Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи Ðа пÑÐ°Ð²Ð°Ñ ÑÑкопиÑи
ГЛАВА 8. РАЗРАБОТКА ПРОГРАММНЫХ СРЕДСТВ 8.1. История разработки программных средств История разработки программных средств, использовавшихся на разных этапах выполнения данной диссертационной работы, начинается с создания на ПЭКВМ (Персональной Электронной Клавишной Вычислительной Машине) «Искра-226» в 1985-1986 гг. автором диссертационной работы под руководством С.С.Трача и Н.С.Зефирова универсальной программы молекулярной графики для целей органической химии «Модель» [507, 508] как части первой версии компьютерной программы SYMBEQ [509], предназначенной для поиска новых типов реагирования органических соединений. В рамках SYMBEQ «Модель» использовалась для интерактивного ввода графов топологий перераспределения связей и для графического вывода сгенерированных уравнений химических реакций. В 1986-1987 гг. автором диссертационной работы вместе с М.И.Станкевич и под руководством Н.С.Зефирова была создана первая программа, позволяющая осуществлять поиск структурных фрагментов в молекулярных графах [510, 511]. Эта программа первоначально использовалась нами для расчета фрагментных дескрипторов, пока не был создан для этой цели значительно более совершенный дескрипторный блок FRAGMENT. В 1988-1989 гг. автором диссертационной работы вместе с М.И.Станкевич и Р.О.Девдариани и под руководством Н.С.Зефирова был создан на ПЭКВМ «Искра-226» программный комплекс STAR (STructure-Activity Relationships) для нахождения корреляций «структура-свойство» на основе топологических индексов и простой линейной регрессии [512]. Комплекс включал: 1) управляющую программу; 2) программу интерактивного ввода химических структур «Модель», отделенную от SYMBEQ и наделенную возможностью создавать базы данных «структура-свойство»; 3) несколько дескрипторных блоков для расчета топологических индексов; 4) статистический блок для 294
проведения линейного регрессионного анализа. Интересным компонентом комплекса STAR явился дескрипторный блок для вычисления взвешенного индекса Рандича и позволяющий находить для этого оптимальный набор весов путем оптимизации функционала ошибки в пространстве весов при помощи симплекс-метода. Таким путем удалось, например, построить модель для прогнозирования температуры плавления ароматических соединений [513]. Следующим важным этапом в разработке программных средств явилось создание в 1990-1992 гг. программного комплекса для поиска количественных корреляций «структура-свойство» «EMMA», предназначенного для работы в среде MS-DOS на IBM PC-совместимых персональных компьютерах первых поколений. В рамках комплекса EMMA автором диссертационной работы были созданы: 1) программа интерактивного ввода химических структур и ведения баз данных «структура-свойство» MOLED (в сущности, программа «Модель» из комплекса STAR была переписана под среду MS-DOS и дополнена новыми возможностями); 2) дескрипторный блок FRAGMENT для расчета фрагментных дескрипторов (см. разделы 5.1 и 8.3); 3) дескрипторный блок HMO (описание не включено в данную диссертационную работу), предназначенный для проведения квантово-химических расчетов молекул непредельных соединений с использованием стандартного метода Хюккеля и вычисления по результатам расчетов набора квантовохимических дескрипторов; 4) дескрипторный блок FRAGPROP (см. разделы 5.4. и 8.4) для расчета псевдофрагментных дескрипторов; 5) дескрипторные блоки, предназначенные для расчета разнообразных типов топологических индексов, в частности, CONNECT, KAPPA, BALABAN, BASAK, ELEM, VX, LOUSE и др. (описание этих блоков не включено в диссертационную работу). В разработку комплекса «ЭММА» наиболее существенный вклад также внесли Д.В.Сухачев (управляющая программа, блок построения статистической 295
- Page 243 and 244: молекул с конденси
- Page 245 and 246: 7.1.4. Прогнозировани
- Page 247 and 248: сивов разрозненных
- Page 249 and 250: используются как т
- Page 251 and 252: были модифицирован
- Page 253 and 254: зависимости давлен
- Page 255 and 256: Объединенный набор
- Page 257 and 258: Оба механизма вклю
- Page 259 and 260: творителя, а также
- Page 261 and 262: Табл. 29. Характерис
- Page 263 and 264: набора дескрипторо
- Page 265 and 266: угодно сложные зав
- Page 267 and 268: симостей «структур
- Page 269 and 270: лей, хотя все модел
- Page 271 and 272: одновременно решае
- Page 273 and 274: Как видно приведен
- Page 275 and 276: принципе гарантиро
- Page 277 and 278: мерации атомов дос
- Page 279 and 280: бор сигналов, соотв
- Page 281 and 282: только с атомных се
- Page 283 and 284: 7.4.3. Примеры разных
- Page 285 and 286: Рис. 66. Минимальная
- Page 287 and 288: ров» ведет к ухудше
- Page 289 and 290: бензол, было отброш
- Page 291 and 292: на атому. После 4000 э
- Page 293: фов), то и все нейро
- Page 297 and 298: тате чего NASAWIN прев
- Page 299 and 300: 8.2.3. Химически-орие
- Page 301 and 302: 8.2.7. Нейросетевые п
- Page 303 and 304: 8.2.11. Кластеризация
- Page 305 and 306: нейросетевом прогр
- Page 307 and 308: 18 p1_Nlp Количество не
- Page 309 and 310: 43 p 4 _ SPR = ∑ R( a ) ⋅ R( a
- Page 311 and 312: делей. Программа та
- Page 313 and 314: позволяющая прогно
- Page 315 and 316: ЛИТЕРАТУРА 1. Гилле
- Page 317 and 318: 31. Aoyama T.; Ichikawa H. Neural N
- Page 319 and 320: 54. Karelson M.; Dobchev D.A.; Kuls
- Page 321 and 322: 79. Carpenter G.A.; Grossberg S. A
- Page 323 and 324: 103. Ежов А.А.; Токаев
- Page 325 and 326: 126. Benson S.W.; Buss J.H. Additiv
- Page 327 and 328: 148. Fisanick W.; Lipkus A.H.; Rusi
- Page 329 and 330: 169. Klopman G.; Macina O.T.; Levin
- Page 331 and 332: 189. Nilakantan R.; Bauman N.; Dixo
- Page 333 and 334: 209. Татевский В.М. Кл
- Page 335 and 336: ces and Related Descriptors in QSAR
- Page 337 and 338: 248. MOE, Molecular Operating Envir
- Page 339 and 340: 269. Estrada E.; Gonzalez H. What A
- Page 341 and 342: 288. Saigo H.; Kadowaki T.; Tsuda K
- Page 343 and 344: 309. Vladutz G. Modern Approaches t
проведения линейного регрессионного анализа. Интересным компонентом<br />
комплекса STAR явился дескрипторный блок для вычисления взвешенного индекса<br />
Рандича и позволяющий находить для этого оптимальный набор весов<br />
путем оптимизации функционала ошибки в пространстве весов при помощи<br />
симплекс-метода. Таким путем удалось, например, построить модель для прогнозирования<br />
температуры плавления ароматических соединений [513].<br />
Следующим важным этапом в разработке программных средств явилось<br />
создание в 1990-1992 гг. программного комплекса для поиска количественных<br />
корреляций «структура-свойство» «EMMA», предназначенного для работы в<br />
среде MS-DOS на IBM PC-совместимых персональных компьютерах первых<br />
поколений. В рамках комплекса EMMA автором диссертационной работы были<br />
созданы:<br />
1) программа интерактивного ввода химических структур и ведения баз<br />
данных «структура-свойство» MOLED (в сущности, программа «Модель» из<br />
комплекса STAR была переписана под среду MS-DOS и дополнена новыми<br />
возможностями);<br />
2) дескрипторный блок FRAGMENT для расчета фрагментных дескрипторов<br />
(см. разделы 5.1 и 8.3);<br />
3) дескрипторный блок HMO (описание не включено в данную диссертационную<br />
работу), предназначенный для проведения квантово-химических расчетов<br />
молекул непредельных соединений с использованием стандартного метода<br />
Хюккеля и вычисления по результатам расчетов набора квантовохимических<br />
дескрипторов;<br />
4) дескрипторный блок FRAGPROP (см. разделы 5.4. и 8.4) для расчета<br />
псевдофрагментных дескрипторов;<br />
5) дескрипторные блоки, предназначенные для расчета разнообразных<br />
типов топологических индексов, в частности, CONNECT, KAPPA, BALABAN,<br />
BASAK, ELEM, VX, LOUSE и др. (описание этих блоков не включено в диссертационную<br />
работу).<br />
В разработку комплекса «ЭММА» наиболее существенный вклад также<br />
внесли Д.В.Сухачев (управляющая программа, блок построения статистической<br />
295