2002 - Instituto de QuÃmica - USP
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Wladia VivianiLABORATÓRIO DE MODELAGEMMOLECULARNosso Laboratório <strong>de</strong>senvolveu uma metodologiapreditiva para avaliar quantitativamente a seletivida<strong>de</strong>por diferentes resíduos dos bolsões <strong>de</strong> ancoragem, etambém <strong>de</strong> posições secundárias <strong>de</strong> interação, dafenda apresentadora <strong>de</strong> antígenos <strong>de</strong> moléculas doComplexo Maior <strong>de</strong> Histocompatibilida<strong>de</strong> (MHC).Esta metodologia, agora automatizada na forma doprograma MHCalc, se baseia na construção <strong>de</strong> umpeptí<strong>de</strong>o padrão em conformação tipo hélicepoliprolina, que é posicionado na fendaapresentadora <strong>de</strong> antígenos do MHC em estudo; aisso segue-se o estudo por cálculos empíricos - <strong>de</strong>Mecânica Molecular - <strong>de</strong> termos <strong>de</strong> energia <strong>de</strong>interação rearranjados, resultando em um novo termotransferível, a energia <strong>de</strong> substituição (dEsub). Estacorrespon<strong>de</strong> à variação da energia potencial<strong>de</strong>corrente <strong>de</strong> substituição <strong>de</strong> um resíduo <strong>de</strong> alaninapor outro resíduo dado, no peptí<strong>de</strong>o padrãocomplexado ao MHC.SummaryOur Laboratory <strong>de</strong>veloped a predictive methodology,and its associated program MHCalc, which allowsthe quantitative evaluation of MHC proteinsselectivity for different pepti<strong>de</strong>s, as well as the <strong>de</strong>terminationof a preference scale for the variousaminoacid residues for each of the interacting pocketsof the MHC antigen presentation groove. By permutationof these preferred residues, one can builda set of composition rules for pepti<strong>de</strong>s suitables tobe recognized by each MHC studied, even in theabsence of experimental data.O cálculo <strong>de</strong> dEsub para todos os 20 aminoacidosnaturais possibilita o estabelecimento <strong>de</strong> uma escala<strong>de</strong> preferência por diferentes resíduos, para cada umadas posições <strong>de</strong> interação da fenda <strong>de</strong> apresentaçãodo MHC em estudo; por permutação <strong>de</strong>stes resíduos,po<strong>de</strong>m-se <strong>de</strong>rivar regras preditivas <strong>de</strong> composiçãopara peptí<strong>de</strong>os reconhecíveis por cada alelo MHCestudado, inclusive na ausência <strong>de</strong> quaisquer dadosexperimentais.Departamento <strong>de</strong> Química Bioquímica Fundamental109<strong>Instituto</strong> <strong>de</strong> Química - Pesquisa 2001 - <strong>2002</strong>