High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

infrastructuur. Zaken als disk space (bv 700 GB/file) en snelheid (bv 11 maandenrekentijd en langer) zijn de beperkende factoren in dit onderzoek. Elke aanzienlijkeuitbreiding van de hardware kan dit onderzoek een stap verder brengen. (C. VanAlsenoy, UAntwerpen)• Bij simulaties van reacties aan dit soort verbindingen met Carr-Parinellomoleculaire dynamica komen de huidige computationele beperkingen naar boven(per simulatie verschillende weken CPU tijd vereist). Ook hier is uitbreiding van dehardware een vooruitgang. (C. Van Alsenoy, UAntwerpen)• Berekening van NMR chemical shifts voor grote biologisch actieve moleculen zoalspeptiden vereist eveneens hoogstaande HPC-infrastructuur. (C. Van Alsenoy,UAntwerpen)• Realistische beschrijving van solute-solvent, solvent-solvent en solute-soluteinteracties zowel via Monte Carlo als Moleculaire Dynamica berekeningen, incryogene Ar oplossingen. (W. Herrebout, UAntwerpen)• Conformatie van geadsorbeerde proteïnen en hun dynamica aan oppervlakkenalsook reactiepad en transitietoestanden van heterogeen gekatalyseerde reactiesmet zeolietkristallen als katalysator, dit via Carr-Parinello, VASP. (R. Schoonheydt,KULeuven i.s.m. UGent en VUBrussel)• Realistische voorspellingen aan macroscopische fenomenen, ontwerp vannanogestructureerde aluminosilicaten, beschrijving van reacties in solventen, enontwikkeling van de synthese van moleculen met bioactiviteit vergen alle massieverekentijd. (M. Waroquier, UGent)• Gedetailleerde reactie-pad analyse, en gedetailleerde beschrijving van multifasesystemen(gas/vloeistof). (J. Thybaut, UGent)• Ontwikkelen van de tools waarmee over 10 jaar de farmaceutische industrie zalwerken. (MolMo, Turnhout)• Bronlocalisatie van EEG signalen voor een brein-computer interface. (L. Boullart,UGent)• Ordinale klassificatie van tapijtstalen door analyse van 3D-laserscanner data envisuele beelden in real time. (L. Boullart, UGent)• Baanbrekend werk is binnen het domein van de onderzoeksgroep vaak niet zozeereen kwestie van rekensnelheid dan wel van “kort op de bal spelen”; hiertoe is eenkleinschaliger park, met speciale aandacht voor de particuliere noden van elkeindividuele gebruiker, onontbeerlijk. (K. Pierloot, A. Ceulemans, G. Hendrickx,M. T. Nguyen, H. Vansweevelt, KULeuven)d) Gewenste ondersteuning• Het doorvoeren van intensieve parallellisatie is vooralsnog lastig met commerciëlecodes die vaak in de QC gebruikt worden. Deze codes zijn tot op grote hoogtereeds geparallelliseerd. Het parallelliseren van een eigen ontwikkelde code is hoogspecialistisch werk waarvoor ondersteuning zou moeten kunnen aangebodenworden. (P. Geerlings, VUBrussel)• Hulp bij implementatie van standaard parallellisatie software (MPI) en lineairealgebra (eigenwaarden/eigenvectoren) is zeer gewenst. (C. Van Alsenoy,UAntwerpen)• J. Martin (Weizmann) werkt uitsluitend met SMP (shared memory parallellisme) viaOpenMP of Global Arrays; zijn ervaringen met MPI of PVM zijn erg teleurstellend.• Recente ervaringen binnen de CalcUA gebruikersgroep tonen aan dat vele chemicizelf niet in staat zijn om door hen geschreven codes te optimaliseren en optimaalgebruik te maken van de verschillende parallellisatie omgevingen. Begeleiding vande onderzoekers is dus zeker belangrijk. (W. Herrebout, UAntwerpen)• Nodige ondersteuning vereist. Intensieve interactie tussen systeembeheerders en–gebruikers is essentieel. Voor moleculaire modelleringstoepassingen is het zelfswenselijk dat één van de systeembeheerders ervaring heeft met het werken metpakketten eigen aan de discipline. Zoniet is het rendement van dergelijkeinfrastructuur zeer twijfelachtig. (M. Waroquier, UGent)• ‘Audit’ van de rekenefficiëntie van zelf ontwikkelde computercodes dooronafhankelijk expert is gewenst. (J. Thybaut, UGent)49