Algoritmos e complexidade Notas de aula - Arquivo Escolar

Algoritmo
•
1
•
0
1
fi
fj
⇒ •
1
fi + fj
4.4. Tópicos
Algoritmo 4.8 (Huffman)
Entrada Um alfabeto de símbolos S com uma freqüência fs para cada
s ∈ S.
Saída Uma árvore binária que representa o melhor código livre de prefixos
para S.
1 Q := {Leaf(fs) | s ∈ S} { f i l a de prioridade }
2 while |Q| > 0 do
3 b1 := Q. min() com b1 = Node(fi, bi1, bi2)
4 b2 := Q. min() com b2 = Node(fj, bj1, bj2)
5 Q := Q.add(Node(fi + fj, b1, b2))
6 end while
Exemplo 4.4
Saccharomyces cerevisiae
Considere a sequência genética do Saccharomyces cerevisiae (inglês: baker’s
yeast)
MSIT NGT SRSV SAMGHP AV ERY T P GHIV CV GT HKV EV V . . .
com 2900352bp. O alfabeto nessa caso são os 20 amino-ácidos
S = {A, C, D, E, F, G, H, I, K, L, M, N, P, Q, R, S, T, V, W, Y }
que ocorrem com as freqüências
A C D E F G H I K L
0.055 0.013 0.058 0.065 0.045 0.050 0.022 0.066 0.073 0.096
M N P Q R S T V W Y
0.021 0.061 0.043 0.039 0.045 0.090 0.059 0.056 0.010 0.034
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