На Ð¿Ñ€Ð°Ð²Ð°Ñ Ñ€ÑƒÐºÐ¾Ð¿Ð¸ÑÐ¸

ГЛАВА 5. РАЗРАБОТКА ФРАГМЕНТНЫХ ПОДХОДОВ
Данная глава содержит описание разработанных нами концепций, методов,
программ и алгоритмов, нацеленных на то, чтобы превратить фрагментный
подход в мощный инструмент максимально точного моделирования широкого
разнообразия свойств органических соединений. В главе не только приводятся
способы преодоления перечисленных в разделе 2.3 ограничений фрагментных
дескрипторов, но и предлагаются методики, направленные на значительное
расширение сферы применения фрагментного подхода.
5.1. Принципы построения и генерации фрагментных дескрипторов
Основными отличительными особенностями разработанного нами варианта
фрагментных дескрипторов является чрезвычайная гибкость (и, как следствие,
универсальность их применения для моделирования самых разнообразных
свойств органических соединений), а также очень высокая производительность
их генерации. Гибкость достигается наличием большого числа типов генерируемых
фрагментов (см. подраздел 5.1.1) в сочетании с развитой четырехуровневой
классификацией типов атомов (см. подраздел 5.1.2), наличием механизма
их автоматического обобщения (см. подраздел 5.1.3) и нескольких стратегий
комбинирования разных уровней классификации атомов внутри фрагментов
(см. подраздел 5.1.4). Эффективность достигается за счет совершенного алгоритма,
генерирующего все типы фрагментов за два просмотра структуры, использования
оригинального трехуровневого иерархического списка кодов генерируемых
фрагментов с очень быстрым доступом к его элементам, а также
поддержанием динамически меняющегося списка групп статистически эквивалентных
дескрипторов (см. подраздел 5.1.5). Следует также отметить использование
оригинальной методики поиска ароматических циклов, а также алгоритмов
поиска изоморфных вложений графов и определения их групп автоморфизмов.
Важными особенностями также является возможность работы с «вы-
142