Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
Концепция реакционных графов, сходная с концепцией мнимого переходного состояния Фуджиты (Fujita) [310, 311], была недавно выдвинута Варнеком (Varnek) с соавт., предложившими использовать конденсированные графы реакций (Condensed Graphs of Reactions) [114]. В отличие от обычных молекулярных графов, конденсированные графы реакций содержат специальные ребра для обозначения химических связей, претерпевающих изменения в результате реакции. Конденсированные графы реакции могут быть использованы для генерации фрагментных дескрипторов точно таким же образом, как это делается для обычных молекулярных графов. 2.2.3. Классификация по типам значений дескрипторов Обычно рассматриваются два типа значений, принимаемых фрагментными дескрипторами – бинарные и целочисленные. Бинарные значения показывают наличие (true, yes, 1) либо отсутствие (false, no, 0) данного фрагмента в химической структуре. Хотя первоначально бинарные фрагментные дескрипторы использовались главным образом а качестве скринов либо элементов «молекулярных отпечатков пальцев» (см. подробное обсуждение в разделе 2.2.4) для работы с химическими базами данных, в последнее время все чаще их стали применять для прогнозирования биологической активности, а также для проведения виртуального скрининга с использованием как поиска по подобию, так и вероятностных подходов SAR. Целочисленные значения фрагментных дескрипторов показывают, сколько раз соответствующий фрагмент встречается в химической структуре. Обычно они используются для прогнозирования физико-химических свойств (реже, биологической активности) органических соединений. Возникает естественный вопрос: могут ли фрагментные дескрипторы принимать другие типы значений? Вероятный ответ: в принципе, да, но в этом случае они называются топологическими индексами. Например, индексы связности Кира-Холла (Kier-Hall) [313] формально могут быть представлены как фрагментные дескрипторы, значения которых равны суммам произведений оп- 90
ределенных атомных характеристик внутри фрагмента. Другой пример - это рассматриваемые в рамках данной диссертационной работы псевдофрагментные дескрипторы (см. раздел 5.4), которые более тесно связаны с фрагментными дескрипторами по сравнению с типичными топологическими индексами. 2.2.4, Классификация по типам дескрипторных наборов Набор фрагментных дескрипторов, рассчитанных для химического соединения, может быть организован тремя основными способами, а именно, в виде: (а) векторов фиксированного размера; (б) списков; и (в) хеш-таблиц. Чаще всего набор значений фрагментных дескрипторов, рассчитанный для химического соединения, помещают в одномерный массив фиксированного размера (т.е. вектор), каждая ячейка (элемент) которого соответствует определенному подструктурному фрагменту, а содержащееся в ней значение – значению соответствующего фрагментного дескриптора. Вектор, содержащий бинарные значения фрагментных дескрипторов, называется набором структурных ключей (structural keys), которые в контексте работы с базами данных называются также скринами (screans) (см. Рис. 18). Поскольку структурные ключи хранятся в памяти компьютера в виде битовых строк, все операции с ними осуществляются очень эффективно, и именно это обуславливает популярность их использования для работы с базами химических данных, поиска по подобию, построения моделей SAR/QSAR, а также для осуществления с их помощью виртуального скрининга. 91
- Page 39 and 40: рующие один и тот ж
- Page 41 and 42: дящихся на 2-ом, 3-м и
- Page 43 and 44: всех RBF-нейронов, а
- Page 45 and 46: чающей выборки, при
- Page 47 and 48: Рис. 10. Архитектура
- Page 49 and 50: 1.2.5.4. Нейросети на о
- Page 51 and 52: ми связями, занимае
- Page 53 and 54: практически важных
- Page 55 and 56: ния классического
- Page 57 and 58: ческому мозгу во вр
- Page 59 and 60: лаждения системы и
- Page 61 and 62: чем в качестве прог
- Page 63 and 64: ГЛАВА 2. ФРАГМЕНТНЫ
- Page 65 and 66: му типу биологичес
- Page 67 and 68: тему опубликовано
- Page 69 and 70: В настоящее время п
- Page 71 and 72: ниях QSPR/QSAR/SAR. И дейс
- Page 73 and 74: В качестве характе
- Page 75 and 76: Некоторые типы ЦАФ
- Page 77 and 78: кроме того, они сно
- Page 79 and 80: Следует упомянуть
- Page 81 and 82: зисных графов, пред
- Page 83 and 84: рой равен 1 только в
- Page 85 and 86: множества различны
- Page 87 and 88: при проведении вир
- Page 89: 21 01 12 12 21 01 Рис. 17. Ре
- Page 93 and 94: элементам, что може
- Page 95 and 96: наличие или отсутс
- Page 97 and 98: использовались в н
- Page 99 and 100: ложенные в 1985 г. ато
- Page 101 and 102: 2.3. Ограничения фра
- Page 103 and 104: ГЛАВА 3. МАТЕМАТИЧЕ
- Page 105 and 106: качестве меток исп
- Page 107 and 108: ной нумерации граф
- Page 109 and 110: нейронной сети с пр
- Page 111 and 112: ГЛАВА 4. РАЗРАБОТКА
- Page 113 and 114: линейные комбинаци
- Page 115 and 116: таться внешней по о
- Page 117 and 118: Предсказанное знач
- Page 119 and 120: рипторе, то он пере
- Page 121 and 122: Для решения этой пр
- Page 123 and 124: • D x - среднее значе
- Page 125 and 126: R 1 R 2 R 1 R 2 X R 6 X R N + 3 (CH
- Page 127 and 128: В соответствии с вы
- Page 129 and 130: зовании рассмотрен
- Page 131 and 132: R4 R5 R3 R6 N (a) R2 6 N 2 6 2 6 2
- Page 133 and 134: f ( x, y) ≡ f ( y, x) ⇔ f ( x,
- Page 135 and 136: R3 R2 R5 R6 Общая формул
- Page 137 and 138: ко, эта разница все
- Page 139 and 140: переставленными эк
Концепция реакционных графов, сходная с концепцией мнимого переходного<br />
состояния Фуджиты (Fujita) [310, 311], была недавно выдвинута Варнеком<br />
(Varnek) с соавт., предложившими использовать конденсированные графы<br />
реакций (Condensed Graphs of Reactions) [114]. В отличие от обычных молекулярных<br />
графов, конденсированные графы реакций содержат специальные<br />
ребра для обозначения химических связей, претерпевающих изменения в результате<br />
реакции. Конденсированные графы реакции могут быть использованы<br />
для генерации фрагментных дескрипторов точно таким же образом, как это делается<br />
для обычных молекулярных графов.<br />
2.2.3. Классификация по типам значений дескрипторов<br />
Обычно рассматриваются два типа значений, принимаемых фрагментными<br />
дескрипторами – бинарные и целочисленные. Бинарные значения показывают<br />
наличие (true, yes, 1) либо отсутствие (false, no, 0) данного фрагмента в<br />
химической структуре. Хотя первоначально бинарные фрагментные дескрипторы<br />
использовались главным образом а качестве скринов либо элементов «молекулярных<br />
отпечатков пальцев» (см. подробное обсуждение в разделе 2.2.4) для<br />
работы с химическими базами данных, в последнее время все чаще их стали<br />
применять для прогнозирования биологической активности, а также для проведения<br />
виртуального скрининга с использованием как поиска по подобию, так и<br />
вероятностных подходов SAR. Целочисленные значения фрагментных дескрипторов<br />
показывают, сколько раз соответствующий фрагмент встречается в<br />
химической структуре. Обычно они используются для прогнозирования физико-химических<br />
свойств (реже, биологической активности) органических соединений.<br />
Возникает естественный вопрос: могут ли фрагментные дескрипторы<br />
принимать другие типы значений? Вероятный ответ: в принципе, да, но в этом<br />
случае они называются топологическими индексами. Например, индексы связности<br />
Кира-Холла (Kier-Hall) [313] формально могут быть представлены как<br />
фрагментные дескрипторы, значения которых равны суммам произведений оп-<br />
90
Change language