High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

• Hydrodynamica (golven en stromingen) + sedimenttransport (niet cohesief &cohesief) in kustgebieden en estuaria. (G. Degrande, J. Monbaliu, E. Toorman,KULeuven, Bouwkunde)• Modelbouw en simulatie van hogere organismen op verschillende schalen vanruimte en tijd (multiscale modelling), incl.Transport van metabole gassen en waterin vruchten (Reconstructie van (micro)tomografische beelden, Metabole netwerken,Computational Fluid Dynamics, Luchstroming in koelruimten, ovens enz., Microfluidics,Discrete-elementen methode, Stroming van korrelige materialen, Micromechanicavan plantaardig weefsel). (D. Berckmans, KULeuven, BIOSYST - MeBioS)• Ontwerp van fotonische geintegreerde schakelingen bevat diverse componenten ensteunt op geavanceerde CAD-tools, die de volledige vergelijkingen van Maxwell intwee of drie dimensies moeten oplossen. Informatietechnologie: nanofotonica,fotonisch geintegreerde chips. Communicatienetwerken en gedistribueerdesoftware. (P. Bienstman, D. Botteldooren, D. De Zutter, I. Lemahieu, UGent,Informatie Technologie)• Onderzoek van geavanceerde modelleringstechnieken, EM-simulatie, oplossen vanmodelleringsproblemen zoals het betrouwbaar doorsturen van data over eencomputernetwerk, inverse problemen (vormreconstructie), ontwikkelen vangevalideerde numerieke bibliotheken, financiele modellen. (A. Cuyt, UAntwerpen)Niveau verwachte HPC-infrastructuura) Reeds ondernomen HPC-gerichte toepassingen.• 2D-simulaties van korrelgroei op een node met 16GB werkgeheugen• 3D-simulaties van korrelgroei in dunne filmen op een node met 16GBwerkgeheugen• 3D-simulaties van korrelgroei op 100 nodes met elk 2 tot 4GB werkgeheugen(lopend onderzoek). (D. De Schreye, P. Dutré, P. Verbaeten, KULeuven,Computerwetenschappen)• Aerothermodynamisch gedrag van het European Experimental Reentry Testbed(EXPERT) Vehicle, ontwikkeld door ESA met een eindige-volume code, op eenongestructureerd rooster, geïmplementeerd binnen het COOLFluiD objectgeoriënteerdframewerk voor hoog performante parallelle simulaties. 3D Navier-Stokes vergelijkingen, aangevuld met chemische reactievergelijkingen voor5 stoffen uiterst fijn discretisatie rooster (met 100 miljoen onbekenden) eencomputercluster met 480 CPUs. (D. De Schreye, P. Dutré, P. Verbaeten, KULeuven,Computerwetenschappen)• Simulatie van een volledige PET-scanner voor de design van nieuwe scanners, enom beter de gemeten prestaties van het systeem te kunnen begrijpen, eniteratieve reconstructie met een cluster van ongeveer 50 PC’s - zeer hoogdimensionale microarray data analyse en ordinale classificatie van slijtagegraad enkwaliteit van tapijtstalen op basis van beeldmateriaal met IBM BladeCenterchassis, one master node, IBM X335, 40 dual CPU (80 CPU’s) computing blades,Linux RH3 and Sun Gridware, Network Appliance NAS storage. (Medischeinstrumentatie DNTK/WE)• Docking algoritme (Abida) wordt ontwikkeld en getest voor de potentiaalveldenvan een enzyme (1973 atomen, 8048 QM basisfuncties) met een quantummechanische ab initio berekening. Dit vereist 3000 cpu-uren op 62 Itanium-2 cpu’svan de ‘Aster’ machine van het SARA in Amsterdam (dit probleem schaalt goedtot deze systeemgrootte) met gemiddeld 0,3 van de 2,2 Teraflops capaciteit vandeze machine. In 2004 analyse van een zeer grote hoeveelheid klinisch geïsoleerdeHIV-protease varianten (meer dan 3000) in silico op resistentie tegen hetAIDS-medicijn amprenavir in twee weken op de 216 cpu Xeon cluster van J&J inRaritan NJ (plm 4,5 Teraflops). (Molmo Services BVBA - Turnhout)• Kwantumchemische berekeningen en van CFD codes de berekeningen uitgevoerdop een cluster met 24 nodes met 48 CPU’s tot 3,0 GHz elk. Ongeveer 2/3 van declustercapaciteit gaat naar kwantumchemische berekeningen, het overige derdenaar CFD berekeningen met eigen ontwikkelde codes. (G. Heynderickx, Ugent,Lab. Petrochemische Techniek)41