Protein(3) 2007B.pdf

澱 粉 磷 解 脢
Computer modeling of L-SP
(base on the template of GP)
Starch binding site
PLP binding site
PEST site
B site
A site
L78
Active site
Helix a
Helix b
Phosphorylation site (Ser 71)
我 在 生 技 系 的 研 究 主 題 之 一 , 就 是 植 物 的 澱 粉 磷 解 脢 (L-SP) 構 造 ,L-SP 可 能 在 植 物 的 澱 粉 合
成 上 , 佔 有 非 常 重 要 的 角 色 。
澱 粉 磷 解 脢 在 動 物 細 胞 中 的 對 等 蛋 白 質 為 肝 糖 磷 解 脢 (GP), 五 十 多 年 以 來 ,GP 已 經 被 研 究 得
很 清 楚 , 很 早 就 解 出 其 3D 立 體 構 造 。 由 於 L-SP 與 GP 在 蛋 白 質 序 列 上 有 80% 以 上 的 相 似
度 , 預 測 兩 者 的 蛋 白 質 構 形 也 極 相 像 。 因 此 可 以 用 GP 的 構 造 為 藍 本 , 以 電 腦 程 式 模 擬 L-SP
的 構 造 。
另 外 ,L-SP 與 GP 在 構 造 上 有 一 個 很 不 同 的 地 方 , 就 是 L-SP 的 分 子 中 央 , 多 出 一 段 約 78 個
胺 基 酸 的 片 段 , 稱 為 L78。 電 腦 程 式 可 以 先 預 測 L78 的 二 級 構 造 後 , 再 插 入 所 預 測 的 L-SP 分
子 中 , 就 得 到 上 圖 的 模 擬 構 造 。 依 此 構 造 , 我 們 就 可 以 預 測 L-SP 的 活 性 催 化 機 制 , 推 測 有 無
調 節 或 控 制 。
L78 據 推 測 是 由 intron 演 化 而 來 , 變 成 了 exon, 但 在 表 現 出 來 之 後 , 這 段 蛋 白 質 卻 插 在 L-SP 的 澱 粉 結 合 區 上 面
( 如 上 圖 ), 使 得 L-SP 無 法 與 澱 粉 結 合 。 後 來 發 現 ,L78 會 被 降 解 , 甚 至 完 全 切 除 掉 。 這 實 在 是 說 不 通 ,L-SP 把
intron 演 化 成 exon 表 現 出 蛋 白 質 來 卡 住 自 己 的 嘴 巴 , 然 後 又 要 把 它 切 掉 。
問 題 : 請 幫 上 述 L78 的 困 境 想 一 個 合 理 的 說 法 。
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