Investindo no Futuro: O Programa Jovens Pesquisadores - Fapesp
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Chin Jia Lin Hospital das Clínicas Faculdade de Medicina/USP Processo 2000/11362-0 vigência: 1/3/2001 a 31/8/2006 A enzima citocromal P450c17 é a chave-reguladora qualitativa da cadeia da esteroidogênese e apresenta uma especificidade da expressão tissular peculiar dentre as enzimas esteroidogênicas. O presente projeto visa à identificação dos determinantes da especificidade da expressão do gene do P450c17 (CYP17) no córtex da adrenal humana e se concentrará na análise da interação dos fatores da família dos NF1 e 2 de suas sequências de reconhecimento presentes nas bases -107/-85 (FP1) e - 178/-152 (FP2) da região promotora do gene do CYP17 humano, bem como na caracterização do(s) fator(es) nuclear(es) presente(s) nas células NCI-H295A que se liga(m) às sequências -70/-33, que contém uma suposta sequência de reconhecimento do SF-1 e de fatores da família Gata. As abordagens experimentais serão a clonagem dos fatores NF1 expressos na adrenal humana por PCR e pelo sistema de um-híbrido de leveduras (yeast one-hybrid system), estudo da expressão das isoformas do NF-1 nas camadas do córtex adrenal, identificação das famílias de NF1 que se ligam especificamente aos sítios FP1 e FP2 e análise do efeito da orientação e da posição desses sítios na transição CYP17 humano. Os fatores que se ligam à sequência -70/-33 do CYP17 humano serão caracterizados por meio das técnicas clássicas de análise da interação DNA-proteína (footprint com radical hidroxila e ensaios de interferência). determinação da estrutura tridimensional 144 das proteínas trip-1 e int6 e caracterização da função da int6 no controle da proliferação celular e na iniciação da tradução Nilson Ivo Tonin Zanchin Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS) Associação Brasileira de Tecnologia de Luz Síncrotron (ABTLuS) Ministério da Ciência e Tecnologia Processo 2000/02788-4 vigência: 1/7/2000 a 31/10/2006 Os mecanismos de regulação da tradução envolvem principalmente o controle da atividade dos fatores de iniciação da tradução, que, quando alterada, pode resultar em transformação maligna. O mecanismo de ação da maioria dos fatores de iniciação da tradução não está estabelecido. A maioria desses fatores é formada por várias subunidades e até o momento foi determinada a estrutura tridimensional de apenas dois deles, o elF1 e o elF4E. Este projeto envolve o estudo da estrutura e função de fatores de tradução, visando estudar especificamente as Ciências Biológicas 107 subunidades TRIP-1 e INT6 do fator elF3. A TRIP-1 e sua homóloga de S. cerevisiae, Tif34p, pertencem à família de proteínas WD-domain, cuja sequência é formada por repetições de um domínio que contém o dipeptídeo WD no seu C-terminal. A INT6 contém o domínio PCI/PINT encontrado também em subunidades dos complexos proteassomo e COP9/signalosome. Além de participar da tradução, essas proteínas têm atividade relacionada com transdução de sinal e controle da proliferação e divisão celulares. A inserção do vírus de tumor mamário no gene da INT6 resulta em formação de câncer em camundongo. Por isso, além de desenvolver experimentos que contribuirão para o entendimento da estrutura da TRIP-1 e INT6, este projeto visa também determinar se a INT6 está diretamente envolvida na transformação celular maligna. Correlação estrutura-função 145 de proteínas e peptídeos Thelma de Aguiar Pertinhez Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS) Associação Brasileira de Tecnologia de Luz Síncrotron (ABTLuS) Ministério da Ciência e Tecnologia Processo 2000/02026-7 vigência: 1/10/2000 a 31/10/2005 O entendimento das funções biológicas, no nível molecular, requer o conhecimento da estrutura tridimensional e das propriedades dinâmicas das proteínas envolvidas. Atualmente, as técnicas capazes de fornecer detalhes da estrutura de proteínas, no nível atômico, são: a cristalografia de raios X e a ressonância magnética nuclear (RMN). A vantagem da RMN, nesse caso, reside na possibilidade de se obter informações de caráter dinâmico em condições similares às fisiológicas. Neste projeto, pretende-se empregar as técnicas espectroscópicas de RMN de alta resolução e dicroísmo circular e modelagem molecular para descrever os detalhes estruturais e processos dinâmicos, como enovelamento e flexibilidade dos peptídeos e proteínas, e correlacionar essas informações com suas atividades biológicas. Os sistemas de estudos serão: 1) os peptídeos antimicrobianos (FLSFPTTKTYFPHFDL- SHGSAQVKGHGAK, correspondente ao fragmento 33- 61 da alfa-bemoglobina bovina e mutante da gomesina ZCRRLCYKQRCVTYCRGR); 2) fragmento do canal de sódio de cérebro (KGIRTLLFALMMSLPALFNIG resíduos 1644-1664, correspondente à alça citoplasmática entre S4 e S5 do domínio IV); e 3) a proteína metalotioneína da cianobactéria Synechococcus PCC 7942. O projeto científico será desenvolvido no Centro de Biologia Molecular Estrutural, do Laboratório Nacional de Luz Síncrotron, em Campinas, e contará com a colaboração de pesquisadores de diversos centros de pesquisa do Estado de São Paulo.
108 Programa Jovens Pesquisadores Complexo telomérico de Leishmania spp: 146 dinâmica da replicação, otimização da purificação da telomerase e identificação de possíveis componentes da holenzima Maria Isabel Nogueira Cano Instituto de Biologia Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) Processo 2000/01138-6 vigência: 1/8/2000 a 31/10/2005 Este projeto visa à implantação do Laboratório de Biologia Molecular de Microrganismos no IB/Unicamp. Para dar início às atividades no laboratório, propomos estudos sobre a dinâmica da replicação das sequências teloméricas de protozoários do gênero Leishmania. Pretendemos determinar o perfil de TRF (telomere restriction fragment) e estimar o tamanho do terminal 3’ G-overhang nos diferentes pontos do ciclo celular e otimizar a purificação bioquímica da enzima telomerase. Extratos com atividade enzimática serão utilizados para identificarmos candidatos a componente da holoenzima, a padronização de ensaio convencional de telomerase e a identificação da sequência-molde no componente telomerase RNA (TER). análise funcional dos mecanismos 147 reguladores da transcrição e amplificação em pufes de dna Nadia Monesi Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo (USP) Processo 1999/12787-6 vigência: 1/11/2000 a 28/2/2005 Os pufes de DNA formados nos cromossomos politênicos da glândula salivar de Sciaridae são sítios de amplificação e intensa atividade transcricional reguladas no desenvolvimento. O presente projeto trata da caracterização dos mecanismos moleculares que regulam tais processos nessas regiões do genoma. O projeto tem dois objetivos gerais. O primeiro é a caracterização fina do promotor do gene BhC4-1 de B. hygida, cuja regulação tecidual e temporal se mostrou conservada em linhagens transgênicas de Drosophila (MONESI et al., 1998). Esta parte do projeto envolve o estabelecimento de novas linhagens transgênicas de Drosophila, a realização de ensaios funcionais nessas linhagens, bem como a realização de ensaios de retardamento em gel. O segundo objetivo é o estabelecimento de um sistema que permita a identificação de regiões funcionalmente importantes para a amplificação. Duas abordagens são consideradas: a) a análise de linhagens de Drosophila transformadas com um fragmento de 17kb do pufe de DNA C3 de Rhynchosciara americana, que contém a região de início da replicação utilizada no processo de amplificação; b) ensaios transitórios em núcleos da glândula salivar de B. hygida por meio da injeção de construções contendo o fragmento de 17kb do pufe de DNA C3. aplicação dos princípios de evolução in vitro 148 em estudos de função e estrutura da hipoxantina-guanina-fosforribosil- -transferase de Leishmania tarentolae Otavio Henrique Thiemann Instituto de Física de São Carlos Universidade de São Paulo (USP) Processo 1998/14979-7 vigência: 1/4/1999 a 31/3/2004 As leishmanioses estão dentre as mais devastadoras doenças humanas. No entanto, não se possui uma medida de tratamento eficiente e segura dos indivíduos infectados. Esses organismos se destacam por serem auxotróficos para purinonucleotídeos. Com a finalidade de desenvolver novas formas de quimioterapia, a via de recuperação se apresenta como uma ideia candidata a esse fim. Objetivando complementar a pesquisa em andamento, pretendemos empregar técnicas de evolução in vitro (DNA shuffling) para a seleção de mutantes do gene HG- PRT de Leishmania. Esses serão sequenciados e estudos cinéticos serão realizados. As enzimas mutadas poderão ser posteriormente cristalizadas e sua estrutura resolvida. Essa informação levará a um melhor entendimento do mecanismo de catálise e ao desenho de inibidores. Fator de iniciação de tradução de 149 eucariotos – 5a(eiF-5a) e o metabolismo de rna mensageiro Sandro Roberto valentini Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Araraquara Universidade Estadual Paulista (Unesp) Processo 1998/14948-4 vigência: 1/3/1999 a 29/2/2004 O eIF-5A, fator de iniciação de tradução de eucariotos-5A, está associado com várias etapas do metabolismo de RNA, incluindo a tradução e a degradação dos RNAs mensageiros. Esse fator é bastante conservado entre as diferentes espécies, apresenta características exclusivas e é essencial para o crescimento celular. Apesar de a função ainda não ser conhecida, esse fator está associado com a tradução de RNA mensageiros envolvidos na transição G1-S do ciclo celular, com o transporte nucleocitoplasmático dos mensageiros tardios de HIV e com a estabilização de RNAs mensageiros. O objetivo geral deste projeto é elucidar a função biológica desse fator, usando S. cerevi-
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Complexo telomérico de Leishmania spp:<br />
146 dinâmica da replicação, otimização da<br />
purificação da telomerase e identificação<br />
de possíveis componentes da holenzima<br />
Maria Isabel Nogueira Ca<strong>no</strong><br />
Instituto de Biologia<br />
Universidade Estadual de Campinas (Unicamp)<br />
Processo 2000/01138-6<br />
vigência: 1/8/2000 a 31/10/2005<br />
Este projeto visa à implantação do Laboratório de<br />
Biologia Molecular de Microrganismos <strong>no</strong> IB/Unicamp.<br />
Para dar início às atividades <strong>no</strong> laboratório, propomos<br />
estudos sobre a dinâmica da replicação das sequências<br />
teloméricas de protozoários do gênero Leishmania. Pretendemos<br />
determinar o perfil de TRF (telomere restriction<br />
fragment) e estimar o tamanho do terminal 3’ G-overhang<br />
<strong>no</strong>s diferentes pontos do ciclo celular e otimizar a purificação<br />
bioquímica da enzima telomerase. Extratos com<br />
atividade enzimática serão utilizados para identificarmos<br />
candidatos a componente da holoenzima, a padronização<br />
de ensaio convencional de telomerase e a identificação da<br />
sequência-molde <strong>no</strong> componente telomerase RNA (TER).<br />
análise funcional dos mecanismos<br />
147 reguladores da transcrição e amplificação<br />
em pufes de dna<br />
Nadia Monesi<br />
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto<br />
Universidade de São Paulo (USP)<br />
Processo 1999/12787-6<br />
vigência: 1/11/2000 a 28/2/2005<br />
Os pufes de DNA formados <strong>no</strong>s cromossomos politênicos<br />
da glândula salivar de Sciaridae são sítios de<br />
amplificação e intensa atividade transcricional reguladas<br />
<strong>no</strong> desenvolvimento. O presente projeto trata da caracterização<br />
dos mecanismos moleculares que regulam tais<br />
processos nessas regiões do ge<strong>no</strong>ma. O projeto tem dois<br />
objetivos gerais. O primeiro é a caracterização fina do<br />
promotor do gene BhC4-1 de B. hygida, cuja regulação<br />
tecidual e temporal se mostrou conservada em linhagens<br />
transgênicas de Drosophila (MONESI et al., 1998). Esta<br />
parte do projeto envolve o estabelecimento de <strong>no</strong>vas linhagens<br />
transgênicas de Drosophila, a realização de ensaios<br />
funcionais nessas linhagens, bem como a realização<br />
de ensaios de retardamento em gel. O segundo objetivo é<br />
o estabelecimento de um sistema que permita a identificação<br />
de regiões funcionalmente importantes para a amplificação.<br />
Duas abordagens são consideradas: a) a análise<br />
de linhagens de Drosophila transformadas com um<br />
fragmento de 17kb do pufe de DNA C3 de Rhynchosciara<br />
americana, que contém a região de início da replicação<br />
utilizada <strong>no</strong> processo de amplificação; b) ensaios transitórios<br />
em núcleos da glândula salivar de B. hygida por meio<br />
da injeção de construções contendo o fragmento de 17kb<br />
do pufe de DNA C3.<br />
aplicação dos princípios de evolução in vitro<br />
148 em estudos de função e estrutura<br />
da hipoxantina-guanina-fosforribosil-<br />
-transferase de Leishmania tarentolae<br />
Otavio Henrique Thiemann<br />
Instituto de Física de São Carlos<br />
Universidade de São Paulo (USP)<br />
Processo 1998/14979-7<br />
vigência: 1/4/1999 a 31/3/2004<br />
As leishmanioses estão dentre as mais devastadoras<br />
doenças humanas. No entanto, não se possui uma<br />
medida de tratamento eficiente e segura dos indivíduos<br />
infectados. Esses organismos se destacam por serem auxotróficos<br />
para puri<strong>no</strong>nucleotídeos. Com a finalidade de<br />
desenvolver <strong>no</strong>vas formas de quimioterapia, a via de recuperação<br />
se apresenta como uma ideia candidata a esse<br />
fim. Objetivando complementar a pesquisa em andamento,<br />
pretendemos empregar técnicas de evolução in vitro<br />
(DNA shuffling) para a seleção de mutantes do gene HG-<br />
PRT de Leishmania. Esses serão sequenciados e estudos<br />
cinéticos serão realizados. As enzimas mutadas poderão<br />
ser posteriormente cristalizadas e sua estrutura resolvida.<br />
Essa informação levará a um melhor entendimento do<br />
mecanismo de catálise e ao desenho de inibidores.<br />
Fator de iniciação de tradução de<br />
149 eucariotos – 5a(eiF-5a) e o metabolismo<br />
de rna mensageiro<br />
Sandro Roberto valentini<br />
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Araraquara<br />
Universidade Estadual Paulista (Unesp)<br />
Processo 1998/14948-4<br />
vigência: 1/3/1999 a 29/2/2004<br />
O eIF-5A, fator de iniciação de tradução de eucariotos-5A,<br />
está associado com várias etapas do metabolismo<br />
de RNA, incluindo a tradução e a degradação dos RNAs<br />
mensageiros. Esse fator é bastante conservado entre as diferentes<br />
espécies, apresenta características exclusivas e é<br />
essencial para o crescimento celular. Apesar de a função<br />
ainda não ser conhecida, esse fator está associado com a<br />
tradução de RNA mensageiros envolvidos na transição<br />
G1-S do ciclo celular, com o transporte nucleocitoplasmático<br />
dos mensageiros tardios de HIV e com a estabilização<br />
de RNAs mensageiros. O objetivo geral deste projeto é<br />
elucidar a função biológica desse fator, usando S. cerevi-