High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

Bijlage 3e: Toegepaste Wiskunde en Mathematische AlgoritmenProf. Joseph. ThasResearch Richtingen• Ontwikkeling van nieuwe statistische modellen voor het analyseren van complexegegevens. (K. Bogaerts, KULeuven)• Zuivere Wiskunde: verbanden tussen groepentheorie en meetkunde (constructievan verschillende meetkunden voor een gegeven groep), berekening van Ramseygetallen(G. Brinkmann, UGent; P. Cara, VUBrussel)• Similariteits- en inclusiematen en hun toepassing binnen de numerieke taxonomie,Computertoepassingen voor taxonomie en identificatie van microorganismen,• Gedistribueerde informatiesystemen: StrainInfo.net bioportal, (P. Dawyndt,UGent)• Toepassing van Bayesiaanse mengmodellen voor multilocus sequentieanalyse (inhet genus Burkholderia), (P. Dawyndt, UGent).• Toepassing van machine learning algoritmen voor gedistribueerde identificatie.(P. Dawyndt, UGent)• Incidentiemeetkunde: studie van (eindige) projectieve ruimten, polaire ruimtenen veralgemeende vierhoeken (voornamelijk het zoeken naar bepaalde deelstructuren).(J. De Beule, UGent)• Interdisciplinair onderzoek in de levenswetenschappen: relatie tussen eiwit functieen dynamica en hoe deze relatie aan de grondslag ligt van menselijke ziektes(Alzheimer, Parkinson, kanker). Interdisciplinaire aanpak die in silico modellingcombineert met zowel in vitro biophysische studies als met basis cell biologischeobservaties. (T. Lenaerts, VUBrussel/VIB)• Plasma astrofysica: (schok-)golven, instabiliteiten, verhitting en versnelling vanplasma’s op aarde, in het zonnestelsel en ver daarbuiten. Opstellen van wiskundigemodellen die de dynamica en de interactie van plasma’s met magnetische veldenbeschrijven. De wiskundige modellen gebruiken zowel de magnetohydro-dynamicaals de kinetische theorie, of een combinatie van beide. (S. Poedts, KULeuven)• Theoretische scheikunde: substructuren van fullerenen. (G. Brinkmann, UGent)Niveau verwachte HPC-infrastructuura) Reeds ondernomen HPC-gerichte toepassingen• Statistische modellen: simulaties om de nieuw ontwikkelde methodes te testen ophun performantie. Verbruikte rekencapaciteit op ongeveer 1 jaar: 5 jaar CPU timemet meer dan 7000 jobs. (K. Bogaerts, KULeuven)• Berekenen van de deelgroepentralies van gegeven groepen. Experimentenuitgevoerd op een kleine lokale cluster van 16 computers aan de VUBrussel. Grotehindernis is geheeuentekort. (P. Cara, VUBrussel).• Er werd een gemeenschappelijke rekencluster opgezet door de VakgroepToegepaste Wiskunde en Informatica, de onderzoeksgroep Kennisgebaseerdesystemen en het Laboratorium voor Microbiologie (UGent). De architectuur vandeze cluster is gebaseerd op INTEL Blade Server technologie: een Linux clustermet 14 nodes, elk met 4 Dual-Core Intel Xeon CPU 3GHz processoren en 1 Gb RAMaan boord. (P. Dawyndt, B. De Baets, P. Vandamme, P. De Vos, UGent)• Incidentiemeetkunde: zoeken naar bepaalde deelstructuren via exhaustievemethoden. Hardware die gebruikt wordt bestaat grosso modo uit een dertigtalprocessoren, aan 3 GHz elk. (J. De Beule, UGent)• Eiwitonderzoek: een belangrijke beperking op de voortgang van het huidigeonderzoek is het gebrek aan voldoende rekencapaciteit. (T. Lenaerts, VIB-VUBrussel)• Plasma astrofyscia (CPA): zelf ontwikkelde computerprogramma’s. COOLFluiD(Computational Object Oriented Library for Fluid Dynamics), ontwikkeld door CPAen von Karman-Instituut, geschreven in C++. Typische runs: VAC: enkele uren totenkele dagen op 48 CPU’s, AMRVAC: 4 dagen op 8-way node. Er wordt momenteel51