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Visualizar Tese - Instituto de Biociências - Unesp

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Cirilo, PDRMATERIAL E MÉTODOS36(dihydrouridine synthase 4-like), BCAP29 (B cell receptor-associated protein 29) e SLC26A4(solute carrier family 26, member 4). Procedimentos <strong>de</strong> hibridação em duas cores (dualcolor) com a sonda controle (α satélite p7t1α7) e a sonda teste foram realizados para cadacaso. Uma média <strong>de</strong> 100 núcleos interfásicos intactos e não sobrepostos, contracoradoscom 4,6-diamino-2-phenylindole (DAPI), foram analisados para <strong>de</strong>terminar o número <strong>de</strong>sinais da sonda e a frequência <strong>de</strong> perdas envolvendo a região 7q22.3-q31.1. As alteraçõesno número <strong>de</strong> cópias <strong>de</strong>tectadas foram consi<strong>de</strong>radas significativas quando o valorobservado para cada caso era superior a média mais dois <strong>de</strong>svios-padrão das amostras dotecido normal usado como controle, calculados para cada sonda. Deleções hemizigotasforam consi<strong>de</strong>radas significativas quando <strong>de</strong>tectadas em mais <strong>de</strong> 30% das células.3.6 Microarrays <strong>de</strong> Expressão - Marcação, hibridação e análiseO perfil <strong>de</strong> expressão gênica em larga escala foi obtido em 51 amostras <strong>de</strong> LUutilizando-se a plataforma <strong>de</strong> microarray Whole Human Genome 4x44K (AgilentTechnologies), composta por 43.376 sequências biológicas e 32 sondas Spike-in (controlespositivos) (http://www.genomics.agilent.com). Os procedimentos <strong>de</strong> marcação dasamostras, hibridação e <strong>de</strong>tecção seguiram o protocolo Two-color microarray-based geneexpression analysis (Agilent Technologies). As amostras <strong>de</strong> LU foram hibridadas contraRNA referência universal composto por 15 linhagens celulares (Gomes et al., 2005;Boccardo, et al. 2010), assim como, as amostras <strong>de</strong> miométrios normais adjacentessegundo a fase do ciclo (pool <strong>de</strong> amostras). Para o protocolo <strong>de</strong> marcação com “duascores,” foi utilizado o kit o Quick Amp Labeling (Agilent Technologies). A reação é iniciadacom uma pré-síntese <strong>de</strong> cDNA, no qual foram utilizados 800ng <strong>de</strong> RNA (volume máximo <strong>de</strong>8,3µL), 2µL da diluição do Spike A para Cy3 (teste) ou Spike B para Cy5 (referência) e 1,2µL<strong>de</strong> T7 Promoter Primer. Essa reação foi incubada a 65°C por 10min e colocada no gelo por5min. A síntese <strong>de</strong> cDNA consistiu na adição <strong>de</strong> 4µL <strong>de</strong> 5X First Strand Buffer, 2µL <strong>de</strong> DTT

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