На правах рукописи

На правах рукописи На правах рукописи

cdn.scipeople.com
from cdn.scipeople.com More from this publisher
19.11.2014 Views

CH 3 1 N 4 N 1 CH 3 3 1 1 -2 N S -1 -1 -1 -2 1 4 5 1 O 1 S CH 3 Рис. 22. Граф связности дескрипторных центров На Рис. 22 приведен ГСДЦ для молекулы фенотиазина. В этом случае редуцированный граф состоит из 10 вершин, соответствующих дескрипторным центрам, показанным на Рис. 21, и 16 ребер. Набор дескрипторных центров включает: (а) четыре гетероатома (см. нумерацию на Рис. 21), которые могут принимать участие в донорно-акцепторных взаимодействиях и образовании водородных связей с биомолекулами; (б) три метильные группы 5, 6, 7, которые могут участвовать в гидрофобных взаимодействиях с биологическими молекулами; (в) два бензольных кольца 8, 9 и один гетероцикл 10, которые могут принимать участие в π-π и π-катионных взаимодействиях с биологическими молекулами. Одиннадцать ребер в ГСДЦ помечены положительными числами, показывающими топологическое расстояние (по числу связей) между дескрипторными центрами, тогда как отрицательные числа обозначают пересечения дескрипторных центров, когда они содержат один либо несколько общих атомов. ГСДЦ оказались полезными не только как источник биологическиориентированных фрагментных дескрипторов (например, дескрипторы ФКСП можно рассматривать как «атомные пары», рассчитанные при использовании ГСДЦ вместо молекулярных графов), но также и при поиске фармакофоров, В дальнейшем, редуцированные графы и основанные на них фрагментные дескрипторы неоднократно вводились разными группами авторов. Так, пред- 98

ложенные в 1985 г. атомные пары Кархарта (Carhart) [243] оказались близкими к вышеупомянутым дескрипторам ФКСП, и, следовательно, их тоже можно рассматривать как дескрипторы, основанные на двухвершинных связных подграфах специальных редуцированных графов, в которых ребра соответствуют путям между атомами. Предложенный в 1996 г. Кирсли (Kearsley) модифицированный вариант атомных пар [190], в котором классификация атомов основана на их физико-химических свойствах, еще выше поднял уровень абстракции этого типа дескрипторов. В 2003 г. Жиллет (Gillet), Виллвет (Willett) и Брэдшоу (Bradshaw) предложили новый тип редуцированных графов (в дальнейшем мы их будем называть GWB-редуцированными графами) и продемонстрировали их высокую эффективность в осуществлении поиска по подобию [320]. На Рис. 23 показан GWB-редуцированный граф, состоящий из 6 вершин и 5 ребер, наряду с несколькими химическими структурами, отображаемыми в него. Три его вершины с меткой R соответствуют кольцам (Rings), две вершины с меткой labeled L – линкерам (Linkers), а одна вершина с меткой F соответствует структурным особенностям (Features) – в данном случае это атом кислорода, способный образовывать водородные связи. В отличие от вышеупомянутых редуцированных графов ГСДЦ, ребра GWB-редуцированных графов специальным образом не помечены и соответствуют обычным химическим связям. O N Br O N O R R N H L F L R O N O O N Br O N O N Рис. 23. Примеры химических структур, соответствующих одному GWBредуцированному графу (показан в центре) 99

ложенные в 1985 г. атомные пары Кархарта (Carhart) [243] оказались близкими<br />

к вышеупомянутым дескрипторам ФКСП, и, следовательно, их тоже можно<br />

рассматривать как дескрипторы, основанные на двухвершинных связных подграфах<br />

специальных редуцированных графов, в которых ребра соответствуют<br />

путям между атомами. Предложенный в 1996 г. Кирсли (Kearsley) модифицированный<br />

вариант атомных пар [190], в котором классификация атомов основана<br />

на их физико-химических свойствах, еще выше поднял уровень абстракции<br />

этого типа дескрипторов. В 2003 г. Жиллет (Gillet), Виллвет (Willett) и Брэдшоу<br />

(Bradshaw) предложили новый тип редуцированных графов (в дальнейшем мы<br />

их будем называть GWB-редуцированными графами) и продемонстрировали их<br />

высокую эффективность в осуществлении поиска по подобию [320]. На Рис. 23<br />

показан GWB-редуцированный граф, состоящий из 6 вершин и 5 ребер, наряду<br />

с несколькими химическими структурами, отображаемыми в него. Три его<br />

вершины с меткой R соответствуют кольцам (Rings), две вершины с меткой labeled<br />

L – линкерам (Linkers), а одна вершина с меткой F соответствует структурным<br />

особенностям (Features) – в данном случае это атом кислорода, способный<br />

образовывать водородные связи. В отличие от вышеупомянутых редуцированных<br />

графов ГСДЦ, ребра GWB-редуцированных графов специальным образом<br />

не помечены и соответствуют обычным химическим связям.<br />

O<br />

N<br />

Br<br />

O<br />

N<br />

O<br />

R<br />

R<br />

N<br />

H<br />

L F L<br />

R<br />

O<br />

N<br />

O<br />

O<br />

N<br />

Br<br />

O<br />

N<br />

O<br />

N<br />

Рис. 23. Примеры химических структур, соответствующих одному GWBредуцированному<br />

графу (показан в центре)<br />

99

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!