На Ð¿Ñ€Ð°Ð²Ð°Ñ Ñ€ÑƒÐºÐ¾Ð¿Ð¸ÑÐ¸

Образование супрамолекулярных комплексов обычно характеризуется
большим разнообразием разных типов взаимодействия между их компонентами,
в частности: σ-донорно-акцепторные и π-дативные взаимодействия между
металлами и лигандами, образование водородных связей, электростатические
взаимодействия, образование солевых мостиков, π-π-стэкинг и π-катионные
взаимодействий, ван-дер-Ваальсовы и гидрофобные взаимодействия и т.д. Некоторые
из этих взаимодействий могут быть представлены специальными связями
в молекулярных графах. Например, можно ввести специальную «координационную
связь» для описания донорно-акцепторных и/или дативных взаимодействий
между центральным атомом металла в комплексе и донорными атомами
в лигандах. Также можно провести специальную «водородную связь»
между атомом водорода и атомом-акцептором водородной связи, либо между
донором и акцептором водородной связи в «безводородных» супрамолекулярных
графах. Результирующие супрамолекулярные графы можно использовать
вместо обычных молекулярных графов для вычисления фрагментных дескрипторов,
и единственное отличие будет заключаться в кодировании «супрамолекулярных
связей».
Концепция молекулярных графов также может быть распространена на
описание химических реакций, в особенности в области органической химии
(см. обзор [305]). Эта задача решается путем введения специальных типов связей,
соответствующих образованию либо разрыву обычных химических связей,
либо изменению их порядка. Результирующий реакционный граф содержит всю
необходимую информацию, чтобы реконструировать левую и правую части соответствующего
уравнения реакции. В качестве примера, рассмотрим реакцию
Дильса-Альдера, изображенную на Рис. 17. Метка связи 01 в реакционном графе
соответствует образованию простой связи; метка 21 соответствует превращению
двойной связи в простую, тогда как метка 12 описывает превращение
простой связи в двойную.
88