Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
численной оценки сходства органических соединений, а также для проведения исследований SAR при помощи анализа тренд-векторов. В отличие от ФКСП, атомные пары Кархарта используют в качестве центров не только дескрипторные центры, но и все остальные неводородные атомы, которые классифицированы с учетом типа химического элемента, числа неводородных соседей и количества π-электронов. В настоящее время атомные пары Кархарта являются одним из самых распространенных фрагментных дескрипторов для проведения виртуального скрининга с целью поиска новых биологически активных соединений. Как дальнейшее развитие дескрипторов этого типа, Хорват (Horvath) ввел топологические нечеткие биполярные фармакофорные автокоррелограммы (Topological Fuzzy Bipolar Pharmacophore Autocorrelograms) [244], которые можно представить как атомные пары Кархарта, в которых реальные атомы заменены на фармокофорные центры (классифицированные как гидрофобные, ароматические, акцепторы водородной связи, доноры водородной связи, катионы и анионы), тогда как топологическое расстояние между ними может принимать несколько близких значений вместо одного фиксированного. Эти дескрипторы были с успехом применены при проведении виртуального скрининга для 42 биологических мишеней с использованием поиска по подобию и нескольких четких и нечетких метрик [245], причем по эффективности использования фрагментные дескрипторы данного типа лишь очень незначительно уступают 3-мерным аналогам [244]. Нечеткие фармакофорные триплеты (Fuzzy Pharmacophore Triplets) были предложены Хорватом (Horvath) [246] как расширение топологических нечетких биполярных фармакофорных автокоррелограмм на случай трех фармакофорных центров. Важным нововведением в этом типе дескрипторов явился учет протеолитического равновесия как функции от pH среды [246]. Благодаря этой особенности, эти дескрипторы в ряде случаев оказались способными проводить эффективную дискриминацию между структурно близкими соединениями со значительно отличающимися значениями биологической активности [246]. 78
Следует упомянуть также и другие типы топологических триплетов. В частности, фармакофорные ключи Similog (Similog pharmacophoric keys), предложенные Шуфенхауэром (Schuffenhauer) и др. [247], состоят из триплетов бинарно закодированных типов атомов (фармакофорных центров) и топологических расстояний между ними. Тип атома кодируется при этом 4 битами, соответствующими следующим свойствам атома: потенциальный донор водородной связи, потенциальный акцептор водородной связи, объемность и “электроположительность” (electropositivity) (см. Рис. 13). Топологические фармакофорные треугольники (topological pharmacophore-point triangles), реализованные в программном комплексе MOE [248], представляют собой триплеты атомных типов MOE, разделенные несколькими дискретными значениями топологического расстояния. Модели QSAR, полученные при помощи этих дескрипторов и аппарата «машин опорных векторов», с успехом были использованы при проведении виртуального скрининга при поиске ингибиторов циклооксигеназы-2 [249] и лиганд D 3 –дофаминового рецептора [250]. 0100 6 O 6 O 0010 4 O H 1100 0010-4-1100-6-0100-6- Рис. 13. Пример фармакофорных ключей Similog 2.2.1.7. Заместители и молекулярные остовы С самого начала применения структурной теории для описания строения органических соединений декомпозиция молекул на заместители и молекулярный остов, к которому они присоединены, всегда воспринималась естествен- 79
- Page 27 and 28: Рис. 5. Введение мом
- Page 29 and 30: адаптивно настраив
- Page 31 and 32: 1.2.4.7. Квазиньютонов
- Page 33 and 34: (химических соедин
- Page 35 and 36: на границах решетк
- Page 37 and 38: ными значениями со
- Page 39 and 40: рующие один и тот ж
- Page 41 and 42: дящихся на 2-ом, 3-м и
- Page 43 and 44: всех RBF-нейронов, а
- Page 45 and 46: чающей выборки, при
- Page 47 and 48: Рис. 10. Архитектура
- Page 49 and 50: 1.2.5.4. Нейросети на о
- Page 51 and 52: ми связями, занимае
- Page 53 and 54: практически важных
- Page 55 and 56: ния классического
- Page 57 and 58: ческому мозгу во вр
- Page 59 and 60: лаждения системы и
- Page 61 and 62: чем в качестве прог
- Page 63 and 64: ГЛАВА 2. ФРАГМЕНТНЫ
- Page 65 and 66: му типу биологичес
- Page 67 and 68: тему опубликовано
- Page 69 and 70: В настоящее время п
- Page 71 and 72: ниях QSPR/QSAR/SAR. И дейс
- Page 73 and 74: В качестве характе
- Page 75 and 76: Некоторые типы ЦАФ
- Page 77: кроме того, они сно
- Page 81 and 82: зисных графов, пред
- Page 83 and 84: рой равен 1 только в
- Page 85 and 86: множества различны
- Page 87 and 88: при проведении вир
- Page 89 and 90: 21 01 12 12 21 01 Рис. 17. Ре
- Page 91 and 92: ределенных атомных
- Page 93 and 94: элементам, что може
- Page 95 and 96: наличие или отсутс
- Page 97 and 98: использовались в н
- Page 99 and 100: ложенные в 1985 г. ато
- Page 101 and 102: 2.3. Ограничения фра
- Page 103 and 104: ГЛАВА 3. МАТЕМАТИЧЕ
- Page 105 and 106: качестве меток исп
- Page 107 and 108: ной нумерации граф
- Page 109 and 110: нейронной сети с пр
- Page 111 and 112: ГЛАВА 4. РАЗРАБОТКА
- Page 113 and 114: линейные комбинаци
- Page 115 and 116: таться внешней по о
- Page 117 and 118: Предсказанное знач
- Page 119 and 120: рипторе, то он пере
- Page 121 and 122: Для решения этой пр
- Page 123 and 124: • D x - среднее значе
- Page 125 and 126: R 1 R 2 R 1 R 2 X R 6 X R N + 3 (CH
- Page 127 and 128: В соответствии с вы
численной оценки сходства органических соединений, а также для проведения<br />
исследований SAR при помощи анализа тренд-векторов. В отличие от ФКСП,<br />
атомные пары Кархарта используют в качестве центров не только дескрипторные<br />
центры, но и все остальные неводородные атомы, которые классифицированы<br />
с учетом типа химического элемента, числа неводородных соседей и количества<br />
π-электронов. В настоящее время атомные пары Кархарта являются<br />
одним из самых распространенных фрагментных дескрипторов для проведения<br />
виртуального скрининга с целью поиска новых биологически активных соединений.<br />
Как дальнейшее развитие дескрипторов этого типа, Хорват (Horvath) ввел<br />
топологические нечеткие биполярные фармакофорные автокоррелограммы<br />
(Topological Fuzzy Bipolar Pharmacophore Autocorrelograms) [244], которые<br />
можно представить как атомные пары Кархарта, в которых реальные атомы заменены<br />
на фармокофорные центры (классифицированные как гидрофобные,<br />
ароматические, акцепторы водородной связи, доноры водородной связи, катионы<br />
и анионы), тогда как топологическое расстояние между ними может принимать<br />
несколько близких значений вместо одного фиксированного. Эти дескрипторы<br />
были с успехом применены при проведении виртуального скрининга для<br />
42 биологических мишеней с использованием поиска по подобию и нескольких<br />
четких и нечетких метрик [245], причем по эффективности использования<br />
фрагментные дескрипторы данного типа лишь очень незначительно уступают<br />
3-мерным аналогам [244]. Нечеткие фармакофорные триплеты (Fuzzy Pharmacophore<br />
Triplets) были предложены Хорватом (Horvath) [246] как расширение<br />
топологических нечетких биполярных фармакофорных автокоррелограмм на<br />
случай трех фармакофорных центров. Важным нововведением в этом типе дескрипторов<br />
явился учет протеолитического равновесия как функции от pH среды<br />
[246]. Благодаря этой особенности, эти дескрипторы в ряде случаев оказались<br />
способными проводить эффективную дискриминацию между структурно<br />
близкими соединениями со значительно отличающимися значениями биологической<br />
активности [246].<br />
78
Change language