Elucigene CF-EU2v1 - Gen-Probe, Inc.

Elucigene ® CF-EU2v1 

Brugervejledning 

ELUCIGENE er et varemærke tilhørende Gen-Probe Life Sciences Ltd. 

ARMS er et varemærke tilhørende AstraZeneca UK Ltd. 

QIAAMP er et varemærke tilhørende Qiagen GmbH. 

PICOGREEN er et varemærke tilhørende Molecular Probes Inc. 

Elucigenesættene er udviklet og fremstillet af Gen-Probe Life Sciences Ltd. inden for 

kvalitetssystemer, der er godkendt ifølge ISO9001:2008 og ISO13485:2003. 

GeneMarker er et varemærke tilhørende SoftGenetics Corporation. 

GENEMAPPER, VIC og PET er varemærker tilhørende Applied Biosystems, LLC. 

NED, POP-6, POP-7 og Hi-Di er varemærker tilhørende Life Technologies 

Corporation 

MEDDELELSE TIL KØBEREN: BEGRÆNSET LICENS 

Polynukleotider mærket med farvestoffet VIC, NED og PET og/eller deres brug, kan være 

beskyttet af et eller flere patenter tilhørende Applied Biosystems, LLC. Købsprisen af 

dette produkt inkluderer begrænsede, ikke-overdragelige rettigheder under visse krav i 

visse patenter tilhørende Applied Biosystems, LLC om kun at bruge denne mængde 

produkt og kun til køberens aktiviteter til detektion af mål inden for human diagnostik. Der 

gives ingen andre rettigheder. Yderligere oplysninger om købslicens med hensyn til de 

ovenfor anførte farvestoffer, kan rekvireres hos Director of Licensing, Applied 

Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, USA. 

Fremstillet af Gen-Probe Life Sciences Ltd. 

Heron House 

Oaks Business Park 

Crewe Road 

Wythenshawe 

Manchester 

M23 9HZ 

For salgsafdeling, kundeservice og teknisk support: 

T: +49 (0) 6122 7076 451 

F: +49 (0) 6122 7076 155 

E: customerservice@gen-probe.eu 

E: technicalsupport@gen-probe.eu 

Copyright 2011 Gen-Probe Life Sciences Ltd. 

CF2EUBY002DA Rev.05/2012 Side 1 af 25

Tilsigtet anvendelse 

Elucigene CF-EU2v1 

Katalogkode: CF2EUB2 – 50 test 

Til simultan in vitro kvalitativ detektion af nedenstående humane CFTR-genmutationer 

(Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator) i DNA udtaget fra fuldblod 

(EDTA-konserveret) og tørrede blodpletter: 

Traditionel I henhold til HGVSretningslinjerne 

CFTRdele2,3 c.54- 

5940_273+1025del21kb 

E60X c.178G>T; 

p.Glu60X 

P67L c.200C>T; 

p.Pro67Leu 

G85E c.254G>A; 

p.Gly85Glu 

394delTT c.262_263delTT; 

p.Leu88Ilefs*22 

444delA c.313delA; 

p.Ile105Serfs*2 

R117C c.349C>T; 

p.Arg117Cys 

R117H c.350G>A; 

p.Arg117His 

Y122X c.366T>A; 

p.Tyr122X 


G551D c.1652G>A; 

p.Gly551Asp 

R553X c.1657C>T; 

p.Arg553X 

R560T c.1679G>C; 

p.Arg560Thr 

1811+1.6kbA>G c.1679+1.6kbA>G 

1898+1G>A c.1766+1G>A 

2143delT c.2010delT; 

p.Leu671X 

2184delA c.2052delA; 

p.Lys684fs 

2347delG c.2215delG; 

p.Val739Tyrfs*16 

W846X c.2538G>A; 

p.Trp846X 

621+1G>T c.489+1G>T 2789+5G>A c.2657+5G>A 

711+1G>T c.579+1G>T Q890X c.2668C>T; 

p.Gln890X 

L206W c.617T>G; 

p.Leu206Trp 

1078delT c.948delT; 

p.Phe316fs 

R334W c.1000C>T; 

p.Arg334Trp 

R347P c.1040G>C; 

p.Arg347Pro 

R347H c.1040G>A; 

p.Arg347His 

A455E c.1364C>A; 

p.Ala455Glu 

3120+1G>A c.2988+1G>A 

3272-26A>G c. 3140-26A>G 

R1066C c.3196C>T; 

p.Arg1066Cys 

Y1092X(C>A) c.3276C>A; 

p.Tyr1092X 

M1101K c.3302T>A; 

p.Met1101Lys 

D1152H c.3454G>C; 

p.Asp1152His 



I507del c.1519_1521delATC; 

p.Ile507del 

F508del c.1521_1523delCTT; 

p.Phe508del 

1677delTA c.1545_1546delTA; 

p.Tyr515X 

V520F c.1558G>T; 

p.Val 520Phe 


R1158X c.3472C>T; 

p.Arg1158X 

R1162X c.3484C>T; 

p.Arg1162X 

3659delC c.3528delC; 

p.Lys1177fs 

3849+10kbC>T c.3717+10kbC>T 

1717-1G>A c.1585-1G>A S1251N c.3752G>A; 

p.Ser1251Asn 

G542X c.1624G>T; 

p.Gly542X 

S549R(T>G) c.1647T>G; 

p.Ser549Arg 

S549N c.1646G>A; 

p.Ser549Asn 

3905insT c.3773dupT; 

p.Leu1258fs 

W1282X c.3846G>A; 

p.Trp1282X 

N1303K c.3909C>G; 

p.Asn1303Lys 

CF-EU2v1 kan skelne mellem en person, der er heterozygot og homozygot for alle 

ovenstående mutationer og varianter, med undtagelsen af S549R(T>G) – se afsnittet om 

krydsreaktivitet i dette dokument. 

Resume og forklaring 

Cystisk fibrose (CF) er den mest almindelige livsbegrænsende (autosomal recessiv) 

sygdom, i den hvide race. Sygdommen optræder ved 1 ud af 3200 levende fødsler i den 

hvide race (1). I den hvide race er den heterozygote hyppighed ca. 1:25. 

Cystisk fibrose påvirker epitelceller i flere organer, hvilket resulterer i en kompleks 

multisystemsygdom, der inkluderer exokrin pankreas, tarmene, luftvejene, mandlige 

genetalia, det hepatobiliære system og exokrine svedkirtler. Sygdommen manifesterer sig 

forskelligt afhængigt af sværhedsgraden af CFTR-mutationerne (2), genetiske 

modifikatorer (3) og miljømæssige faktorer (4). Det kan rangere fra tidlig død i 

barndommen grundet progredierende obstruktiv lungesygdom med bronchiectasia, til 

pankreasinsufficiens med gradvis progredierende obstruktiv lungesygdom i de unge år og 

øget hyppighed af hospitalsindlæggelser for lungesygdom i den tidlige voksenalder, til 

recidiverende sinusitis og bronkitis eller mandlig infertilitet i den tidlige voksenalder. 

Almindeligvis stilles diagnosen cystisk fibrose hos personer med en eller flere 

karakteristiske symptomer på CF samt evidens for en fejl i CFTR-funktionen, baseret på 

en af følgende: Tilstedeværelsen af to sygdomsforårsagende mutationer i CFTR- genet 

eller to unormale kvantitative pilocarpin iontoforese svedkloridværdier (>60 mEq/l) eller 

transepithelial NPD-målinger (Nasal Potential Difference), der er karakteristiske for CF. 

Detektionsraten for CFTR-mutationer varierer, alt afhængig af testmetoden og etnisk 

baggrund. Hos visse symptomatiske personer vil kun én eller ingen 

sygdomsforårsagende mutation kunne detekteres. Hos nogle bærere kan den 

sygdomsforårsagende mutation ikke detekteres. 


CFTR-relaterede lidelser er nedarvet på en autosomal recessiv måde. Søskende af en 

proband med cystisk fibrose har 25 % chance for at blive afficeret, 50 % chance for at 

være asymptomatiske bærere, og 25 % chance for at være ikke-afficerede og ikke 

bærere. Molekylærgenetisk testning for den/de sygdomsforårsagende mutation(er) i 

CFTR-genet bruges til detektion af en bærer i populations screenings programmer. Det er 

muligt at teste alle graviditeter med øget risiko for CFTR-relateret sygdom, hvis de 

sygdomsforårsagende mutationer i familien er kendt. 

Der er siden opdagelsen af CFTR-genet i 1989 (5) blevet beskrevet mere end 1700 

mutationer og varianter i genet (6). Mange af disse mutationer er “private”, dvs. de kun er 

beskrevet hos en patient og/eller familie. Rutinetestning for alle de mulige mutationer er 

hverken mulig eller omkostningseffektiv, og er derfor begrænset til testning for de mest 

almindelige mutationer. CF-EU2v1 er et cystisk fibrose-testkit, der er udviklet specifikt 

med henblik på de mest almindeligt forekommende mutationer hos populationer af 

europæisk afstamning. Analysen identificerer i alt 50 mutationer og analyserer også 

intron 8 polyT-området med nøjagtig måling af den tilstødende TG-gentagelse. 

Det polymorfe thymidinområde ved overgangen mellem intron 8 og exon 9 påvirker 

transkriptionen. Antallet af thymidinrester (5T, 7T eller 9T) påvirker 

splejsningseffektiviteten af exon 9, hvis 5T-allelet er tilstede, vil en del af exon 

9-transkripterne ikke være tilstede, hvilket vil resultere i et ikke-fungerende protein og 

forskellige CF-symptomer. Det er rapporteret at antallet af TG-gentagelser 5' til 

polytymidinområdet også kan påvirke splejsning af exon 9 (7). Findes de på det samme 

allel som 5T-varianten vil et længere antal TG-gentagelser være ensbetydende med at en 

højere andel af CFTR-transkripterne vil mangle exon 9. Antallet af TG-gentagelser kan 

påvises med CF-EU2v1 ved at bestemme størrelsen af 5T-amplikonspidser. 

Funktionsprincip 

Den metode, der anvendes med Elucigene CF-EU2v1-kittet, anvender fluorescerende 

ARMS (Amplification Refractory Mutation System) allelspecifik amplifikationsteknologi, 

som detekterer punktmutationer, indsættelser og deletioner i DNA (8). Princippet bag 

ARMS er at oligonukleotider med en 3’ rest, der ikke passer sammen, ikke vil fungere 

som PCR-primere (Polymerase Chain Reaction) under specifikke forhold. Valget af 

passende oligonukleotider tillader forstærkning og detektering af specifikke mutante eller 

normale DNA-sekvenser. Amplificerede sekvenser (amplikoner) separeres med 

kapillærelektroforese ved hjælp af en genetisk analysator fra Applied Biosystems 

(Genetic Analyzer). Analysesoftware gør det muligt at identificere og mærke amplikoner i 

henhold til deres størrelse og farve. 

Elucigene CF-EU2v1 er en meget multipleks analyse, der består af to (A og B) PCRreaktioner. 

Halvtreds mutante sekvenser i CFTR-genet påvises i A-blandingen og 

visualiseres som blå amplikonspidser. Tilsvarende ikke-muterede normale (vildtype) 

sekvenser påvises i B-blandingen og visualiseres som grønne amplikonspidser. Ablandingen 

påviser også en normal sekvens for den hyppigst observerede mutation, der 

forårsager cystisk fibrose hos hvide populationer, kaldet F508del og visualiseres som en 

grøn amplikonspids. Desuden påvises gentagne polyT-sekvenser i A-blandingen og 

visualiseres som sorte amplikonspidser. Interne amplifikationskontrolmarkører (ikkecystisk 

fibrose) inkluderes i både A- og B-blandingerne for at overvåge effektiviteten af 

prøveamplifikationen og visualiseres som røde amplikonspidser. 

Advarsler og forholdsregler 

1. Til in vitro-diagnostik. 

2. DNA-kontrollen, der følger med dette sæt, er af human oprindelse og er blevet testet 

uafhængigt med en PCR-baseret analyse og fandtes at være negativ for Hepatitis B 

virus (HBV), Hepatitis C virus (HCV) og Human immundefekt virus 1 (HIV1). 


3. Vær forsigtig ved håndtering af materiale af human oprindelse. Alle prøver bør anses 

som potentielt smittefarlige. Ingen testmetode kan give fuld sikkerhed for, at HBV, 

HCV, HIV 1 eller andre smitstoffer ikke er til stede. Håndtering af prøver og 

testkomponenter, deres brug, opbevaring og bortskaffelse skal ske i 

overensstemmelse med nationale bestemmelser og lovgivning vedrørende biologisk 

risikomateriale. 

4. Alle komponenter skal opbevares under -20 °C i mørke. De fluorescerende 

farvestoffer, der anvendes i dette produkt, er lysfølsomme. Undgå at udsætte dem for 

lys i længere tid. Bortskaffes 3 måneder efter åbning. 

5. I overensstemmelse med aktuel god laboratoriepraksis bør laboratorier behandle 

deres egne interne kvalitetsprøver af kendt genotype i hver analyse, så procedurens 

validitet kan vurderes. 


Symboler anvendt på etiketter 

Symbolerne anvendt på alle etiketter og emballage er i overensstemmelse med den 

harmoniserede standard EN 980 

REF 

LOT 

X° 

C 

Producent 

Antal test 

Se brugsanvisningen 

Opbevares under den angivne temperatur 

Anvend før den angivne dato 

Katalogkode 

Lot- eller batchnummer 


Materialer der følger med 

Reagenserne skal opbevares i et område uden kontaminerende DNA eller PCR. 

Alle reagenser leveres klar til brug. Uåbnede og åbnede reagenser skal opbevares ved 

-20 °C. Åbnede reagenser kan opbevares i op til 3 måneder. 

Der leveres tilstrækkeligt materiale til 50 test: 

2 x 120 µl hætteglas CF-EU2v1 A-primerblanding, indeholdende primere til 

forstærkning af følgende mutante alleler R347H, R347P, 2789+5G>A, 3120+1G>A, 

711+1G>T, R334W, I507del, F508del, 3849+10kbC>T, 1677delTA, 1078delT, 

V520F, L206W, W1282X, R560T, 2347delG, Q890X, R553X, G551D, S549N, 

M1101K, G542X, 3905insT, Y1092X(C>A), S1251N, 444delA, 1811+1.6kbA>G, 

1717-1G>A, R117H, R117C, N1303K, Y122X, 394delTT, G85E, R1066C, 

1898+1G>A, W846X, 2184delA, D1152H, CFTRdele2,3, P67L, 2143delT, E60X, 

3659delC, 3272-26A>G, 621+1G>T, A455E, R1162X og R1158X. Denne blanding 

indeholder også vildtype primere til detektion af normale F508del-alleler, primere til 

detektion af polythymidinvarianter, IVS8-5T, IVS8-7T, IVS8-9T og primere til 

identifikation af 2 hypervariable “short tandem repeat” STR-markører – (CF2EUTA). 

2 x 120 µl hætteglas CF-EU2v1 B-primerblanding, der indeholder vildtype primere til 

forstærkning af de normale alleler i de mutanter, der forstærkes af Aprimerblandingen 

med undtagelse af F508del, det normale allel, som forstærkes af 

primere inkluderet i A-primerblandingen. Denne blanding indeholder også primere til 

identifikation af 2 hypervariable STR-markører – (CF2EUTB). 

2 x 400 µl hætteglas PCR-masterblanding, der indeholder HotStart Taq DNApolymerase 

og deoxynukleotidtrifosfater i buffer – (CR000TM). 

1 x 50 µl hætteglas DNA-kontrol på 6 ng/µl, normal for mutationer detekteret med 

Elucigene CF-EU2v1 – (CR006TX) 

Nødvendige materialer, der ikke medfølger 

Laboratorieutensilier – handsker, mikrofuge-prøveglas med skruelåg, 0,2 ml PCRhætteglas 

eller mikrotiterplader anbefalet af producenten af den anvendte termiske 

variator, pipettespidser. 

Forberedelse af DNA – QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen GmbH, kat. nr. 51304/51306) eller 

tilsvarende. 

Kapillærelektroforese – GeneScan 600 LIZ størrelsesstandard (ABI kat. nr. 4366589), 

GeneScan 600v2 LIZ størrelsesstandard (ABI kat. nr. 4408399), Multi-capillary DS-33 

(farvestofsæt G5) matrixstandard (ABI kat. nr. 4345833), POP-6 polymer (ABI kat. nr. 

4316357) eller POP-7 polymer (ABI kat. nr. 4352759), 10x genetisk analysator buffer (ABI 

kat. nr. 402824) og Hi-Di-formamid (ABI kat. nr. 4311320). 

Bemærk: Sørg for, at alle anvendte materialer ikke har overskredet producentens 

udløbsdato. 

Påkrævet udstyr 

Laboratorieudstyr – præcisionspipetter (2 sæt: 1 til håndtering før amplifikation og 1 til 

håndtering efter amplifikation), beskyttelsestøj, vortex-mixer, mikrofuge, centrifuge til 

mikrotiterplade med 96 brønde. 

PCR-amplifikation – Termisk variator, der rummer mikrotiterplader med 96 brønde eller 

0,2 ml hætteglas med en temperaturnøjagtighed på mindst +/-1 °C mellem 33 °C og 

100 °C og statisk temperaturensartethed på +/-1 °C. 


Bemærk: Den termiske variator skal vedligeholdes regelmæssigt i overensstemmelse 

med producentens anvisninger og kalibreres for at sikre nøjagtig PCR-variation og 

optimal funktion. Elucigene CF-EU2v1-analysen blev udviklet på termiske variatorer fra 

Applied Biosystems 9700. Andre mærker og modeler bør testes fuldt ud og evalueres for 

optimal funktion af brugeren inden rapportering af resultater med CF-EU2v1. 

Kapillærelektroforese – ABI 3130/3500 genetisk analysator (med GeneMapper 

fragmentanalysesoftware), 36 cm eller 50 cm (ABI3500) kapillærarray, 96-brønds optiske 

plader, 96-brønds septas, 96-brønds kassetter. 

Bemærk: Udstyr til kapillærelektroforese skal vedligeholdes regelmæssigt i 

overensstemmelse med producentens anvisninger og kalibreres for at sikre optimal 

funktion. 

Prøvetagning og opbevaring 

Det er evalueret, at fuldblodsprøver (EDTA) og tørrede blodpletter er forenelige med 

denne test. 

Prøveudtagningsudstyr har til tider vist sig at være skadeligt for integriteten af visse 

analytter, og kan derfor interferere med nogle metode-teknologier (9). Det anbefales, at 

hver bruger sikrer, at det valgte udstyr anvendes i overensstemmelse med producentens 

anvisninger, og at prøvetagningsudstyret er foreneligt med denne test. 

Blodprøver skal opbevares ved -20 °C inden forberedelse af DNA. Undgå gentagen 

nedfrysning og optøning. 

Forberedelse af DNA fra fuldblodsprøver (EDTA) 

Der opnås konsistent resultater med DNA udtaget med QIAamp 96 DNA Blood Kit (eller 

QIAamp DNA Mini Kit med proteinase K) i henhold til den protokol, der er beskrevet i 

QIAamp-håndbogen, hvor der startes med 200 µl flydende fuldblod og eluerende i 200 µl 

vand til molekylærbiologi. 

Forberedelse af DNA fra tørrede blodpletter 

Der opnås konsistent resultater med DNA udtaget med QIAamp DNA Mini Kit i henhold til 

den protokol, der er beskrevet i QIAamp-håndbogen, men startende med 2 x 3 mm skiver 

fra en tørret blodplet og eluerende i 100 µl vand til molekylærbiologi. 

Det anbefales, at alternative metoder til udtagning af DNA og prøvetyper nøje evalueres 

med Elucigene CF-EU2v1-testen inden resultaterne anvendes til diagnostik. 

Vigtige overvejelser – DNA-mængde 

Under optimale PCR-forhold og ved brug af de anbefalede prøveinjektionsindstillinger (se 

bemærkning i afsnittet Kapillærelektroforese) givet i kørselsmodulerne for kapillærkolonnen 

opnås der rutinemæssigt acceptable resultater fra DNA udtaget ved hjælp af 

ovenstående metoder ved koncentrationer på mellem 1,5 ng/µl og 25 ng/µl. 

Kvantificeringen af DNA er meget vigtig, og koncentrationen af hver DNA-prøve, der skal 

testes, bør måles for at sikre optimale resultater. Teknikker, som f.eks. PicoGreen 

fluorescens eller uUV-absorbans er acceptable. På grund af variation i DNAkvantificeringsteknikker 

bør brugeren overveje følgende vejledning: 

Meget store mængder DNA vil øge sandsynligheden for, at baggrundsspidser 

mærkes af analysesoftwaren. Følgende trin kan tages for at reducere 

sandsynligheden for, at baggrundsspidser mærkes. 

Fortynd DNA-prøven og forstærk igen 

Reducer injektionstiden – se afsnittet Kapillærelektroforese 

Forøg minimumstærkslen for spidsamplitude – se Elucigene CF-EU2v1 

vejledning til analysesoftware 


Meget små mængder DNA vil øge sandsynligheden for, at diagnostiske spidser er 

svage og ikke mærket af analysesoftwaren. Følgende trin kan tages for at forøge 

signalet. 

Forøg injektionstiden til 36 sekunder (anbefales stærkt for udtagninger af 

blodpletter) – se afsnittet Kapillærelektroforese 

Udtag prøven fra blodpletten igen og eluer i reduceret vandvolumen (50 µl) 

Forøg antallet af blodpletter til udtagning til 4 x 3 mm skiver 

Vigtige overvejelser – DNA-kvalitet 

CF-EU2v1 er en meget multipleks analyse og kræver effektiv PCR-amplifikation for at 

fungere optimalt. DNA-kvaliteten kan afgøre PCR-processens effektivitet. Hæmmere, der 

udtages samtidigt med DNA-prøven, kan resultere i en suboptimal amplifikation, der fører 

til svage og dårligt afbalancerede spidser. Gen-Probe har valideret brugen af QIAamp 

96 DNA Blood Kit og QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN GmbH) med CF-EU2v1 kittet. 

Andre DNA-udtagningskits eller metoder bør valideres og optimeres til brug med 

CF-EU2v1. 

Bemærk: Se Elucigene CF-EU2v1 fejlfindingsvejledningen for yderligere oplysninger. 


Testprotokol 

Kontrol af PCR-kontaminering 

PCR-processen genererer et stort antal forstærkede produkter (amplikoner) og udgør en 

høj risiko for kontaminering, hvilket kan medføre falske resultater. Kontaminering kan 

opstå fra to kilder: 

Krydskontaminering – kontaminering af prøven med ikke-forstærket materiale fra 

miljøet eller andre prøver, som indeholder målsekvensen. 

Kontaminering af slutproduktet – kontaminering af prøven med amplikoner fra 

tidligere PCR-processer, der fører til amplifikation af både mål- og kontaminantamplikoner. 

Laboratorier, der udfører PCR, bør være opmærksom på disse kontamineringskilder og 

have procedurer på plads, som væsentligt reducerer risikoen for kontaminering. Metoder 

til at kontrollere kontaminering er veldokumenterede (10) og inkluderer laboratoriernes 

fysiske design, arbejdsgang, prøvehåndteringsprocedurer og kemiske og enzymatiske 

tilgange. Veldefinerede og gode laboratorieprocedurer er essentielle for at kontrollere 

PCR-kontaminering og skal implementeres inden testning af kliniske prøver. 

Amplifikationsprocedure 

Bemærk: For at minimere risikoen for kontaminering, skal trin 3-5 udføres i et område, 

hvor der ikke er noget PCR-produkt tilstede og helst i et laminært flowsystem. 

1. Programmér den termiske variator til en éttrinscyklus, som aktiverer HotStart Taq ved 

94 °C i 20 minutter, forbundet til et amplifikationscyklusprogram på 1 minut ved 94 °C 

(denaturering), 2 minutter ved 58 °C (hærdning) og 1 minut ved 72 °C (udvidelse) i 

30 cyklusser. Dette bør forbindes med en 20-minutters tidsforsinkelsesfil ved 72 °C 

(udvidelse) i den endelige cyklus. 

2. Der skal inkluderes en negativ kontrol i hver PCR-kørsel. 

3. Tø hætteglassene med Primer Mix og PCR Master Mix og centrifuger kort for at 

samle indholdet på bunden af hætteglassene. Bland forsigtigt ved at hvirvle og kort 

centrifugere hætteglassene igen. Forbered tilstrækkelig Reaction Mix til det antal 

prøver og kontroller, der skal testes (Tabel 1). 

Bemærk: PCR-masterblandingen er viskøs og det skal sikres, at de korrekte 

voluminer håndteres. Det anbefales, at PCR-masterblandingen tilføjes de tidligere 

dispenserede primerblandinger for at sikre, at al væske dispenseres fra pipetten og 

ind i primer-blandingen. 

Bemærk: Brug ikke forskellige blandinger eller komponenter fra forskellige lots af 

CF-EU2v1-kittet. 


Enzymaktivering Cyklusprogram 

Omgivelsestemperatur 

94 °C 

20 min. 

Tabel 1: Sammensætning af reaktionsblanding 

4. Pipettér 10 μl af hver reaktionsblanding ned i bunden af de korrekt mærkede 0,2 ml 

PCR-hætteglas eller plader. 

5. Tilsæt med nye pipettespidser 2,5 μl test-DNA-prøve til hver af hætteglassene og sæt 

låg på. Der må ikke tilføjes DNA til hætteglasset til negativ kontrol. Tilsæt i stedet 

2,5 µl sterilt deioniseret vand. 

6. Centrifugér PCR-hætteglassene kort for at samle indholdet på bunden af 

hætteglassene. 

7. Sæt hætteglassene godt fast i PCR-maskinens varmeblok. Start 94 °C 

éttrinscyklussen efterfulgt af amplifikationscyklusprogrammet. 

8. Når amplifikationscyklusprogrammet er fuldført, kan prøverne opbevares ved 

stuetemperatur natten over eller ved 2-8 °C i op til 7 dage i mørke inden analyse med 

kapillærelektroforese. 

Kapillærelektroforese 

94 °C 

1 min. 

58 °C 

2 min. 

30 cyklusser 

72 °C 

1 min. 

Endelig udvidelse 

72 °C 

20 min. 

Antal prøver, der skal testes 

1 10 25 50 

Primer-blanding (μl) 4,5 45 112,5 225 

PCR-masterblanding (μl) 7,5 75 187,5 375 

I alt (μl) 12 120 300 600 

Det anbefales, at hver bruger sikrer, at det valgte kapillærelektroforeseudstyr anvendes i 

overensstemmelse med producentens anvisninger, og at udstyret er foreneligt med 

denne test. I denne sammenhæng er de vigtigste parametre polymeren og det 

kapillærarray. Der kan opnås optimale resultater ved brug af følgende 

kapillærelektroforeseforhold: 

1. Kombinér 6,8 μl GS600v2 LIZ størrelsesstandard med 250 μl Hi-Di formamid og 

bland godt (tilstrækkelig blanding til 16 brønde). Pipettér 15 μl blanding i hver brønd 

på en 96-brønds PRC-plade. 

2. Tilsæt 3 µl PCR-produkt fra hver af A- og B-blandingsamplifikationerne til separate 

brønde indeholdende den allerede pipetterede størrelsesstandard/formamidblanding 

(fra trin 1) i pladen. 


3. Denaturér PCR-produktet, der blev pipetteret i PCR-pladen på en termisk variator 

ved brug af følgende parametre: 94 °C i 3 minutter forbundet med 4 °C i 

30 sekunder. 

4. Centrifugér pladen kort for at samle indholdet på bunden af hætteglassene og for at 

fjerne eventuelle bobler i brøndene. Sæt den straks i den genetiske analysator. 

Bemærk: Prøveinjektionsindstillingerne kan ændres, så de passer til den mængde 

amplikon, der dannes under PCR, hvilket kan variere afhængig af den mængde af 

genomisk DNA, der blev tilsat. Der kan anvendes mindre amplikon til den kolonne, 

der skal analyseres, ved enten at reducere injektionens tid eller spænding. Omvendt 

kan der anvendes mere amplikon til den kolonne, der skal analyseres, ved enten at 

øge injektionens tid eller spænding. Tidligere forstærkede prøver kan injiceres igen 

flere gange med henblik på gentagen analyse – se Elucigene CF-EU2v1 

fejlfindingsvejledning for yderligere oplysninger. 


ABI 3130-instrumenter: 

Der skal oprettes et CF-EU2-kørselsmodul og en protokol, som herefter kan bruges til 

hver CF-EU2-kørsel. 

Opret CF-EU2-kørselsmodulet i Module Manager (modulstyringen) i 3130 

dataindsamlingssoftwaren. Sørg for at følgende er valgt: 

• Type: Regular (Almindelig) 

• Template (Skabelon): FragmentAnalysis36_POP7 

• Indlæs indstillingerne fra nedenstående tabel: 

36 cm kapillærmodul 

# Parameternavn Værdi Område 

1 Oven Temperature (Ovntemperatur) 60 først 18…65 °C 

2 Poly_Fill_Vol. (poly-fyldmængde) 6500 6500…38000 trin 

3 Current Stability (Aktuel stabilitet) 5,0 først 0…2000 uA 

4 PreRun_Voltage 

(prækørselsspænding) 

15,0 0…15 kV 

5 Pre_Run_Time (prækørselstid) 180 1…1000 s 

6 Injection_Voltage (injektion_spænding) 3,0 1…15 kV 

7 Injection_Time (injektionstid) 12,0** 1…600 s 

8 Voltage_Number_Of_Steps 

(spænding antal trin) 

20 1…100 nk 

9 Voltage_Step_Interval 

(spændingstrininterval) 

15 1…60 s 

10 Data_Delay_Time (dataforsinkelsestid) 60 1…3600 s 

11 Run_Voltage (kørselsspænding) 15,0 0…15 kV 

12 Run_Time (kørselstid) 1200 300…14000 s 

** Forøg injektionstiden til 36 sekunder for analyse af DNA udtaget fra blodpletter. 

Bemærk: Den nødvendige “kørselstid” vil variere afhængig af den omgivende temperatur 

på det sted, hvor den genetiske analysator er installeret. Der henvises til 

brugervejledningen for Applied Biosystems 3130 genetiske analysator for 

yderligere oplysninger om oprettelse af kørselsmoduler. 

Opret CF-EU2-protokollen i Protocol Manager (protokolmanager), og sørg for at 

følgende er valgt: 

• Type: Regular (Almindelig) 

• Run Module (Kørselsmodul): CF-EU2 (se kørselsmodul ovenfor) 

• Dye Set (Farvestofsæt): G5 

Opret et prøveark ved hjælp af Plate Manager (pladestyring), for at køre prøverne, og 

sørg for at den korrekte protokol for CF-EU2v1 er valgt for instrumentprotokollen (se 

ovenfor). 

Bemærk: Der henvises til brugervejledningen for Applied Biosystems 3130 genetisk 

analysator for yderligere oplysninger om opstilling, betjening og fejlfinding af 

instrumentet. 


ABI 3500-instrumenter: 

Der skal oprettes en CF-EU2 Instrument Protocol (Instrumentprotokol), som herefter 

kan bruges til hver CF-EU2v1-kørsel. 

Opret CF-EU2 Instrument Protocol (Instrumentprotokol) via 3500 Instrument Protocols 

Library (instrumentprotokolbiblioteket). Sørg for at følgende er valgt: 

• Run Module (Kørselsmodul): FragmentAnalysis50_POP7 

• Indlæs de indstillinger, der er angivet i billedet nedenfor: 

** Forøg injektionstiden til 36 sekunder for analyse af DNA udtaget fra blodpletter 

Opret en prøveplade for at køre prøverne ved at klikke på ‘Create Plate from Template’ 

(opret plade fra skabelon) på ‘Dashboard’ (instrumentbrættet), og sørg for at den 

korrekte instrumentprotokol er blevet tildelt CF-EU2v1 (se ovenfor). 

Opstilling af prøveark for GeneMarker: 

GeneMarker softwaren muliggør direkte sammenligning af A- og B-data fra samme 

person. For at muliggøre dette, er det vigtigt at navngivningen af fsa-filen (rå uddatafil) er 

konsekvent på tværs af alle prøver og blandinger. Prøvearket skal indeholde det unikke 

prøvenavn for hver prøve, der skal testes, efterfulgt af enten _A eller _B, afhængig af 

hvilken blanding der testes. Hvis Plate ID (plade-id) skal inkluderes i fsa-navnet, skal det 

samme format bruges hver gang, f.eks. CFEU2 DDMMÅÅÅÅ. 

På 3130 bør parametrene “Results Destination” (resultatdestination) indstilles sådan, at 

prøvens navn inkluderes i fsa-filens navn, f.eks. CFEU2 DDMMÅÅÅÅ_1234,5_A_A01. 

CF2EUBY002DA Rev.05/2012 Side 14 af 25 

**

På 3500 bør filnavnkonventionen indstilles sådan, at prøvens navn inkluderes i fsa-filens 

navn, f.eks. CFEU2 DDMMÅÅÅÅ_1234,5_A_A01. 

Fortolkning af resultater 

PCR-fragmenterne vil under dataindsamlingen blive observeret som enten blå (mutante) 

eller grønne (vildtype) spidser på rådata-elektroferogrammet. En person har to kopier af 

CFTR-genet. Hvis disse kopier har samme sekvens på et vilkårligt sted, beskrives en 

person som homozygot på dette sted. Hvis kopierne er forskellige i sekvens på et 

vilkårligt sted, beskrives en person som heterozygot på dette sted. 

Når dataindsamlingen er færdig, bør CF-EU2v1 PCR-fragmenterne størrelsesbestemmes 

i forhold til GS600v2 LIZ-størrelsesstandarden ved hjælp af fragmentanalysesoftware. 


Der findes i dokumentet Elucigene CF-EU2v1 – vejledning til analysesoftware 

yderligere detaljerede retningslinjer omkring softwareindstillinger, analyse og 

fortolkning. Vejledning til analysesoftwareprocedurer for GeneMapper og 

GeneMarker softwaren kan findes på Gen-Probes hjemmeside: 

www.gen-probe.com/global/products-services/elucigene-cf-eu2v1 

Resultaterne fra A-blandingen (mutant) bestemmer, hvorvidt en person er bærer af en 

mutation, og dette vises med en blå spids. Mutantblandingen indeholder også primere til 

det normale F508del-allel, og derfor kan denne blanding bestemme hvorvidt en person er 

normal for F508del (kun grøn spids), homozygot for F508del (kun blå spids) eller 

heterozygot for F508del (blå og grøn spids). 

Hvis der observeres nogen anden mutation, kan resultaterne fra B-blandingen (vildtype) 

analyseres for at bestemme homozygot eller heterozygot status. Tilstedeværelsen af en 

grøn spids for det specifikke allel i vildtypeblandingen indikerer, at personen er 

heterozygot. Hvis den grønne spids mangler, indikerer det, at personen er homozygot for 

denne specifikke mutation. 

Der er inkluderet hypervariable STR-markører (røde) i begge blandinger. Dette muliggør 

en sammenligning af den forstærkede prøve med mutantblandingen og den forstærkede 

prøve med vildtypeblandingen for at reducere muligheden for, at der er taget fejl af 

prøverne. En forskellig STR-profil i hver af de to blandinger indikerer, at det ikke er de 

rigtige prøver. Mangel på disse STR-markører indikerer en fejlslagen prøve. 

Tilstedeværelsen af STR-markørerne ved meget lave rfu'er indikerer en svag prøve, som 

bør analyseres med forsigtighed. 

Bemærk: Se fejlfindingsvejledningen for yderligere oplysninger. 


Detekterede markører 

Nedenstående tabel opsummerer de markører, der detekteres med CF-EU2v1blandingen. 

Markørerne er angivet i henhold til størrelsesområdet for det observerede 

PCR-produkt. 

Detekterede markører 

Markør 

(Spids nr. ) 

Markør 

Produkt bp størrelsesområde 

(3130/POP7 data) 

01 R347H 110.5-116.5 

02 R347P 117-123 

03 2789+5G>A 124-130 

04 3120+1G>A 132.5-138.5 

05 711+1G>T 141.5-147.5 

06 R334W 147.5-154 

07 I507del 156-162.5 

08 F508del 163-169 

09 3849+10KbC>T 172-178 

10 1677delTA 180-188.5 

11 1078delT 193-199 

12 V520F 206-211.5 

13 L206W 215-220 

14 W1282X 224.5-230.5 

15 R560T 234.5-240.5 

16 2347delG 242-246 

17 Q890X 250-252 

18 R553X 255.5-261.5 

19 G551D 265-267 

20 S549R(T>G)* 267.5-269.5 

21 S549N 275-280 

22 M1101K 282-288 

23 G542X 289-295.5 

24 3905insT 297-303.5 

25 Y1092X(C>A) 308-314 

26 S1251N 315-321 

27 444delA 323-326 

28 1811+1.6kbA>G 332-338 

29 1717-1G>A 341.5-347.5 

30 R117H 349-355 

31 R117C 357-360 

32 N1303K 360-366.5 

33 Y122X 367-373 

34 394delTT 377-383 

35 G85E 384-390 

36 R1066C 391-397 

37 1898+1G>A 398.5-404.5 

38 W846X 406-411 

39 2184delA 413-418 

40 D1152H 423-429 

41 CFTRdel2,3 433-439 

42 P67L 439.5-445.5 

43 2143delT 446-450.5 

44 E60X 453.5-460.5 

45 3659delC 461-465.5 

46 3272-26A>G 470-476 

47 621+1G>T 485.5-491.5 


*S549R(T>G) 

Markør nr. Markør Produkt bp størrelsesområde 


48 A455E 496-503 

49 R1162X 506-512 

50 R1158X 516.5-524.5 

5T** IVS8-5T 110-130 

7T IVS8-7T 140-160 

9T IVS8-9T 175-195 

Spids 20 findes kun i A-blandingen. 

** 5T-allelstørrelser 

Markør 

Produkt bp 

Størrelses område 


5T (9) 117.25 – 118.75 

5T (10) 119.25 – 120.75 

5T (11) 121.25 – 122.75 

5T (12) 123.25 – 124.75 

5T (13) 125.25 – 126.75 

BEMÆRK: Markørstørrelserne kan variere afhængig af det anvendte instrument og 

polymer. 

Eksempler på fortolkning 

I507del 

Det er grundet placeringen af I507del-deletionen i CFTR-genet muligt at detektere 

tilstedeværelsen af denne markør gennem et 3 bp skift i størrelsen af F508del-spidsen, 

samt som en I507del mutant specifik spids. 

Der hvor der er et enkelt I507del mutant allel tilstede, vil I507del mutantens spids kunne 

ses som en blå spids ved ca. 159 bp. Der observeres en vildtypespids for F508 som 

værende tilstede, men på omkring halvdelen af den spidshøjde, der almindeligvis er 

forbundet med en homozygot vildtype genotype. Dette ses som en grøn spids ved 

omkring 167 bp. Der vil derudover kunne ses yderligere en grøn spids ved omkring 

164 bp. 

I507del heterozygot prøve 

En I507del/F508del-prøve vil give en skiftet grøn F508del WT-spids ved ca. 164 bp (3 bp 

mindre end normalt), en blå F508del M spids ved 166 bp og en blå I507del M spids ved 

omkring 159 bp. 


En I507del/I507del-prøve vil give en blå spids ved ca. 159 bp og en enkel grøn spids ved 

ca. 164 bp (3 bp mindre end den normale F508-spids, der observeres, når I507del ikke er 

tilstede). 

F508del 

Tilstedeværelsen af en F508del-mutation forhindrer I507del WT-primeren i at virke. En 

person, der er homozygot for F508del, vil derfor ikke have nogen I507del WT-spids i WTblandingen 

(se nedenfor). 

En mindre høj I507del WT-spids og 2 spidser med et mellemrum på 3 bp ved position 10 

og 12 i WT-blandingen (se nedenfor) vil kunne ses i B-blandingens resultater fra en 

person, som er heterozygot for F508del. 

Indsættelser og deletioner 

På grund af CF-EU2v1-kittets design vil tilstedeværelsen af indsættelser eller deletioner 

mellem to modsatte primere resultere i størrelsesændringer af al det amplikon, der 

produceres mellem disse to primere. Ud over de 50 mutationer, der detekteres af CF- 

EU2v1-kittet, kan alle indsættelser og deletioner i de forstærkede målsekvenser 

detekteres med ændringen i den forventede amplikonstørrelse i vildtype (B)-blandingen. 

Disse er blevet opsat i tabelform og kan findes i et separat dokument på Gen-Probes 

hjemmeside: 


Eksempler på indsættelser og deletioner detekteret af kittet og den indvirkning, de har på 

B-blandingsprofilen vises herunder: 

F508del/1677delTA 

Der observeres to spidser med et mellemrum på 1 bp ved position 12 (V520F WT) i Bblandingens 

resultater fra en person, der er heterozygot for F508del/1677delTAmutationerne. 


V520F 

Der observeres en mindre høj vildtype spids ved position 10 (1677delTA WT) i Bblandingens 

resultater fra en person, der er heterozygot for V520F-mutationen, da dette 

forhindrer 1677delTA WT-primeren i at virke. Spids 10 og 12 vil forsvinde i resultaterne 

fra en person, der er homozygot for V520F-mutationen. 

394delTT 

Der observeres to spidser med et mellemrum på 2 bp ved position 35 (G85E WT), 42 

(P67L WT) og 44 (E60X WT) i B-blandingens resultater fra en person, der er heterozygot 

for 394delTT-mutationen. Spids 34 vil forsvinde og spids 35, 42 og 44 vil være den 

forventede højde, men skiftet 2 bp mindre end den forventede størrelse i resultaterne fra 

en person, der er homozygot for 394delTT-mutationen. 

F508del/CFTRdele2,3 

Der observeres reducerede spidshøjder ved position 34 (394delTT), 35 (G85E WT), 41 

(CFTRdele2,3 WT), 42 (P67L WT) og 44 (E60X WT) i B-blandingens resultater fra en 

person, der er heterozygot for CFTRdele2,3-mutationen. Spids 34, 35, 41, 42 og 44 vil 

forsvinde i resultaterne fra en person, der er homozygot for CFTRdele2,3-mutationen. 


444delA 

Der observeres to spidser med et mellemrum på 1 bp ved position 30 (R117H WT), 31 

(R117C WT), 33 (Y122X WT) og 47 (621+1 WT) i B-blandingens resultater fra en person, 

der er heterozygot for 444delA-mutationen. Spids 27 vil forsvinde og spids 30, 31, 33 og 

47 vil være den forventede højde, men skiftet 1 bp mindre end den forventede størrelse i 

resultaterne fra en person, der er homozygot for 444delA-mutationen. 

2347delG 

Der observeres to spidser med et mellemrum på 1 bp ved position 39 (2184delA WT) og 

43 (2143delT WT) i B-blandingens resultater fra en person, der er heterozygot for 

2347delG-mutationen. Spids 16 vil forsvinde og spids 39 og 43 vil være den forventede 

højde, men skiftet 1 bp mindre end den forventede størrelse i resultaterne fra en person, 

der er homozygot for 2347delG-mutationen. 

3905insT 

Der observeres to spidser med et mellemrum på 1 bp ved position 26 (S1251N WT) i Bblandingens 

resultater fra en person, der er heterozygot for 3905insT-mutationen. Spids 

24 vil forsvinde, og spids 26 vil være den forventede højde, men skiftet 1 bp større end 

den forventede størrelse i resultaterne fra en person, der er homozygot for 3905insTmutationen. 


R1158X 

Der observeres en reduceret spidshøjde ved position 49 (R1162X WT) i B-blandingens 

resultater fra en person, der er heterozygot for R1158X-mutationen. Spids 49 vil forsvinde 

i resultaterne fra en person, der er homozygot for R1158X-mutationen. 

Polymorfisme rs4148721 (delAT) i intron 19 

Der observeres to spidser med et mellemrum på 2 bp ved position 45 (3659delC WT), 49 

(R1162X WT) og 50 (R1158X WT) i B-blandingens resultater fra en person, der er 

heterozygot for polymorfismen rs4148721 (deletion af AT) i intron 19. Spids 45, 49 og 50 

vil være den forventede højde, men skiftet 2 bp mindre end den forventede størrelse i 

resultaterne fra en person, der er homozygot for polymorfismen rs4148721. 

Andre observationer 

V520F – Polymorfisme 1584G>A i exon 11 

Det er konstateret, at 1584G>A-polymorfismen interfererer med amplifikation af V520F 

mutant og vildtype sekvensen. Reduceret spidshøjde ved position 12 (V520F) vil kunne 

observeres i B-blandingen i en person, som er heterozygot for 1584G>A-polymorfismen. 

Spids 12 vil forsvinde fra B-blandingen i en person, som er homozygot for 1584G>Apolymorfismen. 

En person, som er heterozygot for F508del-mutationen og også 

heterozygot for 1584G>A-mutationen vil kun have en spids 12 i B-blandingen, snarere 

end de forventede to spidser ved position 12, der normalt ses i en F508del-heterozygot – 

se nedenstående eksempel. Spids 12 vil forsvinde fra A-blandingen i en person, som er 

heterozygot for V520F-blandingen og 1584G>A-polymorfismen på det samme allel. Et 

sådant resultat er ikke blevet observeret til dato og er sandsynligvis en sjælden 

kombination. 


Krydsreaktivitet 

Det blev i så vid udstrækning som mulig under udviklingen af testen tilstræbt at undgå 

interferens med testfunktionen som følge af tilstedeværelsen af andre rapporterede 

polymorfismer og mutationer i CFTR-genet. 

Den sjældne mutation R1283M er blevet vurderet for krydsreaktivitet, og den blev ikke 

detekteret af Elucigene CF-EU2v1-kittet. Følgende polymorfismer blev heller ikke 

detekteret af testen: 1655T/G (F508C), 1651A/G. 

Vurderingen af kendte mutationer og polymorfismer i CFTR-genet har understreget 

følgende virkning på resultaterne med Elucigene CF-EU2v1-kittet: 

1. G551D mutant primer i A-blandingen vil også detektere S549RT>G-mutationen. 

Analysesoftwaren vil give den betegnelsen spids 20. Der vil ikke findes en tilsvarende 

vildtype spids i B-blandingen. 

2. 2184delA mutant primeren i A-blandingen vil krydsreagere med 2183AA>G-mutantens 

DNA-sekvens og resultere i en mutant spids ved position 2184delA. 

3. 1078delT mutant primeren i A-blandingen vil krydsreagere med F316L-mutantens 

DNA-sekvens og resultere i en mutant spids ved position 1078delT. 

4. R347P mutant primeren i A-blandingen vil krydsreagere med R347H-mutantens DNAsekvens 

og resultere i en mindre høj mutant spids ved position R347P sammenlignet 

med en sand R347P-spids. 

5. Tilstedeværelsen af F508C (1655T>G) polymorfismen vil resultere i en reduktion af 

højden af I507del-spidsen i CF-EU2v1 B-blandingen. 

6. Tilstedeværelsen af R117H vil resultere i en reduktion af højden af R117C-spidsen i 

CF-EU2v1 B-blandingen. I en prøve, der er homozygot for R117H, vil R117C-spidsen 

mangle. 

7. Tilstedeværelsen af G85E vil resultere i en reduktion af højden af 394delTT-spidsen i 

CF-EU2v1 B-blandingen. I en prøve, der er homozygot for G85E, vil 394delTT-spidsen 

mangle. 

8. Der kan sommetider observeres en meget lille artefaktspids i position I507del i 

resultaterne fra en F508del heterozygot og især en F508del homozygot prøve. 

9. Nedenstående mutationer, som ikke er blevet kontrolleret for eventuel krydsreaktivitet, 

grundet den manglende tilgængelighed af relevante prøver, kan interferere med 

testfunktionen: R117P, R117L, 1717-2A>G, 621+2T>C, 621+2T>G, R553G, R553Q, 

R347L, I506T, I506S, I506V og den sjældne kombination af I507del med 

polymorfismen 1651A/G. 

Funktionskarakteristika 

Der blev blindtestet ethundredogti DNA-prøver udtaget fra flydende fuldblod (EDTA) ved 

brug af Elucigene CF-EU2v1. Fem prøver slog fejl efter PCR som følge af lav DNAkoncentration 

(mindre end 1,5 ng/μl). Blandt de resultater, der kunne tolkes, var 96 

normale, 5 var heterozygote for F508del, 1 var heterozygot for 1717-1G>A, 1 var 

heterozygot for G551D, 1 var heterozygot for 621+1G>T, 1 var heterozygot for G542X og 

1 var en sammensat heterozygot for G542X/F508del. 

Der blev blindtestet enoghalvfems DNA-prøver udtaget fra tørrede blodpletter ved brug af 

Elucigene CF-EU2v1. Fem prøver blev ikke forstærket. Af de prøver, som blev 

forstærket, opfyldte 20 ikke analysekriterierne for fortolkning efter en injektion på 

12 sekunder på en 3500 genetisk analysator. Alle mislykkede prøver korrelerede med lav 

DNA-koncentration (mindre end 1,5 ng/μl). De 20 mislykkede prøver blev injiceret igen i 

36 sekunder på 3500 genetisk analysator og analyseret. 7 prøver opfyldte ikke 

analysekriterierne for fortolkning. Af de 79 prøver, som gav resultater, der kunne tolkes, 

var 38 normale, 5 var heterozygote for F508del, 3 var heterozygote for G551D, 3 var 

heterozygote for W1282X, 2 var heterozygote for D1152H og 2 var heterozygote for 

G542X. Fire sammensatte heterozygoter, 3120+1G>A/F508del, R117H/F508del, 

R1162X/F508del og R553X/F508del, blev også bestemt. Desuden blev følgende 


heterozygote prøver hver observeret en enkel gang: E60X, G85E, 394delTT, Y122X, 

621+1G>T, 1078delT, R334W, R347P, A455E, I507del, 1717-1G>A, R553X, 

1811+1.6kbA>G, 1898+1G>A, 2184delA, W846X, 3272-26A>G, Y1092X, 3659delC, 

3849+10kbC>T, S1251N og N1303K. 

Seksogfyrre DNA-prøver, der repræsenterede alle 50 mutationer detekteret af CF-EU2v1kittet, 

blev forstærket fem forskellige gange. Alle prøverne gav de forventede resultater 

uden nogen falsk negative eller falsk positive resultater, hvilket var ensbetydende med 

100 % klinisk specificitet og sensitivitet. 

Fejlfinding 

Denne brugsanvisning leveres for at sikre optimal analysefunktion. Brugere må ikke 

afvige fra de oplyste procedurer. Enhver afvigelse kan resultere i suboptimal funktion med 

data af dårlig kvalitet som resultat. En fejlfindingsvejledning fås på anmodning fra Gen- 

Probe, og den giver eksempler på og løsninger af nogle af de mest almindelige 

observationer med Elucigene CF-EU2v1, f.eks.: 

Ingen diagnostiske eller STR-spidser 

Svage diagnostiske eller STR-spidser 

For stort gennembrud/baggrundsspidser 

Umærkede spidser 

Svage FAM (mutante) spidser 

Ubalanceret A-blandingsprofil 

Ubalanceret B-blandingsprofil 

Delte spidser i B-blandingsprofil 

Kontakt venligst vores tekniske supportgruppe for at rekvirere en kopi af Elucigene 

CF-EU2v1 fejlfindingsvejledningen: 

T: +49 (0) 6122 7076 451 

F: +49 (0) 6122 7076 155 

E: technicalsupport@gen-probe.eu 

Procedurens begrænsninger 

1. De opnåede resultater fra dette eller enhver anden diagnostisk test bør kun 

anvendes og fortolkes i henhold til det samlede kliniske billede. Gen-Probe Life 

Sciences Ltd. er ikke ansvarlig for de kliniske beslutninger, der træffes. 

2. Den manglende tilstedeværelse af mutationer, som dette kit detekterer, er ikke en 

garanti for at der ikke findes andre mutationer i CFTR-genet. Der kan findes andre 

mutationer, som ikke detekteres af dette kit. 

3. Mutationer varierer i hyppighed i forskellige populationer. Data om hyppigheden af 

mutationer i forskellige populationer kan rekvireres hos The Cystic Fibrosis Genetic 

Analysis Consortium (6). 

Brugeren af dette kit skal lægge vægt på disse punkter, når resultaterne rapporteres til 

den diagnosticerende kliniker/den genetiske rådgiver. 

Ansvarsfraskrivelse 

Resultater fra dette og andre diagnostiske analyser skal fortolkes sammen med de 

laboratorie- og kliniske data, der er tilgængelige for klinikeren. 

Disse Elucigene reagenser leveres til in vitro diagnostik. 

Der findes yderligere oplysninger om datafortolkning i Elucigene CF-EU2v1 - vejledning til 

analysesoftwareprocedurer: 



Referencer 

1. Rosenstein BJ, Cutting GR. The diagnosis of cystic fibrosis: a consensus statement. 

Cystic Fibrosis Foundation Consensus Panel. J Pediatr. 1998;132:589–95. 

2. De Braekeleer M, Allard C, Leblanc JP, Simard F, Aubin G. Genotype-phenotype 

correlation in cystic fibrosis patients compound heterozygous for the A455E mutation. 

Hum Genet. 1997;101:208–11 

3. Drumm ML, Konstan MW, Schluchter MD, Handler A, Pace R, Zou F, Zariwala M, 

Fargo D, Xu A, Dunn JM, Darrah RJ, Dorfman R, Sandford AJ, Corey M, Zielenski J, 

Durie P, Goddard K, Yankaskas JR, Wright FA, Knowles MR. Genetic modifiers of 

lung disease in cystic fibrosis. N Engl J Med. 2005;353:1443–53 

4. Goss CH, Newsom SA, Schildcrout JS, Sheppard L, Kaufman JD. Effect of ambient 

air pollution on pulmonary exacerbations and lung function in cystic fibrosis. Am J 

Respir Crit Care Med. 2004;169:816–21 

5. Kerem B, Rommens JM, Buchanan JA, Markiewicz D, Cox TK, Chakravarti A, 

Buchwald M, and Tsui LC. “Identification of the Cystic Fibrosis Gene: Genetic 

Analysis.” Science 1989; 245 (4922): 1073-8 

6. Cystic Fibrosis Mutation Database, www.genet.sickkids.on.ca/cftr/app 

7. Joshua D. Groman et al. Variation in a Repeat Sequence Determines Whether a 

Common Variant of the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator 

Gene Is Pathogenic or Benign. Am J Hum Genet. 2004; 74(1): 176–179. 

8. Newton CR et al. Analysis of any point mutation in DNA. The Amplification Refractory 

Mutation System (ARMS). Nucleic Acid Res 17: 2503-2516 (1989). 

9. Satsangi J et al. Effect of heparin on polymerase chain reaction. Lancet 343:1509- 

1510 (1994). 

10. PCR Primer: A Laboratory Manual, 2 nd edition. ColdSpring Harbour Laboratory Press: 

Section 1

Elucigene CF-EU2v1 - Gen-Probe, Inc.

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?