На Ð¿Ñ€Ð°Ð²Ð°Ñ Ñ€ÑƒÐºÐ¾Ð¿Ð¸ÑÐ¸

5.1.2. Иерархическая классификация атомов во фрагментах
В рамках нашего подхода была разработана специальная схема иерархической
классификации типов атомов, в рамках которой каждому из них соответствует
код, состоящий из 3 символов. Классификация основана на следующем
принципе: каждый последующий символ конкретизирует предыдущий.
Исключения составляют строчные символы, входящие в состав двухбуквенных
кодов химических элементов, например, Cl, Br, Si и т.д. Первый символ (или
первые два символа для двухбуквенных кодов химических элементов) отражает
тип химического элемента, тогда как последующие символы служат для уточнения
ближайшего окружения атома. Если для определения типа атома достаточно
двух символов, то в качестве третьего используется символ «_». Таким
образом, наш подход предусматривает возможность введения нескольких уровней
обобщения типов атомов. Кроме того, имеется возможность создания специальных
типов атомов, объединяющих по тем или иным принципам несколько
типов атомов.
Первый уровень классификации соответствует «обобщенному» типу атомов,
типы химических элементов учитываются на втором уровне, тогда как
третий и, возможно, четвертый уровни классификации дополнительно учитывают
тип гибридизации, связевое окружение атома, его формальный заряд, а
также число водородных соседей. Полный набор типов атомов, соответствующих
элементам-органогенам (C, N, O, S, Se, P, As, Si, F, Cl, Br, I) приведен в
Табл. 2. Следует отметить, что для атомов Se классификация типов атомов аналогична
S, для атомов As аналогична P, а для атомов Br и I – аналогична Cl.
Щелочные и щелочноземельные металлы обозначаются MXX, где ХХ - тип химического
элемента. Например, атом натрия обозначается MNa, атом калия
MK_ и т.д. Все остальные элементы кодируются как ХХ_, например, La_, Be_ и
т.д.
Табл. 2. Классификация типов атомов
Код
атома
Условное
изображение
Расшифровка кода атома
145