You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
Analys och tolkning av resultat<br />
Vi rekommenderar att varje laboratorium utvecklar egna procedurer och kriterier för<br />
tolkning och rapportering. Riktlinjer för bästa praxis för QF-PCR har dokumenterats av<br />
Storbritanniens Clinical Molecular <strong>Gen</strong>etics Society and Association of Clinical<br />
Cytogeneticists och är tillgängliga som referens på:<br />
www.cmgs.org.uk<br />
PCR-produkter observeras som ett märksystem med 5 färger med filteruppsättning G5.<br />
Filteruppsättning G5 detekterar fragment som är märkta med 6-FAM (blå), VIC (gröna),<br />
NED (gula) och PET (röda) plus markören Size Standard (Storleksstandard) som är<br />
märkt med LIZ (orange) på ett elektroferogram och i <strong>Gen</strong>eMapper- eller <strong>Gen</strong>eMarkerprogrammet.<br />
Software analysis guides (Vägledningar för programvaruanalys) för <strong>Gen</strong>eMarker och<br />
<strong>Gen</strong>eMapper är tillgängliga på webbplatsen för <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong>:<br />
www.gen-probe.com/global/products-services/<br />
Vägledningen för <strong>Gen</strong>eMapper-analys ger information om programvaruinställningar och<br />
anvisningar för import av analyserade data till en Excel-rapportmall. <strong>Gen</strong>eMarker har en<br />
applikation för trisomianalys som är kompatibel med Elucigene <strong>QST*R</strong>.<br />
Viktig anmärkning: Olika kombinationer av instrument, polymer och storleksstandard<br />
kan göra att storleksanrop varierar något. Under validering av satsen ska användare<br />
kontrollera att standardinställningarna för ”bin” (”fack”) leder till korrekt toppmärkning och<br />
justera vid behov. Kontakta teknisk support för att få råd om det uppstår problem.<br />
Allmänna analysriktlinjer för alla <strong>QST*R</strong>-satser<br />
1. Den negativa kontrollen ska inte uppvisa några vassa toppar inom avläsningsintervallet<br />
på 100 till 510 bp.<br />
2. Den positiva kontrollen måste uppvisa de förväntade resultaten och alla toppar måste<br />
uppfylla kriterierna nedan.<br />
3. För analys av DNA-prover ska minst 1 topp observeras för varje analyserad markör.<br />
Det godtagbara intervallet för markörtoppar som analyseras på 3130 <strong>Gen</strong>etic Analyzer<br />
ligger mellan 50 och 6 000 relativa fluorescerande enheter (rfu) och för 3500 <strong>Gen</strong>etic<br />
Analyzers mellan 175 och 32 000 rfu. Topphöjder som hamnar utanför detta intervall ska<br />
inte analyseras.<br />
4. Elektroferogram av dålig kvalitet på grund av kraftig genomblödning mellan färger<br />
(även kallat ”pull-up”) eller ”elektroforesspikar” (vassa toppar som finns i mer än en färg)<br />
ska inte tolkas. PCR-produkterna ska återinjiceras och återanalyseras.<br />
5. Analys utförs genom bedömning av toppkvoter (A1/A2), där A1 är topparean för det<br />
kortare fragmentet och A2 är topparean för det längre fragmentet. Kvoten som blir<br />
resultatet är diagnostisk för antalet lokusuppsättningar. För disomiska kromosomer ska<br />
heterozygota markörer visa två toppar med liknande höjd. En fullständig analys av antalet<br />
kromosomuppsättningar utförs genom jämförelse av kvoter för toppareor.<br />
6. Heterozygota dialleliska (dvs. två alleler) markörer ska hamna inom ett kvotfönster på<br />
0,8 till 1,4. För två alleler som separeras med mer än 24 bp i storlek är dock en kvot på<br />
upp till 1,5 godtagbar. Alla värden som hamnar inom denna region benämns som om de<br />
AN000BY001SV Rev.07/2012 Sida 15 av 36
Change language