High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

• Bij iteratieve beeldreconstructie wordt het mogelijk om een patient-specifiekereconstructie alsook individuele dosimetrie van een pretherapuetische speurstof uitte voeren. Op die manier kan potentieel het aantal vals-positieven verlagen en/ofhet algemeen patientcomfort in radionuclidetherapie verhogen. (K. Debosschere,J. Van Campenhout, UGent, ELIS-MEDISIP)• Betere schatting van de invloed van klimaatscenarios op de fysische processen vande stromingen en golven en sedimetatiedynamica door een studie van degekoppelde systemen voor de studie van kustgebieden die tot de meest kwetsbaregebieden behoren(G. Degrande, J. Monbaliu, E. Toorman, KULeuven, Bouwkunde)• Het modelleren van de fysiologie (biofysica en biochemie) van volledigeorganismen of macroscopische onderdelen hiervan (bv. vruchten) zou eenbelangrijke doorbraak betekenen in computational biology en systems biology.(D. Berckmans, KULeuven, BIOSYST - MeBioS)d) Gewenste ondersteuning• Rechtstreekse toegang tot knopen voor optimaal gebruik (zelf kunnen bepalen opwelke knoop een bepaalde deelopdracht uitgevoerd zal worden)• Begeleiding en ondersteuning door een administratorteam met ervaring in parallelprogrammeren en wetenschappelijk rekenen op de HPC-infrastructuur. (D. DeSchreye, P. Dutré, P. Verbaeten, KULeuven, Computerwetenschappen)• De aanbieder van HPC zal de nodige informatie voor het correct gebruiken van deinfrastructuur aan alle betrokken onderzoekers meedelen. (D. Aeyels, G. DeCooman, UGent, Elektrische energie, Systemen en Automatisering (EESA))• ‘Audit’ van de rekenefficiëntie van deze codes door een onafhankelijke expert eenmeerwaarde kunnen bieden. (G. Heynderickx, Ugent, Lab. Petrochemische Techniek)• Nodige ondersteuning om de computercodes op een zo efficiënt mogelijke manierte compileren en uit te voeren; taken voor personeel dat heel erg thuis is in deverschillende architecturen en compilers en parallellisatie.• Intensieve interactie tussen systeembeheerders en gebruikers. Voor moleculairemodelleringstoepassingen is het wenselijk dat één van de systeembeheerderservaring heeft met het werken met pakketten eigen aan het onderzoeksveld. Zoniet is het rendement van dergelijke infrastructuur zeer twijfelachtig. (V. VanSpeybroeck, M. Waroquier, UGent, VVS- CMM)• Transparante en snelle procedure voor de aanvraag van rekentijd (Molmo ServicesBVBA, Turnhout)• Software-ingenieur moet het omzetten van de prototypeprogramma’s in matlabnaar C++ op een efficiënte manier bijstaan. Er is tevens een behoefte aancodeoptimalisering .• Nood aan software die parallellisatie vergemakkelijkt zoals een Parallelle compiler.• Nood aan goed ontworpen softwarepakketten rond optimalisering, numeriekemethodes hoofdzakelijk om Partieel Differentiaal vergelijkingen op te lossen Dehuidige commerciele modellerings- en simulatiesoftware is niet geparallelliseerd,en moet HPC-ready gemaakt worden. Het zelf blijven ontwikkelen van eigenparallelle software gaat echter ten koste van het core-onderzoek. (J. Cornelis,VUBrussel, ETRO)• Logistieke ondersteuning professionaliseren van deze submissie- en recollectiebrokering.(K. Debosschere, J. Van Campenhout, UGent, ELIS-MEDISIP)• Ondersteuning bij overdracht van bestaande codes (zowel eigen ontwikkeling ofontwikkeling door andere wetenschappelijke instellingen en al dan niet reedsgeparallelliseerd) naar HPC-infrastructuur is absoluut noodzakelijk. Veel ‘kleine’onderzoekslabo’s hebben niet de nodige expertise in huis om dit zelf te doen.Dergelijke expertise is ook maar voor beperkte tijd echt nodig zoals bijimplementatie/optimalisatie van nieuwe modellen of modules. (G. Degrande,J. Monbaliu, E. Toorman, KULeuven, Bouwkunde)• Ondersteuning is nodig voor het koppelen van Comsol Multiphysics met snelle,parallelle solvers (b.v., AMG). (D. Berckmans, KULeuven, BIOSYST - MeBioS)• Goede documentatie, cursussen en debuggers/tools voor MPI-type libraries zoudende parallellizatie-effort aanzienlijk versnellen. (D. Van Compernolle, H. VanHamme, P. Wambacq, KULeuven, Elektrotechniek - PSI)45