Tutorial tRNAscan-SE e RNAmmer - Coccidia.icb.usp.br

TRNAscan-SEServidor Web: http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/Lowe, T.M. & Eddy, S.R. (1997). tRNAscan-SE: a program for improved detection oftransfer RNA genes in genomic sequence. Nucleic Acids Research 25: 955-964.Usage: tRNAscan-SE [-options] Scan a sequence file for tRNAs using tRNAscan, EufindtRNA &tRNA covariance models-- defaults to use with eukaryotic sequences(use -B, -A, -O or -G to scan other types of sequences)Basic Options-B or -P : search for bacterial tRNAs (use bacterial tRNA model)-A : search for archaeal tRNAs (use archaeal tRNA model)-O : search for organellar (mitochondrial/chloroplast) tRNAs-G : use general tRNA model (cytoplasmic tRNAs from all 3domains included)-C : search using Cove analysis only (max sensitivity, veryslow)-o : save final results in -f : save tRNA secondary structures to -a : output results in ACeDB output format instead of defaulttabular format-m : save statistics summary for run in (speed, # tRNAs found in each part of search, etc)-H : show both primary and secondary structure components tocovariance model bit scores-q : quiet mode (credits & run option selections suppressed)-h : print full list (long) of available optionsRoteiro de aula1. Vá para o seu diretório e entre no subdiretório tRNA-rRNA2. Digite o comando abaixo:tRNAscan-SE -G -o saida_tRNA_G.txt T_gondii_plastid.fastaEste comando irá invocar o programa tRNAscan-SE, usando o arquivo FASTAT_gondii_plastid.fasta, com um modelo geral de tRNAs. Os resultados serão salvos noarquivo saida_tRNA_G.txt. Esse arquivo contém o genoma do apicoplasto de Toxoplasmagondii.

Segue abaixo um esquema do genoma dessa organela, obtido a partir da páginahttp://roos.bio.upenn.edu/~rooslab/jkissing/toxomap.html.2. Compare o mapa de genes de tRNA de plastídeo de Toxoplasma gondii com osgenes de tRNA preditos pelo programa tRNAscan-SE.3. Caso queira, tente fazer a mesma análise utilizando agora o servidor web dotRNAscan-SE localizado no endereço http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/4. Utilize o modo tRNAscan only no Search Mode e a opção Mixed (general tRNAmodel) em Source. Escolha a opção Submit a File e faça o upload do arquivoT_gondii_plastid.fasta. Clique no botão Run tRNAscan-SE.5. Caso queira visualizar a estrutura secundária do tRNA, clique no respectivo botãoView tRNA.RNAmmerServidor Web: http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/Lagesen K, Hallin P, Rødland EA, Staerfeldt HH, Rognes T, Ussery DW. (2007).RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes. Nucleic AcidsResearch 35(9): 573-580.

Comando:rnammer [-S kingdom] [-m molecules] [-xml xml-file] [-gff gff-file] [-d][-p] [-h hmmreport] [-f fasta-file] [sequence]ournammer [-S kingdom] [-m molecules] [-xml xml-file] [-gff gff-file] [-d][-p] [-h hmmreport] [-f fasta-file] < [sequence]Parâmetros:-S - Specifies the super kingdom of the input sequence. Can be either’arc’, ’bac’, or ’euk’.-gff - output gff file. Specifies filename for output in GFF version 2output-multi - Runs all molecules and both strands in parallel-f fasta - Specifies filename for output fasta file of predicted rRNAgenes-h hmmreport - Specifies filename for output HMM report.-m - Molecule type can be ’tsu’ for 5/8s rRNA, ’ssu’ for 16/18s rRNA,’lsu’ for 23/28s rRNA or any combination seperated by comma.[sequence] - The input file to process.Roteiro de aula1. Digite o comando abaixo:rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -gff saida_gff -f saida_fasta E_coli.fastaEste comando irá invocar o programa rnammer, usando o arquivo FASTAE_coli.fasta, com um modelo de rRNAs de bactérias. Os resultados serão salvos emformato GFF2 no arquivo saida_gff. O arquivo de resultaods saida_fasta conterá assequências nucleotídicas dos genes de rRNA em formato FASTA.2. Quando o programa finalizar a tarefa, rode o programa Artemis (comandoart&).3. Abra o arquivo FASTA E_coli.fasta e depois abra o arquivo GFF2 com ocomando File Read An Entry do menu.4. Inspecione os genes encontrados e sua localização no genoma de E. coli.5. Abra o arquivo de anotação de E. coli localizado em sua pasta (arquivoE_coli.gb).6. Compare a anotação do RNAmmer com a anotação oficial.