Framtiden för svensk forskningsinfrastruktur – utkast - Vetenskapsrådet
Framtiden för svensk forskningsinfrastruktur – utkast - Vetenskapsrådet Framtiden för svensk forskningsinfrastruktur – utkast - Vetenskapsrådet
utkast till långsiktig plan för infrastruktur, 9 maj 2006 Resursplattformarna och cellbiologisk metodik av allehanda slag måste utredas ytterligare och man behöver då engagera landets mest framstående experter på dessa områden. Detta arbetet måste också tillåtas ta en viss tid. Frågan om finansiering och uppbyggnad av infrastruktur är en helt grundläggande och determinerande fråga för vilken forskning som kan bedrivas vid våra universitet. Forskningsinfrastrukturen bör därför noggrant prioriteras i dialog med universiteten och universitetssjukhusen så att den fyller den högkvalitativa, excellenta, forskningens behov, dvs. blir till för den forskning som vi har som uppgift att stödja. En balanserad avvägning behöver också göras när det gäller satsning på utrustning respektive på teoretisk och praktisk kompetens När man beaktar behovet av infrastruktur så bör man också göra en avvägning mellan vad som måste erbjudas lokalt och vad som kan erbjudas genom en samlad nationell eller regional resurs. Nedan följer förslag på de behov och områden som är relevanta inom den biomedicinska forskningen och som har potential att kunna ges som centraliserade resurser (core-facliteter men och annan typ av infrastruktur). Biobanker Detta faller inte inom beredningsgrupp 2 men har mycket hög prioritet inom biomedicinsk forskning. Frågan bedrivs förnärvarande okopplad mellan landstingen, vetenskapsrådet och andra finansiärer som tex. Wallenbergstiftelsen. KFI bör ta en ledande roll i denna fråga eftersom den är mycket komplex i sin natur och har flera knutpunkter som måste överkommas. Tex, ägarrätt, offentlighetsprincipen kontra patient sekretess, standarder, tillgångsprinciper-när är ett projekt av sådan karaktär och nytta att tillgång till material ges. Etiska bedömningar. KFI bör ta initiativ till att bättre belysa hur biobanker skall samordnas i Sverige. Vi har, tack vare våra unika register och homogena befolkningsunderlag världsunika möjligheter att skapa stora och informativa biobanker. Nu sker samordning lokalt inom universiteten och landstingen som var och en gör egna inventeringar. VR-M bör också vara engagerad i detta arbete. Biobanksarbete gäller i grunden arbete med biologiskt material och kräver tillräckliga personalresurser och kunskaper hos de delar av sjukvården som ska utföra detta merarbete, dvs. de specialiteter som hanterar och karakteriserar det humanbiologiska materialet. Detta kan gälla t.ex. läkare och personal inom kirurgiska specialiteter, patologi och cytologi, klinisk kemi, klinisk bakteriologi, immunologi m.fl. Behoven gäller även i samband med “förädling” av biologiskt material, registrering av forskningsdata och material. Biobanksfrågor har en tendens att cirkulera kring teoretiska frågor, stora databaser och kohorter av försökspersoner. I själva verket är den grundläggande verksamheten ett merarbete inom sjukvården som kan bli av en betydande omfattning om det biologiska materialet verkligen ska kunna göras tillgängligt för forskning. Omfattningen av detta strukturbehov är inte överblickbar för närvarande utan behöver utredas närmare i samarbete med landstingets företrädare. Man bör utreda möjligheterna till ett nationellt biobanksregister med bl.a. likartat säkert förvaringssätt men lokal förvaring; möjlighet till likartade metoder för analys av proteiner, metaboliter, RNA och DNA för att möjliggöra samordning av lokalt analyserade prover; central bioinformatisk metodutveckling; uppkoppling till centrala persondata som folkbokföring, cancerregister och andra medicinskt relevanta register. En rad initiativ med större eller mindre deltagande och omfattning finns på området. Databaser Detta faller inte heller inom beredningsgrupp 2 men har mycket hög prioritet inom Sida 34 av 88
utkast till långsiktig plan för infrastruktur, 9 maj 2006 biomedicinsk forskning och bör i vissa avseenden ses kopplad till behovet av biobanker. Detta framförallt när det gäller patient register, sekretess kontra tillgång osv. Ett stort behov inom biomedicinsk forskning är även tillgång till databaser med en mera bioinformatisk karaktär, t.ex. genom, genetik, struktur samt databaser inom områdena TPM (Transkriptomic, Proteomik och Metabonomik-centralt inom translationell forskning) och även befolkningsregister. Kopplat till detta bör finnas centra för statistik, system analysis och modellering. Ett internationellt perspektiv bör lyftas fram. Med tanke på den unika konkurrensfördel som fem av de europeiska länderna har (Norden) när det gäller registerepidemiologisk forskning så skulle det, tillsammans med bl a Storbritanniens epidemiologiska tradition, vara ett mycket starkt koncept och ge forskningsmässiga vinster genom samordning av infrastruktur. BioMolekylär analys Struktur analys-kristalldifraktion och NMR, molekylär identifiering-GC, LC-mass spec för proteomik, lipidomic, metabonomik, patientprov analys. Här ingår också protein expression/upprening. Bioimaging (EM, Bioimaging, Cellular Imaging, Biophysical imaging). Imaging faciliteter som möjliggör heldjurs avbildning (ex. MRI och MRS, Ultraljud, datorbaserad tomografi, Dual energy X-ray absorptiometry, gamma camera, Optical Coherence Tomography, Spectrally encoded in vivo confocal imaging), cellulär avbildning (konfokal mikroskopi, multifoton mikroskopi, video-mikroskopi, elektronmikroskopitransmission, cryo och svep, mikromanipulering och injektion, laser dissektion av vävnad och delar av celler), molekylär avbildning (fluoresens korrelativ spektroskopi-single och multifoton baserad-dual line, TOF-SIMS, CARS). Fysiologi Transgena djur-knock in och knock out. Djurstallning, uppfödning, korsning. Kartläggning av fenotypiska karakteristiska, fysiologi (t.ex. syreupptagning, Metabolisk karakterisering av urin och avföring). Kirurgi/Operationssalar Här avses de operations salar som framför allt används för träning och utveckling men även forskning. Kirurgi utförs på djur (ex. grisar och hundar vilka hålls under narkos och övervakning). Tex tandimplantat, ögon kirurgi, protesimplantat, allmän kirurgi träning. Av stor vikt också trauma-kirurgi träning. Förutom landstingen och universiteten så har både socialstyrelsen och försvaret ett stort behov av trauma-kirurgi träning. Därför föreslås en gemensam sattsning på denna typ av infrastruktur. Remote surgery. Faciliteter för genom typering, fenotypering och expressionsanalys Här avses plattformar för DNA extraktion, Genotypering av SNPs (single-nucleotidepolymorphisms), Genotypering av microsatellite-polymorphisms (STRPs – short tandem repeat polymorphisms), real-time RT-PCR och DNA sekvensering, array plattformar. EMBL- nod Sida 35 av 88
- Page 1 and 2: utkast till långsiktig plan för i
- Page 3 and 4: Förord utkast till långsiktig pla
- Page 5 and 6: 1. Introduktion utkast till långsi
- Page 7 and 8: utkast till långsiktig plan för i
- Page 9 and 10: utkast till långsiktig plan för i
- Page 11 and 12: utkast till långsiktig plan för i
- Page 13 and 14: utkast till långsiktig plan för i
- Page 15 and 16: utkast till långsiktig plan för i
- Page 17 and 18: utkast till långsiktig plan för i
- Page 19 and 20: Framtida beslutade projekt utkast t
- Page 21 and 22: utkast till långsiktig plan för i
- Page 23 and 24: utkast till långsiktig plan för i
- Page 25 and 26: utkast till långsiktig plan för i
- Page 27 and 28: utkast till långsiktig plan för i
- Page 29 and 30: utkast till långsiktig plan för i
- Page 31 and 32: Jonteknisk forskning utkast till l
- Page 33: utkast till långsiktig plan för i
- Page 37 and 38: utkast till långsiktig plan för i
- Page 39 and 40: utkast till långsiktig plan för i
- Page 41 and 42: utkast till långsiktig plan för i
- Page 43 and 44: utkast till långsiktig plan för i
- Page 45 and 46: utkast till långsiktig plan för i
- Page 47 and 48: utkast till långsiktig plan för i
- Page 49 and 50: utkast till långsiktig plan för i
- Page 51 and 52: NORDUnet och Geant utkast till lån
- Page 53 and 54: Finansiering utkast till långsikti
- Page 55 and 56: utkast till långsiktig plan för i
- Page 57 and 58: utkast till långsiktig plan för i
- Page 59 and 60: utkast till långsiktig plan för i
- Page 61 and 62: utkast till långsiktig plan för i
- Page 63 and 64: Iakttagelser utkast till långsikti
- Page 65 and 66: Finansiering utkast till långsikti
- Page 67 and 68: 6. Rekommendationer utkast till lå
- Page 69 and 70: utkast till långsiktig plan för i
- Page 71 and 72: utkast till långsiktig plan för i
- Page 73 and 74: utkast till långsiktig plan för i
- Page 75 and 76: utkast till långsiktig plan för i
- Page 77 and 78: utkast till långsiktig plan för i
- Page 79 and 80: utkast till långsiktig plan för i
- Page 81 and 82: utkast till långsiktig plan för i
- Page 83 and 84: utkast till långsiktig plan för i
<strong>utkast</strong> till långsiktig plan <strong>för</strong> infrastruktur, 9 maj 2006<br />
biomedicinsk forskning och bör i vissa avseenden ses kopplad till behovet av biobanker. Detta<br />
fram<strong>för</strong>allt när det gäller patient register, sekretess kontra tillgång osv. Ett stort behov inom<br />
biomedicinsk forskning är även tillgång till databaser med en mera bioinformatisk karaktär,<br />
t.ex. genom, genetik, struktur samt databaser inom områdena TPM (Transkriptomic,<br />
Proteomik och Metabonomik-centralt inom translationell forskning) och även<br />
befolkningsregister. Kopplat till detta bör finnas centra <strong>för</strong> statistik, system analysis och<br />
modellering. Ett internationellt perspektiv bör lyftas fram. Med tanke på den unika<br />
konkurrens<strong>för</strong>del som fem av de europeiska länderna har (Norden) när det gäller<br />
registerepidemiologisk forskning så skulle det, tillsammans med bl a Storbritanniens<br />
epidemiologiska tradition, vara ett mycket starkt koncept och ge forskningsmässiga vinster<br />
genom samordning av infrastruktur.<br />
BioMolekylär analys<br />
Struktur analys-kristalldifraktion och NMR, molekylär identifiering-GC, LC-mass spec <strong>för</strong><br />
proteomik, lipidomic, metabonomik, patientprov analys. Här ingår också protein<br />
expression/upprening.<br />
Bioimaging (EM, Bioimaging, Cellular Imaging, Biophysical imaging).<br />
Imaging faciliteter som möjliggör heldjurs avbildning (ex. MRI och MRS, Ultraljud,<br />
datorbaserad tomografi, Dual energy X-ray absorptiometry, gamma camera, Optical<br />
Coherence Tomography, Spectrally encoded in vivo confocal imaging), cellulär avbildning<br />
(konfokal mikroskopi, multifoton mikroskopi, video-mikroskopi, elektronmikroskopitransmission,<br />
cryo och svep, mikromanipulering och injektion, laser dissektion av vävnad och<br />
delar av celler), molekylär avbildning (fluoresens korrelativ spektroskopi-single och<br />
multifoton baserad-dual line, TOF-SIMS, CARS).<br />
Fysiologi<br />
Transgena djur-knock in och knock out. Djurstallning, uppfödning, korsning.<br />
Kartläggning av fenotypiska karakteristiska, fysiologi (t.ex. syreupptagning, Metabolisk<br />
karakterisering av urin och av<strong>för</strong>ing).<br />
Kirurgi/Operationssalar<br />
Här avses de operations salar som fram<strong>för</strong> allt används <strong>för</strong> träning och utveckling men även<br />
forskning. Kirurgi ut<strong>för</strong>s på djur (ex. grisar och hundar vilka hålls under narkos och<br />
övervakning). Tex tandimplantat, ögon kirurgi, protesimplantat, allmän kirurgi träning. Av<br />
stor vikt också trauma-kirurgi träning. Förutom landstingen och universiteten så har både<br />
socialstyrelsen och <strong>för</strong>svaret ett stort behov av trauma-kirurgi träning. Där<strong>för</strong> <strong>för</strong>eslås en<br />
gemensam sattsning på denna typ av infrastruktur. Remote surgery.<br />
Faciliteter <strong>för</strong> genom typering, fenotypering och expressionsanalys<br />
Här avses plattformar <strong>för</strong> DNA extraktion, Genotypering av SNPs (single-nucleotidepolymorphisms),<br />
Genotypering av microsatellite-polymorphisms (STRPs <strong>–</strong> short tandem<br />
repeat polymorphisms), real-time RT-PCR och DNA sekvensering, array plattformar.<br />
EMBL- nod<br />
Sida 35 av 88
Change language