На Ð¿Ñ€Ð°Ð²Ð°Ñ Ñ€ÑƒÐºÐ¾Ð¿Ð¸ÑÐ¸

деленными» атомами (см. раздел 5.3), полимерными структурами (см. раздел
5.4) и стереохимической информацией.
5.1.1. Типы фрагментов
Наш рабочий набор фрагментов, генерируемый программой Fragment (см.
раздел 8.3), включает: цепочечные фрагменты длиной от 1 (р1) до 15 (рf) атомов,
циклические: длиной от 3 (с3) до 15 (сf) атомов, три разветвленных фрагмента
(s4, s5, s6), бициклические: длиной от 6 (b0) до 15 (ba) атомов в различных
сочетаниях, трициклические: длиной от 12 (t0) до 15 (ta) атомов в различных
сочетаниях (Рис. 31).
Цепочки
1
p1
1
1
p2
2
1
2
1 2
p3
3
1
2
3
4
1 2 3
p4
1
2 4
3
1 2 3 4
p5
5
1
1
2
2
4
3 5
3 4 5
p6
6
1
2 4 6
3 5
1 2 3 4 5 6
p7
7
1
2 4 6 8
3 5 7
1 2 3 4 5 6 7
p8
1
2
3 4 6
5 7 8 9
1 2 3 4 5 6 7 8
p9
1
2
3
4
5
6
7
8
1 2 3 4 5 6 7 8
pa
a
9
9
1
2 4
3 5 6 8
7
1 2 3 4 5 6 7 8
pb
a
9
9 a
b
1
2 4 6 8
3 5 7
1 2 3 4 5 6 7 8
pc
a c 2 4 6 8 a c
9 b
9 a
b
b 1 3 5 7 9
1 2 3 4 5 6 7 8 9 a b c d
pd
1
2 4 6 8
3 5 7
1 2 3 4 5 6 7 8
pe
a c e
9 b
c d
2 4 6 8 a c e
1 3 5 7 9 b
9 a b d
c d
d e f
1 2 3 4 5 6 7 8 9 a b
pf
Циклы
1
3 1
3 2 2
c3
1
4
1 2
2
4 3 3
c4
1
5 1
5
4
4 3
c5
2
2
3
6
5
5
6
4
1
1
2
2
3
3
4
c6
4 4 5
3 5
3
6
2 6
2 7
1 7
1
c7
1 1 2
8 2
8
3
7
7
3
4
6 4
6 5 5
c8
2
4
3 3 4
1
5
2
1
5
9 7 6
9 8 8 6
7 c9
1
a
a
1 2 4
2
3 3 4
5
9
8
9
8
7
6
7
5
6
ca
2
1
1
b
b
3
2 3
5
4 4 5
6
6
9
a 9 8
a
7
8
7
cb
1
c
c
2
5
1 2
3
4 5
3 4
b a a 9 9 8 7
b
8
cc
6
6
7
1
d
d
2
5
1 2
3 4 5
3 4
c b b a 9 9 8 7
c a 8
cd
6
6
7
143