2002 - Instituto de Química - USP

Wladia VivianiLABORATÓRIO DE MODELAGEMMOLECULARNosso Laboratório desenvolveu uma metodologiapreditiva para avaliar quantitativamente a seletividadepor diferentes resíduos dos bolsões de ancoragem, etambém de posições secundárias de interação, dafenda apresentadora de antígenos de moléculas doComplexo Maior de Histocompatibilidade (MHC).Esta metodologia, agora automatizada na forma doprograma MHCalc, se baseia na construção de umpeptídeo padrão em conformação tipo hélicepoliprolina, que é posicionado na fendaapresentadora de antígenos do MHC em estudo; aisso segue-se o estudo por cálculos empíricos - deMecânica Molecular - de termos de energia deinteração rearranjados, resultando em um novo termotransferível, a energia de substituição (dEsub). Estacorresponde à variação da energia potencialdecorrente de substituição de um resíduo de alaninapor outro resíduo dado, no peptídeo padrãocomplexado ao MHC.SummaryOur Laboratory developed a predictive methodology,and its associated program MHCalc, which allowsthe quantitative evaluation of MHC proteinsselectivity for different peptides, as well as the determinationof a preference scale for the variousaminoacid residues for each of the interacting pocketsof the MHC antigen presentation groove. By permutationof these preferred residues, one can builda set of composition rules for peptides suitables tobe recognized by each MHC studied, even in theabsence of experimental data.O cálculo de dEsub para todos os 20 aminoacidosnaturais possibilita o estabelecimento de uma escalade preferência por diferentes resíduos, para cada umadas posições de interação da fenda de apresentaçãodo MHC em estudo; por permutação destes resíduos,podem-se derivar regras preditivas de composiçãopara peptídeos reconhecíveis por cada alelo MHCestudado, inclusive na ausência de quaisquer dadosexperimentais.Departamento de Química Bioquímica Fundamental109Instituto de Química - Pesquisa 2001 - 2002