Framtiden för svensk forskningsinfrastruktur – utkast - Vetenskapsrådet
Framtiden för svensk forskningsinfrastruktur – utkast - Vetenskapsrådet Framtiden för svensk forskningsinfrastruktur – utkast - Vetenskapsrådet
utkast till långsiktig plan för infrastruktur, 9 maj 2006 forskning inom områden såsom geografiska informationssystem, datamining, visualisering, virtuella världar och konceptuella gränssnitt till rika datamängder, kollaborativ konst i digitala miljöer, analys av datorspel, nätverksanalys (t ex intellektuella nätverk), kroppslighet i virtuella världar. (Mer information finns på http://www.humlab.umu.se). 9.8 Utvärdering angående biobanker Bioinformatik Det finns behov av en bioinformatikinfrastruktur som innefattar den nödvändiga datorinfrastrukturen för att bearbeta, organisera och lagra gen- och proteinrelaterade data (genom, transkriptom, proteom och metabolom) för snabb och effektiv åtkomst. Denna infrastruktur skall dels möjliggöra användarvänlig tillgänglighet, t.ex. via portaler, dels möjliggöra effektiva och storskaliga analyser av avancerade användare. Delar av bioinformatikinfrastrukturen kan ses som ingående i ett databasrelaterat forskningsprogram för utveckling av viktiga standarder, ontologier och nya informationskällor. Infrastrukturen skall också innehålla länkar till distribuerade källor för organismspecifik kunskap och i tillämpliga fall till specifika databaser av stort intresse, t.ex. bildsamlingar. Infrastrukturen skall uppfylla nödvändiga säkerhetskrav för korrekt informationsöverföring samt möjliggöra skydd av individdata. Vidare kommer infrastrukturen att utgöra en plattform för datainsamling, lagring, annotering, validering och informationsspridning, förenlig med kraven för delade resurser inom livsvetenskaper. Mycket av denna infrastruktur kommer att byggas upp på europeisk nivå, t.ex. vid EBI (European Bioinformatics Institute), men det kommer även att behövas en nationell satsning, dels som stöd till nationella projekt, dels för att effektivisera vår tillgång till de europeiska resurserna. I Sverige har bioinformatik tillvuxit under den senaste tioårsperioden och det finns nu flera excellenta forskningscentra och -grupper i bioinformatik. Emellertid har man ej på nationell nivå koordinerat databasinfrastruktur, analysverktyg, användarstöd och kompetensutveckling. KFI föreslår därför att man nu utreder vad som bör koordineras nationellt vad beträffar användarstöd och utbildning, identifierar samarbetsmöjligheter för utveckling av nya analysverktyg samt söker finna optimala sätt för Sverige att medverka i utvecklingen av bioinformatik i ett europeiskt perspektiv. Biobanker Medicinsk information om den svenska befolkningen (diagnos, behandling, vävnadsprover, undersökningar, blodprov, DNA, läkemedelsanvändning) kan lagras på ett sätt som är standardiserat samt juridiskt och etiskt acceptabelt. Detta blir en flerdimensionell databas som medger möjligheter till nya typer av studier, uppföljningar m.m. och kan med fördel integreras med motsvarande satsningar i våra nordiska grannländer. KFI bör ta initiativ till att bättre belysa hur biobanker skall samordnas i Sverige. Vi har, tack vare våra unika register och homogena befolkningsunderlag världsunika möjligheter att skapa stora och informativa biobanker. Nu sker samordning lokalt inom universiteten och landstingen som var och en gör Sida 84 av 88
utkast till långsiktig plan för infrastruktur, 9 maj 2006 egna inventeringar. Förslagen om satsning på biobanker och databaser är mycket välkomna. VR-M behöver dock vara engagerad i detta arbete fortsättningsvis. Biobanksarbete gäller i grunden arbete med biologiskt material och kräver tillräckliga personalresurser och kunskaper hos de delar av sjukvården som ska utföra detta merarbete, dvs. de specialiteter som hanterar och karakteriserar det humanbiologiska materialet. Detta kan gälla t.ex. läkare och personal inom kirurgiska specialiteter, patologi och cytologi, klinisk kemi, klinisk bakteriologi, immunologi m.fl. Behoven gäller även i samband med “förädling” av biologiskt material, registrering av forskningsdata och material. Biobanksfrågor har en tendens att cirkulera kring teoretiska frågor, stora databaser och kohorter av försökspersoner. I själva verket är den grundläggande verksamheten ett merarbete inom sjukvården som kan bli av en betydande omfattning om det biologiska materialet verkligen ska kunna göras tillgängligt för forskning. Omfattningen av detta strukturbehov är inte överblickbar för närvarande utan behöver utredas närmare i samarbete med landstingets företrädare. 9.9 Utredning om framtida storskalig datorresurs Syftet är att utreda hur extrema beräkningsbehov skall tillgodoses. Det gäller extremt stora minnesbehov och/eller behov av processorer extrem snabbhet, som SNIC i dagsläget inte kan tillgodose. Vissa forskargrupper har dessa behov under kortare eller längre tidsperioder och därför är nationell och/eller internationell samordning värdefull och leder sannolikt till mer kostnadseffektiva lösningar. Forskargrupper med extrema behov kan potentiellt finnas inom inom bl a livsvetenskaperna, t.ex. bioinformatik och strukturbiologi, materialvetenskap, klimatsimuleringar, högenergifysik och astrofysik. I EU:s 7:e ramprogram finns planer på en storskalig datorresurs, som sannolikt i så fall kommer att samfinansieras mellan EU, värdlandet och de i projektet deltagande länderna. SNIC har i sitt landskapsdokument framhållit att Sverige skulle kunna spela en ledande roll i planering av en sådan framtida sameuropeisk resurs. KFI föreslår att SNIC ges i uppdrag att utreda hur man bäst löser dessa framtida behov av storskalig datorresurs genom att jämföra de tre alternativen a) en samfinansierad europeisk resurs, b) en samfinansierad resurs på nordisk nivå eller c) en nationell resurs. I en sådan utredning bör kostnaderna och tillgängligheten för svenska forskare (både avseende kapacitet och nyttjandetid) jämföras mellan de olika alternativen. Betydelsen av en storskalig beräkningsresurs av detta slag kommer sannolikt att vara mycket stor - utredningen bör klargöra hur stort behovet är och visa vad som krävs för att Sverige skall kunna befinna sig i den internationella frontlinjen. 9.10 Utredning om EROHS På längre sikt bör effekterna av EROHS för svenska databasinfrastrukturer utredas och utvärderas. Sida 85 av 88
- Page 33 and 34: utkast till långsiktig plan för i
- Page 35 and 36: utkast till långsiktig plan för i
- Page 37 and 38: utkast till långsiktig plan för i
- Page 39 and 40: utkast till långsiktig plan för i
- Page 41 and 42: utkast till långsiktig plan för i
- Page 43 and 44: utkast till långsiktig plan för i
- Page 45 and 46: utkast till långsiktig plan för i
- Page 47 and 48: utkast till långsiktig plan för i
- Page 49 and 50: utkast till långsiktig plan för i
- Page 51 and 52: NORDUnet och Geant utkast till lån
- Page 53 and 54: Finansiering utkast till långsikti
- Page 55 and 56: utkast till långsiktig plan för i
- Page 57 and 58: utkast till långsiktig plan för i
- Page 59 and 60: utkast till långsiktig plan för i
- Page 61 and 62: utkast till långsiktig plan för i
- Page 63 and 64: Iakttagelser utkast till långsikti
- Page 65 and 66: Finansiering utkast till långsikti
- Page 67 and 68: 6. Rekommendationer utkast till lå
- Page 69 and 70: utkast till långsiktig plan för i
- Page 71 and 72: utkast till långsiktig plan för i
- Page 73 and 74: utkast till långsiktig plan för i
- Page 75 and 76: utkast till långsiktig plan för i
- Page 77 and 78: utkast till långsiktig plan för i
- Page 79 and 80: utkast till långsiktig plan för i
- Page 81 and 82: utkast till långsiktig plan för i
- Page 83: utkast till långsiktig plan för i
- Page 87 and 88: utkast till långsiktig plan för i
<strong>utkast</strong> till långsiktig plan <strong>för</strong> infrastruktur, 9 maj 2006<br />
forskning inom områden såsom geografiska informationssystem, datamining, visualisering,<br />
virtuella världar och konceptuella gränssnitt till rika datamängder, kollaborativ konst i digitala<br />
miljöer, analys av datorspel, nätverksanalys (t ex intellektuella nätverk), kroppslighet i<br />
virtuella världar. (Mer information finns på http://www.humlab.umu.se).<br />
9.8 Utvärdering angående biobanker<br />
Bioinformatik<br />
Det finns behov av en bioinformatikinfrastruktur som innefattar den nödvändiga<br />
datorinfrastrukturen <strong>för</strong> att bearbeta, organisera och lagra gen- och proteinrelaterade data<br />
(genom, transkriptom, proteom och metabolom) <strong>för</strong> snabb och effektiv åtkomst. Denna<br />
infrastruktur skall dels möjliggöra användarvänlig tillgänglighet, t.ex. via portaler, dels<br />
möjliggöra effektiva och storskaliga analyser av avancerade användare. Delar av<br />
bioinformatikinfrastrukturen kan ses som ingående i ett databasrelaterat forskningsprogram<br />
<strong>för</strong> utveckling av viktiga standarder, ontologier och nya informationskällor. Infrastrukturen<br />
skall också innehålla länkar till distribuerade källor <strong>för</strong> organismspecifik kunskap och i<br />
tillämpliga fall till specifika databaser av stort intresse, t.ex. bildsamlingar. Infrastrukturen<br />
skall uppfylla nödvändiga säkerhetskrav <strong>för</strong> korrekt informationsöver<strong>för</strong>ing samt möjliggöra<br />
skydd av individdata. Vidare kommer infrastrukturen att utgöra en plattform <strong>för</strong><br />
datainsamling, lagring, annotering, validering och informationsspridning, <strong>för</strong>enlig med kraven<br />
<strong>för</strong> delade resurser inom livsvetenskaper.<br />
Mycket av denna infrastruktur kommer att byggas upp på europeisk nivå, t.ex. vid EBI<br />
(European Bioinformatics Institute), men det kommer även att behövas en nationell satsning,<br />
dels som stöd till nationella projekt, dels <strong>för</strong> att effektivisera vår tillgång till de europeiska<br />
resurserna.<br />
I Sverige har bioinformatik tillvuxit under den senaste tioårsperioden och det finns nu flera<br />
excellenta forskningscentra och -grupper i bioinformatik. Emellertid har man ej på nationell<br />
nivå koordinerat databasinfrastruktur, analysverktyg, användarstöd och kompetensutveckling.<br />
KFI <strong>för</strong>eslår där<strong>för</strong> att man nu utreder vad som bör koordineras nationellt vad beträffar<br />
användarstöd och utbildning, identifierar samarbetsmöjligheter <strong>för</strong> utveckling av nya<br />
analysverktyg samt söker finna optimala sätt <strong>för</strong> Sverige att medverka i utvecklingen av<br />
bioinformatik i ett europeiskt perspektiv.<br />
Biobanker<br />
Medicinsk information om den <strong>svensk</strong>a befolkningen (diagnos, behandling, vävnadsprover,<br />
undersökningar, blodprov, DNA, läkemedelsanvändning) kan lagras på ett sätt som är<br />
standardiserat samt juridiskt och etiskt acceptabelt. Detta blir en flerdimensionell databas som<br />
medger möjligheter till nya typer av studier, uppföljningar m.m. och kan med <strong>för</strong>del<br />
integreras med motsvarande satsningar i våra nordiska grannländer. KFI bör ta initiativ till att<br />
bättre belysa hur biobanker skall samordnas i Sverige. Vi har, tack vare våra unika register<br />
och homogena befolkningsunderlag världsunika möjligheter att skapa stora och informativa<br />
biobanker. Nu sker samordning lokalt inom universiteten och landstingen som var och en gör<br />
Sida 84 av 88
Change language