На правах рукописи

На правах рукописи На правах рукописи

cdn.scipeople.com
from cdn.scipeople.com More from this publisher
19.11.2014 Views

ГЛАВА 8. РАЗРАБОТКА ПРОГРАММНЫХ СРЕДСТВ 8.1. История разработки программных средств История разработки программных средств, использовавшихся на разных этапах выполнения данной диссертационной работы, начинается с создания на ПЭКВМ (Персональной Электронной Клавишной Вычислительной Машине) «Искра-226» в 1985-1986 гг. автором диссертационной работы под руководством С.С.Трача и Н.С.Зефирова универсальной программы молекулярной графики для целей органической химии «Модель» [507, 508] как части первой версии компьютерной программы SYMBEQ [509], предназначенной для поиска новых типов реагирования органических соединений. В рамках SYMBEQ «Модель» использовалась для интерактивного ввода графов топологий перераспределения связей и для графического вывода сгенерированных уравнений химических реакций. В 1986-1987 гг. автором диссертационной работы вместе с М.И.Станкевич и под руководством Н.С.Зефирова была создана первая программа, позволяющая осуществлять поиск структурных фрагментов в молекулярных графах [510, 511]. Эта программа первоначально использовалась нами для расчета фрагментных дескрипторов, пока не был создан для этой цели значительно более совершенный дескрипторный блок FRAGMENT. В 1988-1989 гг. автором диссертационной работы вместе с М.И.Станкевич и Р.О.Девдариани и под руководством Н.С.Зефирова был создан на ПЭКВМ «Искра-226» программный комплекс STAR (STructure-Activity Relationships) для нахождения корреляций «структура-свойство» на основе топологических индексов и простой линейной регрессии [512]. Комплекс включал: 1) управляющую программу; 2) программу интерактивного ввода химических структур «Модель», отделенную от SYMBEQ и наделенную возможностью создавать базы данных «структура-свойство»; 3) несколько дескрипторных блоков для расчета топологических индексов; 4) статистический блок для 294

проведения линейного регрессионного анализа. Интересным компонентом комплекса STAR явился дескрипторный блок для вычисления взвешенного индекса Рандича и позволяющий находить для этого оптимальный набор весов путем оптимизации функционала ошибки в пространстве весов при помощи симплекс-метода. Таким путем удалось, например, построить модель для прогнозирования температуры плавления ароматических соединений [513]. Следующим важным этапом в разработке программных средств явилось создание в 1990-1992 гг. программного комплекса для поиска количественных корреляций «структура-свойство» «EMMA», предназначенного для работы в среде MS-DOS на IBM PC-совместимых персональных компьютерах первых поколений. В рамках комплекса EMMA автором диссертационной работы были созданы: 1) программа интерактивного ввода химических структур и ведения баз данных «структура-свойство» MOLED (в сущности, программа «Модель» из комплекса STAR была переписана под среду MS-DOS и дополнена новыми возможностями); 2) дескрипторный блок FRAGMENT для расчета фрагментных дескрипторов (см. разделы 5.1 и 8.3); 3) дескрипторный блок HMO (описание не включено в данную диссертационную работу), предназначенный для проведения квантово-химических расчетов молекул непредельных соединений с использованием стандартного метода Хюккеля и вычисления по результатам расчетов набора квантовохимических дескрипторов; 4) дескрипторный блок FRAGPROP (см. разделы 5.4. и 8.4) для расчета псевдофрагментных дескрипторов; 5) дескрипторные блоки, предназначенные для расчета разнообразных типов топологических индексов, в частности, CONNECT, KAPPA, BALABAN, BASAK, ELEM, VX, LOUSE и др. (описание этих блоков не включено в диссертационную работу). В разработку комплекса «ЭММА» наиболее существенный вклад также внесли Д.В.Сухачев (управляющая программа, блок построения статистической 295

проведения линейного регрессионного анализа. Интересным компонентом<br />

комплекса STAR явился дескрипторный блок для вычисления взвешенного индекса<br />

Рандича и позволяющий находить для этого оптимальный набор весов<br />

путем оптимизации функционала ошибки в пространстве весов при помощи<br />

симплекс-метода. Таким путем удалось, например, построить модель для прогнозирования<br />

температуры плавления ароматических соединений [513].<br />

Следующим важным этапом в разработке программных средств явилось<br />

создание в 1990-1992 гг. программного комплекса для поиска количественных<br />

корреляций «структура-свойство» «EMMA», предназначенного для работы в<br />

среде MS-DOS на IBM PC-совместимых персональных компьютерах первых<br />

поколений. В рамках комплекса EMMA автором диссертационной работы были<br />

созданы:<br />

1) программа интерактивного ввода химических структур и ведения баз<br />

данных «структура-свойство» MOLED (в сущности, программа «Модель» из<br />

комплекса STAR была переписана под среду MS-DOS и дополнена новыми<br />

возможностями);<br />

2) дескрипторный блок FRAGMENT для расчета фрагментных дескрипторов<br />

(см. разделы 5.1 и 8.3);<br />

3) дескрипторный блок HMO (описание не включено в данную диссертационную<br />

работу), предназначенный для проведения квантово-химических расчетов<br />

молекул непредельных соединений с использованием стандартного метода<br />

Хюккеля и вычисления по результатам расчетов набора квантовохимических<br />

дескрипторов;<br />

4) дескрипторный блок FRAGPROP (см. разделы 5.4. и 8.4) для расчета<br />

псевдофрагментных дескрипторов;<br />

5) дескрипторные блоки, предназначенные для расчета разнообразных<br />

типов топологических индексов, в частности, CONNECT, KAPPA, BALABAN,<br />

BASAK, ELEM, VX, LOUSE и др. (описание этих блоков не включено в диссертационную<br />

работу).<br />

В разработку комплекса «ЭММА» наиболее существенный вклад также<br />

внесли Д.В.Сухачев (управляющая программа, блок построения статистической<br />

295

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!