор дескрипторных центров включает: (а) четыре гетероатома (см. нумерацию на Рис. 21), которые могут принимать участие в донорно-акцепторных взаимодействиях и образовании водородных связей с биомолекулами; (б) три метильные группы 5, 6, 7, которые могут участвовать в гидрофобных взаимодействиях с биологическими молекулами; (в) два бензольных кольца 8, 9 и один гетероцикл 10, которые могут принимать участие в π-π и π-катионных взаимодействиях с биологическими молекулами. Одиннадцать ребер в ГСДЦ помечены положительными числами, показывающими топологическое расстояние (по числу связей) между дескрипторными центрами, тогда как отрицательные числа обозначают пересечения дескрипторных центров, когда они содержат один либо несколько общих атомов. ГСДЦ оказались полезными не только как источник биологическиориентированных фрагментных дескрипторов (например, дескрипторы ФКСП можно рассматривать как «атомные пары», рассчитанные при использовании ГСДЦ вместо молекулярных графов), но также и при поиске фармакофоров, В дальнейшем, редуцированные графы и основанные на них фрагментные дескрипторы неоднократно вводились разными группами авторов. Так, пред- 98
ложенные в 1985 г. атомные пары Кархарта (Carhart) [243] оказались близкими к вышеупомянутым дескрипторам ФКСП, и, следовательно, их тоже можно рассматривать как дескрипторы, основанные на двухвершинных связных подграфах специальных редуцированных графов, в которых ребра соответствуют путям между атомами. Предложенный в 1996 г. Кирсли (Kearsley) модифицированный вариант атомных пар [190], в котором классификация атомов основана на их физико-химических свойствах, еще выше поднял уровень абстракции этого типа дескрипторов. В 2003 г. Жиллет (Gillet), Виллвет (Willett) и Брэдшоу (Bradshaw) предложили новый тип редуцированных графов (в дальнейшем мы их будем называть GWB-редуцированными графами) и продемонстрировали их высокую эффективность в осуществлении поиска по подобию [320]. На Рис. 23 показан GWB-редуцированный граф, состоящий из 6 вершин и 5 ребер, наряду с несколькими химическими структурами, отображаемыми в него. Три его вершины с меткой R соответствуют кольцам (Rings), две вершины с меткой labeled L – линкерам (Linkers), а одна вершина с меткой F соответствует структурным особенностям (Features) – в данном случае это атом кислорода, способный образовывать водородные связи. В отличие от вышеупомянутых редуцированных графов ГСДЦ, ребра GWB-редуцированных графов специальным образом не помечены и соответствуют обычным химическим связям. O N Br O N O R R N H L F L R O N O O N Br O N O N Рис. 23. Примеры химических структур, соответствующих одному GWBредуцированному графу (показан в центре) 99
- Page 47 and 48: Рис. 10. Архитектура
- Page 49 and 50: 1.2.5.4. Нейросети на о
- Page 51 and 52: ми связями, занимае
- Page 53 and 54: практически важных
- Page 55 and 56: ния классического
- Page 57 and 58: ческому мозгу во вр
- Page 59 and 60: лаждения системы и
- Page 61 and 62: чем в качестве прог
- Page 63 and 64: ГЛАВА 2. ФРАГМЕНТНЫ
- Page 65 and 66: му типу биологичес
- Page 67 and 68: тему опубликовано
- Page 69 and 70: В настоящее время п
- Page 71 and 72: ниях QSPR/QSAR/SAR. И дейс
- Page 73 and 74: В качестве характе
- Page 75 and 76: Некоторые типы ЦАФ
- Page 77 and 78: кроме того, они сно
- Page 79 and 80: Следует упомянуть
- Page 81 and 82: зисных графов, пред
- Page 83 and 84: рой равен 1 только в
- Page 85 and 86: множества различны
- Page 87 and 88: при проведении вир
- Page 89 and 90: 21 01 12 12 21 01 Рис. 17. Ре
- Page 91 and 92: ределенных атомных
- Page 93 and 94: элементам, что може
- Page 95 and 96: наличие или отсутс
- Page 97: использовались в н
- Page 101 and 102: 2.3. Ограничения фра
- Page 103 and 104: ГЛАВА 3. МАТЕМАТИЧЕ
- Page 105 and 106: качестве меток исп
- Page 107 and 108: ной нумерации граф
- Page 109 and 110: нейронной сети с пр
- Page 111 and 112: ГЛАВА 4. РАЗРАБОТКА
- Page 113 and 114: линейные комбинаци
- Page 115 and 116: таться внешней по о
- Page 117 and 118: Предсказанное знач
- Page 119 and 120: рипторе, то он пере
- Page 121 and 122: Для решения этой пр
- Page 123 and 124: • D x - среднее значе
- Page 125 and 126: R 1 R 2 R 1 R 2 X R 6 X R N + 3 (CH
- Page 127 and 128: В соответствии с вы
- Page 129 and 130: зовании рассмотрен
- Page 131 and 132: R4 R5 R3 R6 N (a) R2 6 N 2 6 2 6 2
- Page 133 and 134: f ( x, y) ≡ f ( y, x) ⇔ f ( x,
- Page 135 and 136: R3 R2 R5 R6 Общая формул
- Page 137 and 138: ко, эта разница все
- Page 139 and 140: переставленными эк
- Page 141 and 142: лей приведен в рабо
- Page 143 and 144: деленными» атомами
- Page 145 and 146: 5.1.2. Иерархическая
- Page 147 and 148: водородного соседа
ложенные в 1985 г. атомные пары Кархарта (Carhart) [243] оказались близкими<br />
к вышеупомянутым дескрипторам ФКСП, и, следовательно, их тоже можно<br />
рассматривать как дескрипторы, основанные на двухвершинных связных подграфах<br />
специальных редуцированных графов, в которых ребра соответствуют<br />
путям между атомами. Предложенный в 1996 г. Кирсли (Kearsley) модифицированный<br />
вариант атомных пар [190], в котором классификация атомов основана<br />
на их физико-химических свойствах, еще выше поднял уровень абстракции<br />
этого типа дескрипторов. В 2003 г. Жиллет (Gillet), Виллвет (Willett) и Брэдшоу<br />
(Bradshaw) предложили новый тип редуцированных графов (в дальнейшем мы<br />
их будем называть GWB-редуцированными графами) и продемонстрировали их<br />
высокую эффективность в осуществлении поиска по подобию [320]. На Рис. 23<br />
показан GWB-редуцированный граф, состоящий из 6 вершин и 5 ребер, наряду<br />
с несколькими химическими структурами, отображаемыми в него. Три его<br />
вершины с меткой R соответствуют кольцам (Rings), две вершины с меткой labeled<br />
L – линкерам (Linkers), а одна вершина с меткой F соответствует структурным<br />
особенностям (Features) – в данном случае это атом кислорода, способный<br />
образовывать водородные связи. В отличие от вышеупомянутых редуцированных<br />
графов ГСДЦ, ребра GWB-редуцированных графов специальным образом<br />
не помечены и соответствуют обычным химическим связям.<br />
O<br />
N<br />
Br<br />
O<br />
N<br />
O<br />
R<br />
R<br />
N<br />
H<br />
L F L<br />
R<br />
O<br />
N<br />
O<br />
O<br />
N<br />
Br<br />
O<br />
N<br />
O<br />
N<br />
Рис. 23. Примеры химических структур, соответствующих одному GWBредуцированному<br />
графу (показан в центре)<br />
99