2002 - Instituto de Química - USP

Hamza El-DorryANÁLISE GENÔMICA DA REGULAÇAODE REDES METABÓLICASNosso laboratório utiliza técnicas de gênomicaestrutural e functional, aliadas a ferramentas deanálise computacional, no estudo da expressão einteração gênica nas redes metabólicas de eucariotos,em uma escala global. Estamos particularmenteinteressados em analisar as redes de regulaçãoenvolvidas na produção de energia e o efeito dosníveis de glicose e oxigênio na perturbação do sistemametabólico.A figura ao lado mostra o efeito da variação daconcentração de O 2dissolvido no meio e da glicosesobre a expressão de 2.000 genes do organismoeucariótico multicelular Trichoderma reesei, ummicroorganismo que utiliza glicose para a produçãode energia, na forma de ATP, através do metabolismoaeróbico. A análise de expressão dos genes nasdiversas condições foi realizada através da técnicade microarray e os padrões de expressão dos genesforam agrupados computacionalmente através deagrupamento hierárquico. A indução da expressãogênica em relação ao ponto de referência (primeiroponto) está apresentada em vermelho, enquanto arepressão gênica é apresentada em verdeSummaryOur laboratory uses functional/structural genomictechniques and computational analysis to study geneinteractions and gene expression of the metabolicnetworks in eukaryotic systems at a global level.We are particularly interested in analyzing thegenomic regulatory networks for energy productionand the effect of glucose and oxygen levels on theperturbation of the metabolic system.PublicaçõesChambergo F. S., Bonaccorsi E. D., Ferreira A. J., Ramos A. S., Ferreira J.R. Junior, Abrahao-Neto J., Farah J. P., El-Dorry H. Elucidation of themetabolic fate of glucose in the filamentous fungus Trichoderma reeseiusing expressed sequence tag (EST) analysis and cDNA microarrays. Journalof Biological Chemistry 277(2002) 13983-13988.Camargo et al., The contribution of 700,000 “ORF sequence tags” tothe definition of the human transcriptome. Proceedings of the NationalAcademy of Sciences of the United States of America 98 (2001) 12103-12108Da Silva et al., Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogenswith differing host specificities. Nature 417 (2002) 459-463Instituto de Química - Pesquisa 2001 - 2002 38 Departamento Departamento de Química de FundamentalBioquímica