Visualizar Tese - Instituto de Biociências - Unesp

Cirilo, PDRMATERIAL E MÉTODOS35foram 0,2=ganhos; 0,6=alto nível de ganhos; -0,2=perdas; -1,0=perdas homozigotas, comorecomendado pelo fornecedor (Nexus version 5.0, Biodescovery).Para verificar se as amostras se agrupavam de acordo com a presença dealterações genômicas específicas, foi aplicado o teste Complete Linkage Hierarchical. Ascomparações entre os diferentes grupos com alterações genômicas e dados clínicos foramrealizadas pelo Teste Exato de Fisher com P≤0.05. A descrição de CNVs significativas(picos signifcativos) baseou-se na presença de três critérios: 1) alterações presentes emmais de 10% dos casos; 2) regiões com P≤0.05 e 3) exclusão de CNVs presentes em >5%da população controle. Esta população controle foi composta por um grupo de 82mulheres brasileiras com a ausência de tumores e doenças genéticas hereditárias (as quaisfazem parte de outro estudo da equipe). A exclusão de CNVs presentes >5% dessapopulação foi baseada nos critérios de McCarroll et al. (2008). Segundo esses autores, 80%das diferenças no número de cópias entre pares de indivíduos ocorrem devido a CNVscomuns com uma freqüência alélica >5%. Os genes mapeados nas regiões significativasforam submetidos a análise funcional.3.5 Hibridação in situ fluorescente (FISH)Em um estudo prévio do grupo, 27 amostras de LU foram investigadas por FISHpara caracterização de três regiões genômicas envolvidas em deleções no cromossomo 7,incluindo a del(7)(q22.3-q31.1)(Perez, 2004). Vinte destas amostras também foramtambém avaliadas por CGH array. As lâminas contendo preparações cromossômicas dasamostras tumorais e cinco lâminas controle obtidas a partir de linfócitos normaisestocadas a -20°C foram utilizadas na investigação por FISH. Neste estudo, a sonda testeloco-específica RP11-46J20 (localizada em 7q22.3-q31.1) foi clonada em vetores do tipoBAC (Bacterial Artifical Chromosome). O mapeamento físico da sonda teste mostrou oenvolvimento de quatro genes: COG5 (component of oligomeric golgi complex 5), DUS4L