Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
Нилакантан (Nilakantan) с соавторами ввели понятие о топологических<br />
торсионных углах (topological torsions), которые представляют собой четверки<br />
последовательно связанных между собой неводородных атомов [189]. Таким<br />
образом, они соответствуют цепочке из 4 вершин в молекулярном графе. Каждый<br />
атом в топологическом торсионном углу описывается типом атома (который<br />
соответствует типу химического элемента), числом присоединенных неводородных<br />
атомов и числом пар π-электронов. Молекулярные дескрипторы, показывающие<br />
присутствие либо отсутствие топологических торсионных углов в<br />
химических структурах, были использованы для качественного прогнозирования<br />
биологической активности в исследованиях SAR [189]. Кирсли (Kearsley) и<br />
др. [190] осознали, что описание типа атома посредством типа химического<br />
элемента во многих случаях является чересчур специфичным и не может обеспечить<br />
достаточной гибкости, необходимой для поиска по подобию и основанного<br />
на нем широкомасштабного виртуального скрининга. В связи с этим, они<br />
предложили проводить типизацию атомов в топологических торсионных углах<br />
Нилакантана (а также в атомных парах Кархарта, см. ниже) путем отнесения<br />
каждого из атомов к одному из семи классов: катионов, анионов, нейтральных<br />
доноров водородной связи, нейтральных акцепторов водородной связи, полярных<br />
атомов, гидрофобных атомов и др.<br />
Четыре вышеупомянутых типа структурных фрагментов, а именно атомы,<br />
связи, перекрестные члены в основанных на связях аддитивных схемах и топологические<br />
торсионные углы, являются, с точки зрения теории графов, цепочками<br />
разной длины. Идея использовать число вложений цепочек разной длины<br />
в молекулярные графы в качестве дескрипторов при построении моделей<br />
«структура-свойство» была впервые предложена в 1964 г. Е.А.Смоленским<br />
[128], который показал, что энтальпия образования алканов может быть представлена<br />
как линейная комбинаций чисел вложения цепочек длиной до четырех<br />
вершин (атомов) в молекулярный граф, и обосновал это с точки зрения квантовой<br />
теории. Многочисленные работы, опубликованные за последние 40 лет,<br />
свидетельствуют о том, что цепочечные структурные фрагменты являются одним<br />
из самых популярных, мощных и полезных типов фрагментов в исследова-<br />
70
Change language