На Ð¿Ñ€Ð°Ð²Ð°Ñ Ñ€ÑƒÐºÐ¾Ð¿Ð¸ÑÐ¸

O
OH
O
O
Fragment Generation
...
O
OH
O
O
0 0 0 1 0 0 1 0 0 1
Structural keys
Рис. 18. Генерация структурных ключей для молекулы аспирина
Хотя структурные ключи хорошо зарекомендовали себя как эффективный
инструмент исследований, однако успех их применения в значительной степени
зависит от начального выбора набора фрагментов. Оказывается, что структурные
ключи, построенные на фрагментах даже сравнительно небольшого размера,
являются очень разреженными (т.е. они содержат лишь небольшую часть
ненулевых элементов), а компьютерная обработка таких сильно несбалансированных
наборов данных значительно менее эффективна по сравнению со сбалансированными.
Как частичное решение этой проблемы, сгенерированные для
химической структуры фрагментные дескрипторы могут быть организованы в
виде списка, содержащего либо коды фрагментов (для бинарных дескрипторов)
либо пары «код фрагмента – значение дескриптора» (для целочисленных фрагментных
дескрипторов). Хотя такой способ представления разреженных массивов
является эффективным с позиций использования памяти компьютера, однако
он неэффективен с точки зрения времени, необходимого для доступа к его
92