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Visualizar Tese - Instituto de Biociências - Unesp

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Cirilo, PDRMATERIAL E MÉTODOS33Também foram extraídas as amostras <strong>de</strong> RNA do miométrio adjacente <strong>de</strong>sses casos(n=34). O protocolo estabelecido para extração <strong>de</strong> RNA foi o RNeasy Mini Kit (Qiagen). Aqualida<strong>de</strong> e a pureza do RNA foram avaliadas utilizando-se espectrofotômetro (NanoDropND-1000 Spectrophotometer v.3.0.1, Labtra<strong>de</strong>) e o Bioanalyzer (RNA 6000 NanoLabChipkit 2100 Agilent Technologies), respectivamente.3.4 CGH array – Marcação, hibridação e análiseForam utilizadas as lâminas Agilent Human 4x44K CGH Microarrays (AgilentTechnologies). Esta é uma plataforma <strong>de</strong> oligonucleotí<strong>de</strong>os <strong>de</strong> 60pb com espaçamentomédio entre as sondas <strong>de</strong> aproximadamente 43Kb. A resolução <strong>de</strong>sta plataforma é <strong>de</strong>aproximadamente 76Kb, que é o resultado da razão entre o número <strong>de</strong> pares <strong>de</strong> base dogenoma humano (~ 3.260Mb) sobre o espaçamento das sondas na plataforma (43Kb).Possuem aproximadamente 43.000 sondas que mapeiam genes bem caracterizados,particularmente aqueles envolvidos em câncer, incluindo sequências codificadoras e nãocodificadoras(http://www.chem.agilent.com). DNA Genômico Universal (Promega) foiutilizado como amostra referência, que é constituído por amostras genômicasprovenientes <strong>de</strong> vários doadores.Amostras tumorais com moléculas <strong>de</strong> DNA <strong>de</strong> alto peso molecular foramsubmetidas à marcação pelo Kit Bioprime CGH Labeling Module (Invitrogen), <strong>de</strong> acordocom especificações do fabricante. Para a realização dos experimentos foram utilizados500ng <strong>de</strong> DNA os quais foram submetidos a uma etapa <strong>de</strong> digestão enzimática randômicaem reação contendo água ultra-pura estéril; 2,6µL <strong>de</strong> tampão 10x; 0,2µL <strong>de</strong> BSA; 0,5µL <strong>de</strong>cada enzima (AluI e RsaI) totalizando 26µL. As reações foram incubadas a 37°C por 2horas, 65°C por 20min e mantidas em gelo durante o procedimento. Foram adicionados nareação 20µL <strong>de</strong> Random Primer (Invitrogen), e então, as amostras foram <strong>de</strong>snaturadas a95°C por 5min e transferidas para o gelo. As amostras <strong>de</strong> referência e teste foram

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