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Visualizar Tese - Instituto de Biociências - Unesp

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Cirilo, PDRMATERIAL E MÉTODOS413) Vias canônicas: esta análise i<strong>de</strong>ntificou as vias <strong>de</strong>positadas no IPA que forammais significativamente observadas entre os dados importados. A significânciada associação entre os dados foram calculadas <strong>de</strong> duas formas: a) a razão entreo número <strong>de</strong> moléculas dos dados importados dividida pelo número total <strong>de</strong>moléculas das vias canônicas; b) teste exato <strong>de</strong> Fisher foi utilizado paracalcular o P valor que <strong>de</strong>terminou a probabilida<strong>de</strong> da associação entre os genesimportados e as vias canônicas.4) Representação gráfica: as re<strong>de</strong>s são representadas graficamente paraverificar as relações entre as moléculas. As moléculas são representadas como“nós” e as relações biológicas entre dois nós são representadas pelas “linhas”.Todas as linhas são baseadas em pelo menos uma referência da literatura ounas informações canônicas <strong>de</strong>positadas no banco <strong>de</strong> dados do IPA. Genesortólogos são armazenados separadamente no IPA, porém, são representadoscomo nós únicos nas re<strong>de</strong>s. No caso dos dados <strong>de</strong> expressão, variações naintensida<strong>de</strong> das cores nos nós indicam o grau <strong>de</strong> regulação gênica(vermelho=expressão aumentada e ver<strong>de</strong>=expressão diminuída). Para osdados <strong>de</strong> CGH array, os genes apresentaram cores “fortes” <strong>de</strong> vermelho paraganhos e ver<strong>de</strong> para perdas genômicas. Os nós são representados <strong>de</strong> váriasformas geométricas que indicam a classe funcional do produto gênico. Aslinhas são representadas em duas formas principais, indicando a relação diretae indireta entre os nós.

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