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Visualizar Tese - Instituto de Biociências - Unesp

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Cirilo, PDRDISCUSSÃO191utilizado neste estudo, é que ele vai além da i<strong>de</strong>ntificação dos genes moduladores. Aoassociar genes candidatos com módulos <strong>de</strong> genes e anotá-los usando dados da literatura, oCONEXIC fornece pistas sobre os papéis fisiológicos <strong>de</strong>stes genes e dos genes ligados aeles. O CONEXIC difere <strong>de</strong> outros métodos em várias maneiras. Em primeiro lugar, ele usaprincipalmente as informações <strong>de</strong> expressão <strong>de</strong> um gene candidato (ao invés do padrão donúmero <strong>de</strong> cópias) como uma representação do status do gene. Em segundo lugar, eleassocia um gene candidato a um módulo <strong>de</strong> genes cuja expressão correspon<strong>de</strong> a um genemodulador. Em terceiro lugar, associa o número <strong>de</strong> cópias <strong>de</strong> DNA com os dados <strong>de</strong>expressão gênica, que fornece maior sensibilida<strong>de</strong> para i<strong>de</strong>ntificar regiõessignificativamente aberrantes que não seriam i<strong>de</strong>ntificadas apenas em análises <strong>de</strong> DNA. Osmétodos clássicos <strong>de</strong> análise integrada, baseados em dados <strong>de</strong> alterações no número <strong>de</strong>cópias estão limitados a <strong>de</strong>tectar gran<strong>de</strong>s regiões genômicas que contêm múltiplos genes,on<strong>de</strong> o gene modulador não é facilmente i<strong>de</strong>ntificado entre eles (Akavia et al., 2010).Esta análise permitiu a i<strong>de</strong>ntificação <strong>de</strong> 75 genes moduladores que explicam ocomportamento <strong>de</strong> expressão dos 3325 genes i<strong>de</strong>ntificados na análise <strong>de</strong> expressãogênica. Estes genes estavam distribuídos em 25 regiões genômicas, nos quais 32% (8/25regiões) já haviam sido <strong>de</strong>scritas previamente em LU por estudos <strong>de</strong> HR-CGH, que são1p36.13, 4p14, 7q22.1, 11p15.5, 14q13.2, 16p11.2, 19q13.32 e 19q13.33 (Packenham etal., 1997; Levy et al., 2000; Christacos et al., 2006; Canevari e Rogatto, 2007; Hodge et al.,2009). As novas regiões i<strong>de</strong>ntificadas neste estudo contendo os genes moduladores foram1q41, 2q32.1, 2q32.2, 2q35, 5q31.2, 5q35.3, 8p12, 8q24.3, 10p15.3, 10q21.3, 11q13.2,12p11.21, 12p13.31, 16q24.3, 17q21.31, 20p11.2 e 20p13.Outra peculiarida<strong>de</strong> do CONEXIC é a i<strong>de</strong>ntificação <strong>de</strong> genes moduladoresin<strong>de</strong>pen<strong>de</strong>nte <strong>de</strong> seu padrão no número <strong>de</strong> cópias <strong>de</strong> DNA (Akavia et al., 2010). Apesar <strong>de</strong>a análise integrada associar o padrão <strong>de</strong> expressão gênica com alterações no número <strong>de</strong>cópias, para selecionar um gene modulador, o CONEXIC não leva em conta se houvecorrelação positiva (ganho genômico/aumento expressão) ou negativa (perda

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