High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

Vereisten 30 tal processoren en geheugenvereisten van 512 tot 1024 Mb perprocessor, occasioneel meer. Software onmiddellijk inzetbaar op het grid platform(Linux). (UGent)• De beschikbare hoeveelheid sequentiedata stijgt sneller dan de wet van Moore.Ook de hoeveelheid andere biologische/bioinformatische data neemt exponentieeltoe (o.m. de literatuur, alsook de hoeveelheid high-throughput experimenten en dehoeveelheid data die gegenereerd wordt per experiment). Verder zijn er meercomplexe (en rekenintensieve) analysemethoden nodig om de huidige data teanalyzeren. Tenslotte verwachten we dat bioinformatica meer en meer eenintrinsiek deel zal uitmaken van het experimenteel onderzoek (i.e. bioinformaticiin elk experimenteel labo), dus we verwachten een sterke expansie van hetdomein. Om deze redenen verwachten we dat de nood aan HPC in de bioinformaticade volgende 5 jaren bijzonder sterk zal toenemen, sterker zelfs dan inandere domeinen. (Y. Moreau, KULeuven, Elektrotechniek -Bioinformatica)c) Baanbrekend onderzoek met HPC-infrastructuur van 100 Teraflops• Limiet korrelgrootte voor lage volumefracties is niet bekend en experimenteelmoeilijk te bepalen. Deze resultaten kunnen gebruikt worden bij de ontwikkelingvan nieuwe materialen om hun korrelgrootte te controleren. De limietkorrelgrootteheeft een grote invloed op de macroscopische eigenschappen van het materiaal.De huidige simulaties zijn gebaseerd op vereenvoudigde modellen en er zijn noggrote verschillen tussen experimentele data en simulatieresultaten. Doororientatie-afhankelijkheid en diffusie van atomen in rekening te brengen zullen desimulatieresultaten nauwkeuriger zijn. 100 Teraflops systeem zou toelaten ommeer realistische modellen te simuleren met hogere nauwkeurigheid of bij destudie van stochastische aspecten of in een optimalisatieprocedure. (D. DeSchreye, P. Dutré, P. Verbaeten, KULeuven, Computerwetenschappen)• Ontwikkelen van de gereedschappen waarmee over tien jaar een groot farmaceutischbedrijf zal werken, net zoals eerder ontwikkelde 1 Teraflops algoritmen nubij elk groot bedrijf op de bestaande hardware inzetbaar is. HIV mutantenscreeningzou een belangrijke bijdrage tot ‘computational personalized medicine’kunnen leveren. (Molmo Services BVBA, Turnhout)• Op het gebied van kwantumchemische berekeningen kunnen reactiepadanalysesgedetailleerder uitgevoerd worden en zijn dus minder vereenvoudigendeaannames vereist. Zadelpunten in energieoppervlakken, die transitietoestandenvoorstellen van elementaire stappen, kunnen sneller en exacter bepaald worden.Een reactiepadanalyse zoals deze voor de hydrogenering van benzeen, kan metbehulp van HPC uitgevoerd worden in een termijn van minder dan één jaar.• Voor CFD berekeningen opent HPC-perspectieven naar de gedetailleerdebeschrijving van multifasesystemen in het algemeen en gas-vloeistofsystemen inhet bijzonder. De hoge graad aan discontinuïteit in een gas-vloeistofsysteem, in hetbijzonder bij koken, condenseren of verdampen, maakt de beschrijving enoptimalizatie van de optredende stromingstypes mogelijk. (G. Heynderickx, Ugent,Lab. Petrochemische Techniek)• Een accurate beschrijving van industriële heterogene katalyse toepassingen.Ontwerp van gefunctionaliseerde nanomaterialen die naast de actieve chemischesites ook nog eens voorzien zijn van grote poriën om de diffusielimiteringen naarde chemische sites te omzeilen. zoals het onwerp van nanogestructureerdealuminosilicaten. Daarnaast de accurate beschrijving van reacties die zich afspelenin solventen. De organische reacties die beoogd worden zijn heel divers gaandevan belangrijke homogene katalysatoren die gebruikt worden binnen defarmaceutische industrie als een efficiente ontwikkeling van synthese routes voormoleculen met bio-activiteit. In de meeste recente literatuur wordt het solvent nietaccuraat gemodelleerd en ook de bepaling van chemische kinetiek verdientaandacht. (V. Van Speybroeck, M. Waroquier, UGent, VVS- CMM)• Realistische tomografische reconstructie en geautomatiseerde classificatie vanondergrondse voorwerpen of fouten gebaseerd op een bibliothee; 3D stadsmodellering. (J. Cornelis, VUBrussel, ETRO)44