High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

More documents

Recommendations

Info

• Bij iteratieve beeldreconstructie wordt het mogelijk om een patient-specifiekereconstructie alsook individuele dosimetrie van een pretherapuetische speurstof uitte voeren. Op die manier kan potentieel het aantal vals-positieven verlagen en/ofhet algemeen patientcomfort in radionuclidetherapie verhogen. (K. Debosschere,J. Van Campenhout, UGent, ELIS-MEDISIP)• Betere schatting van de invloed van klimaatscenarios op de fysische processen vande stromingen en golven en sedimetatiedynamica door een studie van degekoppelde systemen voor de studie van kustgebieden die tot de meest kwetsbaregebieden behoren(G. Degrande, J. Monbaliu, E. Toorman, KULeuven, Bouwkunde)• Het modelleren van de fysiologie (biofysica en biochemie) van volledigeorganismen of macroscopische onderdelen hiervan (bv. vruchten) zou eenbelangrijke doorbraak betekenen in computational biology en systems biology.(D. Berckmans, KULeuven, BIOSYST - MeBioS)d) Gewenste ondersteuning• Rechtstreekse toegang tot knopen voor optimaal gebruik (zelf kunnen bepalen opwelke knoop een bepaalde deelopdracht uitgevoerd zal worden)• Begeleiding en ondersteuning door een administratorteam met ervaring in parallelprogrammeren en wetenschappelijk rekenen op de HPC-infrastructuur. (D. DeSchreye, P. Dutré, P. Verbaeten, KULeuven, Computerwetenschappen)• De aanbieder van HPC zal de nodige informatie voor het correct gebruiken van deinfrastructuur aan alle betrokken onderzoekers meedelen. (D. Aeyels, G. DeCooman, UGent, Elektrische energie, Systemen en Automatisering (EESA))• ‘Audit’ van de rekenefficiëntie van deze codes door een onafhankelijke expert eenmeerwaarde kunnen bieden. (G. Heynderickx, Ugent, Lab. Petrochemische Techniek)• Nodige ondersteuning om de computercodes op een zo efficiënt mogelijke manierte compileren en uit te voeren; taken voor personeel dat heel erg thuis is in deverschillende architecturen en compilers en parallellisatie.• Intensieve interactie tussen systeembeheerders en gebruikers. Voor moleculairemodelleringstoepassingen is het wenselijk dat één van de systeembeheerderservaring heeft met het werken met pakketten eigen aan het onderzoeksveld. Zoniet is het rendement van dergelijke infrastructuur zeer twijfelachtig. (V. VanSpeybroeck, M. Waroquier, UGent, VVS- CMM)• Transparante en snelle procedure voor de aanvraag van rekentijd (Molmo ServicesBVBA, Turnhout)• Software-ingenieur moet het omzetten van de prototypeprogramma’s in matlabnaar C++ op een efficiënte manier bijstaan. Er is tevens een behoefte aancodeoptimalisering .• Nood aan software die parallellisatie vergemakkelijkt zoals een Parallelle compiler.• Nood aan goed ontworpen softwarepakketten rond optimalisering, numeriekemethodes hoofdzakelijk om Partieel Differentiaal vergelijkingen op te lossen Dehuidige commerciele modellerings- en simulatiesoftware is niet geparallelliseerd,en moet HPC-ready gemaakt worden. Het zelf blijven ontwikkelen van eigenparallelle software gaat echter ten koste van het core-onderzoek. (J. Cornelis,VUBrussel, ETRO)• Logistieke ondersteuning professionaliseren van deze submissie- en recollectiebrokering.(K. Debosschere, J. Van Campenhout, UGent, ELIS-MEDISIP)• Ondersteuning bij overdracht van bestaande codes (zowel eigen ontwikkeling ofontwikkeling door andere wetenschappelijke instellingen en al dan niet reedsgeparallelliseerd) naar HPC-infrastructuur is absoluut noodzakelijk. Veel ‘kleine’onderzoekslabo’s hebben niet de nodige expertise in huis om dit zelf te doen.Dergelijke expertise is ook maar voor beperkte tijd echt nodig zoals bijimplementatie/optimalisatie van nieuwe modellen of modules. (G. Degrande,J. Monbaliu, E. Toorman, KULeuven, Bouwkunde)• Ondersteuning is nodig voor het koppelen van Comsol Multiphysics met snelle,parallelle solvers (b.v., AMG). (D. Berckmans, KULeuven, BIOSYST - MeBioS)• Goede documentatie, cursussen en debuggers/tools voor MPI-type libraries zoudende parallellizatie-effort aanzienlijk versnellen. (D. Van Compernolle, H. VanHamme, P. Wambacq, KULeuven, Elektrotechniek - PSI)45
Aanbevelingen en Verwachtingen• Nood aan uitgebreide informatiesessies en lessenreeksen over parallelprogrammeren en wetenschappelijk rekenen, en workshops waarin problemen enoplossingen uitgewisseld en besproken worden, en uitgebreide uitleg en eenoverzicht van commando’s op een website (wikipedia) die regelmatig geupdateworden. (D. De Schreye, P. Dutré, P. Verbaeten, KULeuven, Computerwetenschappen)• Een transparante en snelle procedure voor de aanvraag van rekentijd. We hebbensoms de ervaring dat de tijd die nodig is om rekentijd toegekend te krijgen niet inverhouding staat tot de toegekende rekentijd zelf.• Suggestie om de configuratie van het systeem op gezette tijden (bijv. om dex maanden) te wisselen tussen single-multiple system images (en natuurlijkde projectplanning daarop aan te passen). De HPC-systeembouwers softwaregereedschappen zijn beschikbaar voor een soepele configuratie wisseling.(D. Aeyels, G. De Cooman, UGent, Elektrische energie, Systemen en Automatisering(EESA))• Niet alleen is een krachtige HPC-omgeving noodzakelijk, maar het is minstenseven belangrijk dat deze gemakkelijk bruikbaar is voor niet HPC-specialisten.(R. Belmans, KULeuven, Elektrotechniek Electa)• In kaart brengen van de verschillende lokale, Vlaamse, Belgische, Europese enmondiale GRID-initiatieven en een inventarisering maken van de betrokkenVlaamse universiteiten en onderzoekscentra om aldus te komen tot een beterecollaboratie. Dit vooral voor groepen die HPC aanwenden eerder dan ze alsonderzoeksdomein te hebben. (K. Debosschere, J. Van Campenhout, UGent,Elektronica en Informatiesystemen - MEDISIP)• HPC en GRID-computing kan niet omschreven worden door alleen maar “aantalTeraflops“. Beschikbaar RAM geheugen en bandbreedte minstens even belangrijk.(D. Van Compernolle, H. Van Hamme, P. Wambacq, KULeuven, Elektrotechniek -PSI)46
Page 1 and 2: De Koninklijke Vlaamse Academie van
Page 3 and 4: High Performance Computing (HPC) in
Page 5 and 6: High Performance Computing (HPC)In
Page 8 and 9: INHOUDMANAGEMENT SAMENVATTING . . .
Page 10 and 11: ADVIES VAN DE KVABoverHIGH PERFORMA
Page 12 and 13: ADVIES VAN DE KVABoverHIGH PERFORMA
Page 14 and 15: Op industrieel vlak, wordt het ontw
Page 16 and 17: Tabel 2.1. The Challenges and Outco
Page 18 and 19: Een strategie waarbij de wetenschap
Page 20 and 21: omgevingstudies komen aan bod met o
Page 22 and 23: Tabel 3.2.: Rangschikking van de be
Page 24 and 25: Figuur 3.4: Distributie van de HPC-
Page 26 and 27: 4 CPU’s) geinstalleerd die verbon
Page 28 and 29: Omgezet naar rekencapaciteit, kan d
Page 30 and 31: 3. Naast het uitvoeren van de eigen
Page 32 and 33: Het is de overtuiging van de KVAB,
Page 34 and 35: Bijlage 2: Enquete formulierWerkgro
Page 36 and 37: Bijlage 3: Samenvattingen van de en
Page 38 and 39: parallelcomputer of een clustercomp
Page 40 and 41: Bijlage 3b: Moleculaire Biologie en
Page 42 and 43: grote hoeveelheden gegevens. Bepaal
Page 44 and 45: • Hydrodynamica (golven en stromi
Page 46 and 47: • Capaciteit van ongeveer 1 Teraf
Page 50 and 51: Bijlage 3d: Moleculaire ChemieProf.
Page 52 and 53: infrastructuur. Zaken als disk spac
Page 54 and 55: Bijlage 3e: Toegepaste Wiskunde en
Page 56 and 57: gezien worden. BEgrid mag men niet
Page 58 and 59: • Wat MHD-simulaties betreft: de
Page 60 and 61: slagen wij er momenteel in om aan d
Page 62 and 63: Bijlage 3h: Turbulentie en Verbrand
Page 64 and 65: elektrochemisch massatransport; vli
Page 66 and 67: Bijlage 3i: MilieustudiesProf. Yvan
Page 68 and 69: ) Plannen voor de komende 5 jaren v
Page 70 and 71: Bijlage 4: De TOP500 HPC lijst van
Page 72 and 73: Top HPC-systemen in Europa (Novembe
Page 74: SummaryThe Koninklijke Vlaamse Acad

High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?